|
|
|
GGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGCCGAUAUGCCGGGGCCGAAGCCCGAGGGGCGGUUCCCGUAAGGGUUCCCACCCUCGGGCGUGCCU |
| Reference structure (std) |
|
[ sec struct ] |
.((((..(((((((((...[[[[[.)))))....{{{{....]]]]].....}}}}))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..))))
|
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((.[.{{{{{.)))))....<<<<<}]..}}}}....>>>>>)))))).((((((((((.((((((((..))))))))).)))))))))..)))) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) ( ) () ( ) ( )
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))...))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((.....((((((...((.......))....))))))....))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..))). |
|
CentroidFold
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((......((((((..................)))))).....)..))))...((((((((((((((((((....))))))))))))))))))..))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.(((((........)))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((...((((((((...((.(....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((......(((....)))......)))))))))..)))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
HotKnots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((((((.[[[[[[))))))....{{{{....]]]]]]....}}}}))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((((((.[[[[[[))))))....{{{{....]]]]]]....}}}}))))...(((((((((((((...))))..(((..))).)))))))))..)))) |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((([[[[(((((((.[[[[[[)))))))..{{.{{....]]]]]]<<<<}}(((((((..aaaaaaaaa.)))))))>>>>..))))))..AAAAAAAAA}}]]]] |
|
Pknots
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((((((.......))))))....((((..............))))))))...((((((((((.((..(((....)))..))).)))))))))..)))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.....(((((((((..((.(....)))..).)))))).)).....))))...(((((((((......(((....)))......)))))))))..)))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((((.(((((........)))))....((((..............))))))))..)))))...(((((...((((..(((((....)))))))))..))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.((....((((((....(((....)))....))))))....))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(...((((((((...))..))))))....(((.((((((......).)))))))).((((((((((.(((..((((..))))..)).))))))))))).)))) |
|
RNAwolf
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..(...((((((((...))..))))))....(((.((((((......).)))))))).((((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))).)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((.((((((((..................)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((..((...((((((....(((....)))....))))))....))..))))...(((((((((..((..(((....)))..))..)))))))))..)))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((((((((..((...............)).)))))))))..)))) |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((((((((.[[[[[.)))))))...{{{{.....]]]]]....}}}}.)))...{{{{{{{{{(((.....)))......)))).}}}}}}}}}...... |