RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4W24_7

RNA: 4W24_7
Rfam family: 5S_rRNA

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Reference structure (std)		[ sec struct ]	((((((.......((...((......((((((...(....)...))))..)).....))....))((((((......((.((..((....)).)).)).....))))))...))))))..
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((...(...)(((.((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))..))((((((..(()(((((((.(((..)))))))))).)..))))))...).))))..                                                                                                                ()                                  (                           )                                                                                              (                    )                                                                                                         (         )                                                                                           (                                             )                                                               (                                                                                                            )                                  (                         )                                                                                                                                              (                       )                                     (                                           )                                                                                             (           )                                                                                                                   (  )                                                                                  (                                                                                                          )
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....)))))..))...))))))))).........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((((((....)))))))))...))))))))))))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.......................................................................((..((....)).))..............)))))))))..
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....(((((((........((((............)))).........))))).))(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((............))))..))....)))))).)).(((((......((.((.(((....))))).)).....))))).)))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((..((.(((((.(((....))).))))).))))))))))))))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((......((((.(((....))).))))....))))))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((((......))..))))..))....)))))).))(((((((.....(((((.(((....))).)))))...))))))))))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((..(((..((((((......))..))))..)))...)))))).))(((((((.....((((((.((....))))))))....))))))))))))))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.....(((((((..(((..((((..((....))..))))..)))...)))))).)..((((((..((.(((.(((((....)))))).)).)))))))).)))))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....(...(.(((....))).)..)....))))))))))))))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((..........(((((((((..(((((..))))).........))))))))).))))..........)))).....(((((((.....)))))))))))))))..
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((.((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))....((......((.((.(((....))))).)).....))..)))))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((...(((((......))..)))...))....)))))).))((((.....((.((..(..((....))..)..)).))...)))))))))))))..
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.[[[[{{{))...{{(((((((((..(((((<<)))))..<<<<<..))))))))).]]]]aa}}.>>>>>..}}}.bb..bbbbbb>>.AABBBBBB)))))))))BB
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....)))))))).)...)))))))))))))))..
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))))..))....)))))).))((((((....(.((((((.((....))))))))..)..)))))))))))))))..
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).))((((((......(((((.(((....)))))))).....)))))))))))))))..
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.....((((((.(......)...))))..))....)))))).)).(((((......(((((..((....)).))))).....))))).)))))))))..
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((.(((..(.....).((((((((((....))...(....)((....))))))))))..(((....))))))))((....))((((((.....)))))))))))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((.......((((............))))........)))))).))(((((((.(.(....((.(((....))))).....))))))))))))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((......((((....(((((((((..((((....)))).........)))))))))....)))).......)))).....(((((((.....)))))))))))))))..
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......((((((.......((((............))))........))))))...(((((((.....(((((............)))))...))))))))))))))))..
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......(((((....((..((((............))))..)).....)))))...(((((.......((.((.(((....))))).))......))))))))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((...(.((..(.(((....))).)..)))..))))))))))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((......((.((((......))))..))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((.((.(((....))))).))....))))))))))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(.(((((.(((........((((((......))))..))(((((((((((((...).)))))))))))).))).))))))..(((((.(((..))))))))))))))))..
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................(....................(.....)........(....)......).
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((.((...((...)).)).))....))))))))))))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((............))))..))....)))))).))(((((((.....((..(.(((....))).)..))...))))))))))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((....((((((((...((..((((..((....))..))))..))....)))))).))(((((((.....((..(..((....))..)..))...))))))))))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..................(((.((((..((((....)))).((((..((((......))))..))))....))))))).....((((((.....)))))))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.................(((((((((..((((....)))).[[[.....)))))))))..{{{{]]]............}}}}.(((((.....))))).)))))))))..

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