RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4W24_8

RNA: 4W24_8
Rfam family: 5_8S_rRNA

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CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................(((((((....((((......))))..............................)))))))..........((....))(((((((((.....)))))))))....................
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(((((((((.....)))))))))....................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................((........))........................................................(((((((((.....)))))))))....................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(((((((((.....)))))))))....................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((................(((.(.((((((((....(((((....)))))....((((((((..(....)..)))))))))))))))).)..)))........(((((((((((.....)))))))))..))....))))).))))..
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(...............((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).........))))...((((((((((.....)))))))))..))....))))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((.......)))....)))((..((((((..........(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))..............))))))..)).((((((((.....)))))))).((((........))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((...........(..(((.(.((((((((....((((((()))))))....((((((((..((()))..)))))))))))))))).)..))).)......(((((((((((.....)))))))))..))).).))))).))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................(((........))).......................................................(((((((((.....)))))))))....................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................((((.....((((......))))...............................))))....................(((((((((.....)))))))))....................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.((((.............((((((((((((....(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))..))).....))).))))))....(((((((((.....))))))))).))))...))))).))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.......(((((.(((((((......).))))).).)))))(((..(((((((((..........)))))))))..)))..........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))..
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).(((((((((((..........)))))))))..))....))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.((((.........((..(((((((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))))))).........))))))..))(((((((((.....))))))))).))))...))))).))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.....................(((((((....((((......))))..............................)))))))..................(((((((((.....))))))))).....)))).)))))))...
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((...................((((((....((((......))))..............................))))))...........(((..))).((((((((.....))))))))..))).))).))))))))...
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..(((((.(((....(..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))...)......)))..)))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((((.....(((((...(((((((((((.....((((((..))))))...(((((((((..........)))))))))))))))).........))))..(((((((((((.....))))))))..)))....))))))))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((..((((((..(((.((((((((....((((......)))).......(((((..........)))))...))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))..))).))).)))...
Murlet(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................((....))(((((.............)))))....................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...(((..((....)).(((......................((((..((((........(((.....)))..............((((....)))).)))).))))((((.((((.....)))).))))..))))))..))).......
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(((.[[[[[[[[[[{{<<<<<...<<<<<<<<<<<<.aaa((((((..))))))))).aaaaaaaa.]]]bbbbb.AAAAAAAA>>>>>>>>...)))...>>>>.}}.bbbbbbbbbAAA..BBBBBBBBB...BBBBB>>>>>]]]]]]]
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((.....................)))......))))...((....))(((((((((.....))))))))).)..((.....)).......
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)......((...(...).))..((..((........))..((....((((........((.(.....).............))((((....)))).))))...))(((((((((.....)))))))))..))((.....)).))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((........((.(...)......(...).))((((((......)))).......(((.....................)))......))))...((....))(((((((((.....))))))))).)..((.....)).......
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)......((...(...).))..(((.((........))..((....((((........(((.....)))..............((((....)))).))))...))(((((((((.....))))))))).)))((.....)).))....
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((((..............................................................................................((.((.....)).))))))))))))))))))))))))..
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(...)((....(....(...)..)..(((.((........))..((....((((........((.......))..............((((....)))).))))...))(((((((((.....))))))))).)))..........))....
Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.....))(((((....))(((((((.....(((((....)))))...(((((((((..........))))))))))))))))....))).(((....)))((((((((.....)))))))).((((........))))))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.((((.........((..((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).........))))..)).((((((((.....))))))))..))))...))))).))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.............(((((((((.......(((((....))))).(.(((((((((..........)))))))))).........))).))))))....(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.((((.............((((((...(((((..(((((....)))))...(((((((((..........)))))))))........))))).))))))....(((((((((.....))))))))).))))...))))).))))..
RNASampler(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.........(((.....))).........(((((((....(((((....)))))..............................)))))))..................(((((((((.....)))))))))..............)))...
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................((((.......((((((((....(((((....))))).....((((....)))).............))))))))...))))..........(((((((((.....)))))))))....................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(((((((((.....)))))))))....................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................(((.........((((.....(((........)))........(((.....)))............))))............((....))(((((((((.....)))))))))..)))...............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).((.((((((((..........)))))))))).......))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((((((.........((..((((((...(((((..(((((....))))).(((((((((((..........)))))))))..))....))))).))))))..)).((((((((.....))))))))..)).))).))))..))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..((((((((((((....(((((....)))))....((((((((..........)))))))))))))))).(...)...))))..))(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......((..(((..((((......)))).)))..)).((((((((.((((((((((((((((..(......))))))))))))))).)).(...)(((((..)))))((((((((...))))))))))).).))))...)).))))..
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.............(((..((((......)))).))).....((((((((.(((((..(((((((((..........)))))))))..))).))......(((((..)))))((((((((...))))))))))).).))))......))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................(((...........(((..)))....).))...................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((((((((..(((........((...((.((.((.....((((......)))).....))...))...))..))...........)))......)))...(((...(((((((((((.....)))))))))..)).)))))))).))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..(((((.(((.......(((((....)))))....((((((((..........))))))))...........)))..)))))..))(((((((((.....))))))))).)))).).))))).))))..
TurboFold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.................((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((....))((((((((....(((((....))))).....(((((((..........))))))).))))))))........(((....)))((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((.........((..(((((((((((..((.(((((....))))).(.(((((((((..........)))))))))).))..))..)))).)))))..)).((((((((.....))))))))..)))).).))))).))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((...(((((.(((((......))))).......(((((....)))))........((((..........)))).))))).((((....)))).......))).((((((((.....)))))))).((((........))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((......(((((..[[[[)))))(((....(((((....))))).....(((((((.......[[[))))))).)))((((....))))..]]]]....{{{{{{{{{.]]].}}}}}}}}}.(((........))).))))

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