RNA Secondary Structure Atlas - PDB - 5CCB_N

RNA: 5CCB_N
Rfam family: tRNA

			GGCCCGGAUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUCAGACUUUUAAUCUGAGGGUCCAGGGUUCAAGUCCCUGUUCGGGCGCCA
Reference structure (std)		[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))))....
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((([{{.{).......}]}}((((((((...))))))))....(((((.......)))))))))))))...                       (                       )                                       (            )                                                                    (          )                                                      (                                                                          )   (                                                                         )
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))...)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))...........
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((........)))..(((((.......)))))........((.......))))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((..............................................(.......).....))))...)).
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
CentroidFold (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........)))).(((((.......)))))......((((.......))))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((.......))))))(((((.......))))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((.(....).))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........))))))).((((((((...))))))))(((((.......)))))..)))))....
HotKnots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))..(((([[[[...))))]]]]..(((((.......))))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.((..((((........))))..(((.........)))......(((((.......))))))).)))..)).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........))))..(((((.....)))))......(((((.......)))))))))...))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))...)))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((..((.[[[.[[[[))..((((((((...))))))))..{{]]]].)).}}))))))))))]]].
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.(...).))))).....(((((.......))))))))))...)).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
PPfold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................
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Pknots	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........))))))).(((((((.....)))))))(((((.......)))))..)))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........)))))...((((((((...))))))))((((((....).))))))))))))....
RDfolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((...(((((((.....))).))))...((((...........)))).......))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((........)))).(((((.......)))))..)))).)))))...((((......))))....
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))...)).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....(((((((.....)))))))(((((.......))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.((((((((((..)))................)))))))..(((((.((..)))))))))))))..)).
RNAwolf	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...(((((((....))................)))))....(((((..(..).)))))))))))..)).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........))))....((((((((...))))))))(((((.......))))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((...((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))).))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((((........)))).(((((.......)))))..)))).))))....((((......))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....((((........)))).(((((.......))))))))).((((([[[....)))))...]]].....

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