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RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 4Y1M_B



RNA: 4Y1M_B
Rfam family: -

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Reference structure (std) [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((.((((((.[[[[[.(((((((..)))))))[[[[[[[[.(.......(((((..)))))))]]]]]]]](((((((((..)))))))))]]]]]))))).))).
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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....)))))).(((((((((.......((((....)))))))))))))..(((((((....))))))).)))....))).)).)
CentroidFold (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((((.(((((...))))).)))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((......(((..(((((....))))).(((((((((....(((((...)))))....))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((..(((((....))))).((((((((((...(((((...)))))...)))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
HotKnots [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((...((((([[.)))))]].)))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((..(((((....))))).((((((((((...(((((...)))))...)))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((...(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).))).........)))
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((([[...{{.)))))))).<<<..<<<<<<<<<<<]]aaaaaaaaa......}}>>>>>>>>>>>(((((((....))))))).AAAAAAA..AA.>>>
Pknots [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))............
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((...(((((...)))))...)))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((........))))))))......(((((((((((.......((((....)))))))))))))))(((((((....)))))))................
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((.....(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))..))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....((((((((((((..)))))))((((((((((...(((......)))....)))))))))).((((((((..))))))))))))).).))))))).
RNAwolf [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((...(((......)))....)))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((..(((((....))))).((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((......(((.((((((....))))))((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....))))))).)))....))).))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((........)))))))).......((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....)))))))................
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.......)))).((((....))))..((((((((((.......((((....)))))))))))))).(((((((....)))))))................