RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4UYK_R

RNA: 4UYK_R
Rfam family: -

			GGGGCUAGGCCGGGGGGUUCGGCGUCCCCUGUAACCGGAAACCGCCGAUAUGCCGGGGCCGAAGCCCGAGGGGCGGUUCCCGAAGCCGCCUCUGUAAGGAGGCGGUGGAGGGUUCCCACCCUCGGGCGUGCCU
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.((((..(((((((((...[[[[[.)))))....{{{{....]]]]].....}}}}))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((((((((((((((...[[[[[{)))))....<<<<<]}..]]]]....>>>>>)))))).(((((((((((((((((((((((((((((((.).))))))))))))))))))))))))))))))..))))                                            (       )                                                                                                                                                                                ()                                                          (                            )                                                                                           (                                                      )                                                                                              (                  )                                                                                                                                         ()
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))...)))
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((.....((((((..................))))))....))..))))...((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))))))......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((((.....((((((...((.......))....))))))....))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((.(((((........)))))....((((.(..........).))))))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((...((((((((...((.(....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((.(((((.[[[[[[.)))))............]]]]]]........))))...(((((((((......(((...(((((((((....)))))))))...)))......)))))))))..))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((.(((((((((..((.......))..).)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((((.[[[[[[))))))....{{{{....]]]]]]....}}}}))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((.((((((((...((.......))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((((.[[[[[[))))))....{{{{....]]]]]]....}}}}))))...(((((((((.(((...)))..(((((((((....)))))))))...(((..))).)))))))))..))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((([[[[(((((((.[[[[[[))))))){{.<<....aa]]]]]]}}(((.(((((((..aaaaaaaaa.)))))))....aaaaaaaaa))).AAAAAAAAA>>..))))))..AAAAAAAAAAA]]]]
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((((((((((.......)))))))...((((.[[[[[[[......)))).)))..)))))....]]]]]]](((...(((((((((....))))))))).((((((....))))))))).......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((.....(((((((((..((.(....)))..).)))))).)).....))))...(((((((((......(((...(((((((((....)))))))))...)))......)))))))))..))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((.(((((........)))))....((((..............))))))))...(((((((((....((((....(((((((((....)))))))))))))........)))))))))..))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((..((.(((((((((((.........)))...)))))).)).))..)))....(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((.((((((((....(((....)))....)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(...((((((((...))..))))))....(((.((((((......).)))))))).((((((((((.(((..(((((((((((((((...).))))))))))))))..)).))))))))))).))))
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(...((((((((...))..))))))....(((.((((((......).)))))))).((((((((((..((..(((...((((((((......))))))))...)))..))..)))))))))).))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((.((((((((..................)))))).)).))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((..((...((((((....(((....)))....))))))....))..))))...(((((((((..((..(((...(((((((((....)))))))))...)))..))..)))))))))..))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((....)))(((((((..((.......))..)).))))).......((((....))))..((((....))))...((((((((......)))))))).((((((....))))))......))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((((((.[[[[[.)))))))...{{{{.....]]]]]....}}}}.)))...(((.....)))....(((((.(((((((((....)))))))))...((((....)))))))))...))))

---