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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4W28_6
RNA: 4W28_6
Rfam family:
tRNA
| UGCCCGGUAGCCCCGAAGGUAGAGCAGGGGAUUGAAAAUCCCCGUGUCCUUGGUUCGAUUCCGAGUCCGGGCACCA | |||
| Reference structure (std) | [ sec struct ] |
.(.((((....(.(.[{....).)..((((.........)))).......<<.(...)]}.>.>..)))).).... ( ) |
|
| Reference structure (ext) | [ sec struct ] |
.(.((((....(.([{(.{).).).(((((.........)))))...]<.<<<<.}.>}.>>.>.>)))))..... ( ) ( ) ( ) ( ) () |
|
| Afold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....((.((((....((.(((((((...)))))))))..)))))).(((....)))..)))))...)) |
| CentroidAlifold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((((((..............................................(.......)......))))))... |
| CentroidFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((....((((....((((((((((...))))))).)))))))...(((....))))))))))))... |
| CentroidFold (ext) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((......((((...(((((((((((((...))))))).))))))...)))).........)))))))... |
| ContextFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .((((((...................(((((.......))))).....(((((.......))))).)))))).... |
| Contrafold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((.((.((((....((((((((((...))))))).))))))))).(((....))))))))))))... |
| DotKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ....(((..[[[)))..]]].((((.(((((((...)))))))[[[[[[...))))(((.....))).]]]]]].. |
| Fold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((.....))).((...(((((((...)))))))...))(((((.......))))).)))))))... |
| HotKnots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....((.((((....((.((((((.....))))))))..)))))).(((....)))..)))))))... |
| IPknot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((................(((((((((.....)))))).)))...(((.......)))...)))))))... |
| MXScarna(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ((..(((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))..)))... |
| Mastr(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................ |
| MaxExpect | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((.....)))...((((((((((...))))))).))).(((((.......))))).)))))))... |
| McQFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...................(((((((...))))))).....(((((.......))))).)))))))... |
| NanoFolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((.[[[[))).{{((((((((((...))))))).))).<<<<<]]]].}}>>>>>.)))))))... |
| PETfold_2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))).)))))))... |
| PETfold_pre2.0(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))).)))))))... |
| PPfold(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | ............................................................................ |
| Pknots | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((.....)))...(((((((((.....)))))).))).(((((.......))))).)))))))... |
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| ProbKnot | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((..(((.....))).(.((((((((((...))))))).))))(((((.......))))).)))))))... |
| RDfolder | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((...((((............))))..................(((((.......))))).)))))))... |
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| RNAwolf | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....((.((((..((((.(((((.......)))))))))))))))..(........).)))))))... |
| RSpredict(seed) | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | .(...............................................(......)................).. |
| Sfold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....((.((((....((.(((((((...)))))))))..)))))).(((....)))..)))))))... |
| UNAFold | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....((.((((....((.(((((((...)))))))))..)))))).(((....)))..)))))))... |
| Vsfold4 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....(((.(((....((.((((((.....))))))))..)))))).(((....)))..)))))))... |
| Vsfold5 | [ FASTA input ] | [ sec struct ] | (((((((.....(((.(((.......((((((.....))))))....)))))).(((....)))..)))))))... |