CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - TurboFold(seed)



ASE_00210 [ FASTA input ] AGGGGGCUGGUGACUAUCCAAUUGGGAGGAAGCUCCGCCCACCCAUUAUGUGCAACAAUCCCGAGAGGGAUUGAAUGGGGCAUAGAAACGACACGGCCUUAAAACAGAUGACGAUGAUAUCCGAAAAUUGAGGAGUUUUAAGGAAUCGGUGAAACGGCCCCAUUCUGCACGGGUGCAAGCAUUAGCGUUUAGCUGAAUGUCGCCGAAAUUACAGAAGGCGGGCUAUAGCCCCCA
[ reference structure ] ((((((((((((((...((.....))....[[[.[[[[[(((((...(((((....((((((....))))))(((((((((............((((((((((((.............((......))......)))))))))..)))........)))))))))))))))))))...((....))............))))))............]]]]]]]]..))))))))
[ predicted structure ] .((((((((.......(((.....)))...(((.((((((((((.....(((((.(((((((....))))))).(((((((.......(.......(((((((((.............................)))))))))....)........)))))))..))))))))))....(((((((.....))))).)).................)))))))).)))))))).
CRW_01535 [ FASTA input ] GUCUACGGCCAUACCACCGGGAAAAUACCGGUUCUCGUCCGAUCACCGAAGUCAAGCCCGGUAGGGCCAGGUUAGUACUUGGAUGGGUGACCGCCUGGGAAUACCUGGUGCUGUAGACUU
[ reference structure ] (((((((((....((((((((....(((((((............))))..)))...)))))).)).(((((......(((((.(((....)))))))).....))))).)))))))))..
[ predicted structure ] (((((((((....((((((((.......((((..((....))..))))........)))))).)).((((((.....((.((.(((....))))).))....)))))).)))))))))..
PDB_00012 [ FASTA input ] GGCAGAUCUGAGCCUGGGAGCUCUCUGCC
[ reference structure ] ..(((....((((......)))).)))..
[ predicted structure ] ((((((...((((......))))))))))
RFA_00390 [ FASTA input ] GAUAAGUCUGUGCUAAGCACACUGAUGAGUCUCUGAAAUGAGACGAAACUUAUC
[ reference structure ] .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
[ predicted structure ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
RFA_00416 [ FASTA input ] CAAAAGUUUGGGCUAAAGCCCACUGAUGAGCCGCUGAAAUGCGGCGAAACUUUUG
[ reference structure ] .((((((.(((((....))))).......((((........))))...)))))).
[ predicted structure ] (((((((.(((((....))))).......(((((......)))))...)))))))
RFA_00433 [ FASTA input ] GAAGAGUCUGCGCUAAGCGCACUGAUGAGUCUUUGAAAUAAGACGAAACUCUUC
[ reference structure ] .((((((.(((((...))))).......((((........))))...)))))).
[ predicted structure ] (((((((.(((((...))))).......(((((......)))))...)))))))
RFA_00587 [ FASTA input ] GGCUGGUCCGAUUGCAGUGGUACUUAUAAUUAAUUGAUCACAGUCAGUUACAGGUUUCUUUGUUCUUUCUCCACUCCCACUGCUUCACUUGACUAGUCU
[ reference structure ] ((((((((.....(((((((........................................................))))))).......)))))))).
[ predicted structure ] ((((((((.....(((((((...........(((((((....)))))))((((......)))).............))))))).......)))))))).
RFA_00626 [ FASTA input ] GUUUCCGUGUCCAUCCUUGUUAAAACAAGAAAUUUUACGGAAUAACCCAUUUUGCCCGACCGAUCAUCCACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUCUUUCAGGCAGUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGUCCUUACCGGUAGAUGGAAAUAUUUCUGGAGAGUAAUACCCAGUCUGUUUCUCUGAUAAUUGCGCUGUUUUUCCGCAUGAAAAACGGGCAACCGACACUCUGCGCCUCUUUGAGCUGACGAUAACCGUGAGGUUGGCGACGCGACUAGACACGAGGCCAUCGGUUCACACCCGGAAAGGCGUUACUUUGCCCGCAGCUUAGUCGUCAA
[ reference structure ] .(((((((.....(((((........))))).....)))))))........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))..............)))))..)))))......)))))))...........))))))))))).........
[ predicted structure ] ..(((((((......(((((....)))))......))))))).........(((((.((..(((((...((((.......)))).........)))))..)).))))).....(((((((((((......((((.((((.....(((((((...((((..........))))..))))))).........((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))..........))))))))))))......)))).)))).........))))))))))).........
RFA_00627 [ FASTA input ] AAUUCUACGUUGAUUCUCGUUAGACCAAGAGACUUGUGGAAUAAUAAACUUUGCCUGAUCACACAAAAACGCGGCAAUGGCGUAAGACGUAAUGUGAAAUCAAGCAAUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGCUUGGCCGGCAAGUGGGUAAAGCUCUGUUGUCUUAAAUUCAGAAGCUACCCUUUAUAUAAAAGCGCUGUUUUUCAGAACGAAACACAGGCUUACCGAAAUAAUGCGCCCCUAUGCAGGCGACAACCGUGAGGUUGACGGCUUAGCUAGAAGACUCGGGGCCAUCGGUUUACCCGGUCAUGAGGUUAUUUUGCCCGCAGUUCUAACGCCAA
[ reference structure ] .(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))..........(((.(((((((((.....)))))))))))).(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))....)))))))............))))))))))).........
[ predicted structure ] ..(((((((.....((((..........))))..))))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....((((..(((((((............)))).)))))))..........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((.....((.(((((...((((.((.(((((....))))).)).))..))..........))))))))))))....)))))))...)))).....))))))))))).........
RFA_00628 [ FASTA input ] CUUUCCGCGUUGAUUCUCGUUAAACAGGGAAAACGGUGGAAUUAUAAAAUUUGUCUGAUCGCGCAAAAACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAAUGCGAAAUCAAACAAUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGCUUGGCCGGCAAAUGGAAUCAGAUCUGUCGACGUAAAUCAGAGGCUAUUCCCCUAGUAAAAGUGCUGUCUUUCACAAAGAAAAGCAGGCUUACCGAGAUAAUGCGCCCCUAUGCAGGCGACAACCGUGAGGUUGACGACUUUGCGAGAAGACACGGGGCUUUCGGUUUAACUCCGGCCAUGAGGUUAUUUUGCCCGCAGCUUUGUCGAUAA
[ reference structure ] .(((((((.....(((((........)))))....)))))))........((((((((...((((...(((..((....))......)))..))))...)))))))).....(((((((((((.......(((((((.....(((((....((((...........))))....))))).........(((.(((((((((.....)))))))))))).(((((........(((((........((((((((....)))))))).................)))))..)))))......)))))))............))))))))))).........
[ predicted structure ] ..((((((.....(((((........)))))....)))))).........((((.((((..((((...((((.......)))).........))))..)))).)))).....(((((((((((...(((((((((((.....(((((....((((...........))))....))))).........(((.((((.((((.....)))).))))))).(((((((......(((((..((((((((.(((((....))))).)).).))))).........))))))))))))......)))))))...)))).....))))))))))).........
RFA_00630 [ FASTA input ] GUUUCCGCACCGAAACUUGUUAAAACAAAAAGUUUAGCGGAAUAACCCAUUUUGUCUGACCGAUCAUCAACGCAGCAAUGGCGUAAGACGUAUUGAUUUUUCAGACAGUUAGCGGGCUGCGGGUUGCAGUCCUUACCGGUAGAUAGGAUCUUCUCUGGAGAGUAAUGCCCAGGCUGCUUCCCUGAUAAUUGCGCUGUGUUUCCGUAUGAAAUACAGGCAACCGACACUCUGCGCCUCUUUGAGCUGACGAUAACCGUGAGGUUGGCGACGCGAAAUAGUCACGAGGCCAUCGGUUCAUGCCCGGUAAGGCGUCACCAUGCCCGCAGCUUAGUCGUCAA
[ reference structure ] .(((((((.......(((((....))))).......)))))))........((((((((..((((....(((..((....))......)))...))))..)))))))).....(((((((((((........(((((((.....(((((....(((((..........)))))...)))))........(((.(((((((((.....))))))))))))(((((........(((((..........((((((((....))))))))...............)))))..)))))......)))))))...........))))))))))).........
[ predicted structure ] ..((((((....((((((...........)))))).)))))).........((((((((..(((((...((((.......)))).........)))))..)))))))).....(((((((((((....(.(((((((((......(((.....(((((..........))))).....))).........((.(((((((((.....))))))))))).(((((.....((.(((((.....((.(.((.(((((....))))).)).)))...........))))))))))))......))))))))))........))))))))))).........
RFA_00636 [ FASTA input ] GUGGCCGGCAUGGUCCCAGCCUCCUCGCUGGCGCCGGCUGGGCAACAUUCCGAGGGGACCGUCCUCCUCGGUAAUGGCGAAUGGGACCCA
[ reference structure ] ...((((((...[[[[[[(((........))))))))).......(((((((((((((...).)))))))).)))).....]]]]]]...
[ predicted structure ] .((.(((((.((((.(((((......))))).))))))))).)).((((((((((((......)))))))).))))..............
RFA_00654 [ FASTA input ] UUCAUGUCUUAAAGGAAGAAACAGCUUUCAAGUGCCUUUCUCCAGUUUUUCCAUGAGCGCAAGAUUAUUA
[ reference structure ] ....(((((((((............)))...((((.(((.((.........)))))))))))))))....
[ predicted structure ] .............(((((......)))))..((((.((................))))))..........
RFA_00658 [ FASTA input ] AUCCAGCUGACGAGUCCCAAACAGGACGAAACGCGCGUCAAACUGCAU
[ reference structure ] ((((((.......((((......))))...(((())))....))))))
[ predicted structure ] ...(((.(((((.((((......))))........)))))..)))...
RFA_00664 [ FASTA input ] CCCUGGCUGACGAGUCCCAAACAGGACGAAACGCGCGUCCUGGAU
[ reference structure ] ((((((.......((((......))))...(((()))).))))))
[ predicted structure ] ....((((....)))).....(((((((.......)))))))...
RFA_00703 [ FASTA input ] CUUUCCCUGAAGAGACGAAGUGAUCAAGAGAUUGAAGACGAGUGAACUAACGACUCCUCCUUCUCUCACAAGUCGAAACUCAGAGUCGGAAAG
[ reference structure ] ((((((.......((((.....................................................))))...((((.)))).))))))
[ predicted structure ] ((((((((((...(((...((((....((((..((.((...((......))...)).))..))))))))..))).....))))....))))))
RFA_00708 [ FASTA input ] GCACUUCUGAAGAGUCCCAUGCUAGGACGAAACAGCCUUCCAGUAC
[ reference structure ] ((((((.......((((.......))))...(((()))).))))))
[ predicted structure ] ......(((....((((.......))))....)))...........
RFA_00749 [ FASTA input ] GGGAGCCGCGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGCUCCC
[ reference structure ] .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))).
[ predicted structure ] ((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))
RFA_00764 [ FASTA input ] CAAUCCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAUCGAGGGUACAGGAUUG
[ reference structure ] .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))).
[ predicted structure ] ((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))
RFA_00765 [ FASTA input ] GAAAGCCGAGGCCACGCCGAGUAGGAACGAGGGUACAGCUUUC
[ reference structure ] .(((((....(((.((((.....))..))..)))...))))).
[ predicted structure ] ((((((....(((.((((.....))..))..)))...))))))
RFA_00767 [ FASTA input ] GCACUCUCUAUCAGAUUGGAUGUCUUGCUGCUAUAAUAGAUAGAGAAGGUUAUAGCAGACUA
[ reference structure ] ....((((((((...............[[[[[[[[[[.))))))))..]]]]]]]]]]....
[ predicted structure ] ...........................((((((((((...........))))))))))....
RFA_00768 [ FASTA input ] ACACUCUCUAUCAGAAUGGAUGUCUUGCUGUCAUAACAGAUAGAGAAGGUUGUGGCAGACCC
[ reference structure ] ....((((((((...............[[[[[[[[[[.))))))))..]]]]]]]]]]....
[ predicted structure ] ...........................((((((((((...........))))))))))....
RFA_00769 [ FASTA input ] UUGGUCUUGCACACAACGGUAAGCCAGUGGUAAUGUCAGUGCAAGAAGGAUAUUACCAUAGCA
[ reference structure ] ....((((((((..............[[[.[[[[[[[.))))))))..]]]]]]].]]]....
[ predicted structure ] ..((.(((((........))))))).(((((((((((...........)))))))))))....
RFA_00770 [ FASTA input ] CUACUCUUGUACAGAAUGGUAAGCCAAGUGUCAAUAGGAGGUACAAGCAACCUAUUGCAUAUUA
[ reference structure ] ....((((((((...............[[[.[[[[[[[..))))))))..]]]]]]]]]]....
[ predicted structure ] ................(((....))).(((.(((((((..((....))..))))))))))....
RFA_00773 [ FASTA input ] CUAGUCUUAUACACAAUGGUAAGCCAGUGGUAGUAAAGGUAUAAGAAAUUUGCUACUAUGUUA
[ reference structure ] ....((((((((..............[[[.[[[[[[[.))))))))..]]]]]]].]]]....
[ predicted structure ] ..................(....)..(((((((((((...........)))))))))))....
RFA_00779 [ FASTA input ] CUACUCUUGUACAGAAUGGUAAGCACGUGUGAUGGGAGGUACAAGCAACCCCAUUACAUAUUA
[ reference structure ] ....((((((((..............[[[[[[[[[[..))))))))...]]]]]]]]]]....
[ predicted structure ] ..........................((((((((((..(......)...))))))))))....
RFA_00805 [ FASTA input ] UAACUAGAUUACAGAGAUGUGAUGGAAAAUAGUUGAUGAGUUGUUUAAUUUUAAGAAUUUUUUAUCUUAAUUAAGGAAGGAGUGAUUUCAAUGGCACAAGAUAUCAUUUCAACAAUCAGUGACUUAGUAAAAUGGAUUAUCGACACAGUGAACAAAUUCACUAAAAAAUAAGAUGAAUAAUUAAUUACUUUCAUUGUAAAUUUGUUAUCUUCGUAUAGUACUAAAAGUAUGAGUUAUUAAGCCAUCCCAACUUAAUAACCAUGUAAAAUUAGCAAGUGAGUAACAUUUGCUAGUAGAGUUAGUUUCCUUGGACUCAGUGCUAUGUAUUUUUCUUAAUUAUCAUUACAGAUAAUUAUUUCUAGCAUGUAAGCUAUCGUAAACAACAUCGAUUUAUCAUUAUUUGAUAAAUAAAAUUUUUUUCAUAAUUAAUAACAUCCCCAAAAAUAGAUUGAAAAAAUAACUGUAAAACAUUCCCUUAAUAAUAAGUAUGGUCGUGAGCCCCUCCCAAGCUCGCGGC
[ reference structure ] .......((((((....)))))).....(((((((.(((((((((((...((((((........))))))........((((((((.((..........)).)))))))).....((((((((...........).)))))))...((((((....))))))........((((.(((((....((((.......))))..)))))))))..((((((((((....(((((.(((((((((.........))))))))))))))...(((((((((((.....))))))))))).(((((..........)))))))))))))))........((((((((......))))))))....((((......))))...)))))))).)))((((((((.....)))))))).....((((((((..((((((.............)))))))))))))))))))))..........................(((((((((.........)))))))))
[ predicted structure ] .......((((((....)))))).....((((((.....(((((((....((((((........))))))........((((((((.((..........)).)))))))).....((.((((.(((......))).)))).))...(((((......))))).......(((((((..(((...((((.......)))))))..)))))))...((((((((.....((((.(((((((((.........)))))))))))))....(((((((((((.....)))))))))))......((((......)))).))))))))..........((((((((......))))))))....((((......))))....)))))))....((((((((.....)))))))).....((((((((...........................)))))))).))))))..........................(((((((((.........)))))))))
RFA_00808 [ FASTA input ] CUUCCGAUGUAGGCCCGUAUUCUUCGCCUGUACCACGGGUCGGUUUUAGUACAGGCGUUUUCUU
[ reference structure ] ...........(((((((......[[[[[[[[[.))))))).......]]]]]]]]].......
[ predicted structure ] ........................(((((((((...............))))))))).......
RFA_00809 [ FASTA input ] CUUCCGAUGUAGACCCGUCCUCCUUCGCCUGCGUCACGGGUCCUGGUUAGACGCAGGCGUUUUCUG
[ reference structure ] ...........(((((((.......[[[[[[[[[.))))))).......]]].]]]]]].......
[ predicted structure ] .....((((......))))......((((((((((.(........)...)))))))))).......
RFA_00814 [ FASTA input ] ACGUAGCUUAAAACGUUUGGUUCACAUACAUCUGCCUGCUGCCUUGGCACAAUAUCAAAAAGGCAUAAACAUCGCACAUAAUGGUUAUUUACGGCUAUGAGGAUGGUUUUAGUACGUAGGCGUUGCGGAACUUCGGUUCGGAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGGAACUGACCAAAUAACGCAGCCCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUACCUUUGCGAUC
[ reference structure ] .......................................((((((..............)))))).....(((((......................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((......................))))))..............)))..)))))))))).
[ predicted structure ] .......................................((((((..............)))))).....(((((......(((((......))))).((((((((.....(((((....((((((....................))))))...))))).(((((((..(((...........))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
RFA_00816 [ FASTA input ] GCUUGAUCUCUGUAUUUGUUUCUAUUUUGAACAUUUGCCUGCUACCUUGGCAUAACAUCAAUAAGGUACAAACAUCGCAAAAAGUCAUCAUAAGGUGGGUUUUAGUACGUAGGCGCUGUAGAACUUAAUUGUUCUGAUAGAGCAGCGAGUCGUGCAUGCUAGUCUAACAUUUCUUGCUACCUAGUAUCUUUAGAAGAUUUCCCUCCCUUAGCGGUC
[ reference structure ] ..........................................((((((..............)))))).....(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))..............)))..)))))))))).
[ predicted structure ] ...........(((..((((.(......)))))..))).((.(((((((............)))))))))...(((((............(((((.(((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))(((.....)))...)))..)))))))))).
RFA_00817 [ FASTA input ] AUGUACUAACCUCUAGCUUUUCUUAUACCUUUUGCCUGCUACCUUGGCAUUACAUCUAAAAAGGUACAAACAUCGCAUUGUCAUAAAGAGGUGGUUUUAGUACGUAGGCGCUGUGGGACUUCAUUGUCCCGGUGAUGCAGUGAAUCGUGACUACGAGAUUGUCCAGUAGUUGGUGCUCGUAUCUUUAGAAGAUUUCCUUCCUCGGCGAUC
[ reference structure ] .......................................((((((...............)))))).....(((((..........((((((((.....(((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))).((((((..................))))))..............))).)))))))))).
[ predicted structure ] .....................................(.((((((...............)))))))....(((((...........((((.((......((((....(((((((((((......)))))......))))))...))))...(((((.....(((.....)))..))))).(((.....)))...))..)))).))))).
RFA_00818 [ FASTA input ] ACCUAGCCGAAACACUAUGUUGGAAAGAAGACGCUUGCUACCUAGGCAUAAUGUAAAAUUAGGUAUAAACAUCGCAGUUGUAAACUUGAGGUGGUUUAGUACGUAGGCGUGAUGAUGACUUGUUGAAGUGAAACCACGAAUCGUGCUCGCUAUUACGUUGGCCCUUAAUAGUAUCUAUGAAGAUUUCCCAUCCUCAGCGGUC
[ reference structure ] ......................................((((((...............)))))).....(((((...........((((((((....(((((....(((((((((((....))))).....))))))...))))).((((((..............))))))..............))).)))))))))).
[ predicted structure ] ......................................(((((((.............))))))).....(((((...........((((((((...((((((....((((......((((....)))).....))))...)))))).(((((((..........))))))).(((....)))....))).)))))))))).
RFA_00819 [ FASTA input ] ACUUAGCUAAAUCGUUUGGUUCAAAACAUUUGCUUGCUGUCUUGGCAUAACAUCAAUAAAGGCAUAAACAUCGCAAAAUAAUGGUUAUAAUUAAAUGGCUAUGAGGAUGGUUUUAGUACGUAGGCGUUGCGGAACUUCGGUUCAUAUAGAGCAAUGAAUCGUGCAUGCUAGGAAAACUGACCACACACAGUGUUGGCAGACCUAGUAUCUUUCGAAGAUUUCCAUACCUCCGCGAUC
[ reference structure ] .....................................((((((...............)))))).....(((((...........................(((((.(((.....(((((....(((((((((((....)))))......))))))...))))).((((((..............................))))))..............)))..)))))))))).
[ predicted structure ] .....((......((((......))))....))....((((((...............)))))).....(((((.......(((((((......))))))).((((((((.....(((((....((((((.((((....)))).......))))))...))))).(((((((....(((.((((((...))).)))))).)))))))(((.....)))...)))).)))).))))).
SRP_00084 [ FASTA input ] GGCGGGCCUCCCCGCAUUGCACGGUAGCGAACCUGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGUUAUUCAGUGCAAGUGCCGGGGGUCGGGCUCGCCACCCCUCCC
[ reference structure ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
[ predicted structure ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).))))...))))))))).........
SRP_00134 [ FASTA input ] CUGAUAGCUGGGUCCCGCGCAACGGUAGGUUAUGAACCCCGCCAGAUCCGGAAGGAAGCAACGGUAGUAGCUGAUUCCGUGUGCCGCGGGGGAGCCCAGCUAUCAGUUGU
[ reference structure ] ...(...(((((((((.((((.(((.(.(((((.....(((.....(((....))).....)))..)))))...).))))).....)).)))).)))))........)..
[ predicted structure ] (((((((((((((((((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))....)))).)).))))))...)))))))))))))....
SRP_00137 [ FASTA input ] ACUCGGGAAAUACGUUAUUAAUAGCUUAAACUUGUCAGGACUGGAAAGUAGCAGCAAUUCAGCUUAAUUACAUAAGGUGUUUUCCGGGUUUU
[ reference structure ] (((((((((((....((.(...((((.....((((....(((....)))....))))...))))..).))....)....))))))))))...
[ predicted structure ] (((((((((((((.(((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...))))...))).)))).)))))))))))))...
SRP_00146 [ FASTA input ] CUCUUAUUUAGACCUAUGCAAUAGGAUUUUAGGGUAACGCUUCAGGGUAGGAAUACAGCAGAGUCCCCUAAUUUCUUGUGUGCCUUAGCCAUCUGAAUAGGAG
[ reference structure ] ((((((((((((.(((.((.((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))))...).)))...))))))))))))
[ predicted structure ] ((((((((((((.(((.(((((((((..((((((....((((....(((....)))....)))).))))))..)))))).)))..)))...))))))))))))
SRP_00200 [ FASTA input ] GCAAGCCGCAUCGGUCCCCUCGCAAUGAUACGCUGUGAACCCCGCCAGGCCCGGAAGGGAGCAACGGUAACAGCGGACUCGUGUGCCGGGGUGUGGCUGGUGCGGUGAGCCGCCCAUU
[ reference structure ] ((..((((((((((((.((((((.((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))))...))))).)..)))))))))))..))........
[ predicted structure ] ((..((((((((((((.(((((((((((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))).))).))))...))))))))))))..))........
SRP_00231 [ FASTA input ] GGCGGGCCUCCCCGCAUUGUGAGGUAGUGAAUCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCUAUUUUUCGCAAGUGCCGGGGGUUCGGCUCGCCACCCGUAUU
[ reference structure ] (((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))..)))))))...))))))...)))))))).........
[ predicted structure ] ((((((((((((((((((((((.(((((.....((((....(((....)))....))))..)))))...)))))).))).)))))...)))))))).........
SRP_00241 [ FASTA input ] GCUCAGGAGGAUUUAUUCUCUGUAACAUCGUGGGUUCGGUUCUGCGUGUGCUUGUAGGACUAAGAGUGAACCUGUUAUGACGCUGUGCUUUGGCUUGUCCAUUUCAAAUUAGGUGUCAACAAUGUGGGCUUAGAGUAGUCUUCGCUUUCAUGGUUGUCAAAGAAGUCGGGAAUGCCUCAGGCUGGCAACAGAGCAGGGAAAACGACUCGCACUUAAUAGUGAAAGGAUAGCAAGCCUUUAUAGCGUCGAAGGUUAUCGCUUGGCUCCUAACUGGUAUUCGCAUGGCUGUGGCAUCAAUACCUUU
[ reference structure ] ..((.(((((((..))))))).....(((...)))..)).......(((((((..((.(((..(..((..........(...(.(((((..(((((((((.(((...(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).))))(...)..(((((....(.(((....(((....)))....))).)..))))).)))))))))...))).))...))))))).....))))).)....)..............))..)))).)).........).)))).))........
[ predicted structure ] .....(((((......)))))...............((((..((((.(((((.(((((((((((....(((((.....(((((((((....(((((((((.(((((.(((((((((((((.(((.((((..(((....)))..)))).))).)))).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))...)))))))..)))))))))..)))))....))))).))))).).))))).))))..))))................
SRP_00257 [ FASTA input ] AUCCGGCUGUAUGCUCCUCGGGGUAUGCAGCUGUAACCGUAAGGGGAAAGCAAAGUAAUUUGCGCAGCCUUUAAGGGAUGUUACUCAUGCCACGAGAAAUUCAAUAUAUAAGAGCUCUCGUCUAUUGCAAGAUAUAAGUUACUGAGCAUGUUAUGUUGGAAAGAUAACAUGCUGUAGUAAUAAUGAAUUGCGGAACGCCUUAGGCUGGAAACAGAGCAGGGUUAGCAAUCGCUUGUAUACGGUGCAAAGUUUGCGAUGAGCGAUUAGUAUAUCUCGAAUCUCGUCAAGCAUGGUAAGCACACCAAUUGGUUGUUUUUUUU
[ reference structure ] (((((((((((((((((..))))))))))))).....(.((((((....(((((....)))))....)))))).)))))(((((.(((((.((((((..(((.((((((.((.((((((((((.(((((..((((((((((((.((((((((((.((....))))))))))))..))))(...)..(((((.....((((....(((....)))....))))..))))).))))))))....)))))))...)))).))))..)).))))))...)))))))))...)))))))).))......................
[ predicted structure ] ...(((((((((((((....)))))))))))))....(......)..................((((((.....((..(((.((.(((((.((((((.......(((((((..((((((((...(((((..(((((((((((((((((((((((.........)))))))))).))))).......(((((.....(((((...(((....)))...)))))..))))).))))))))....))))).....)))).))))..))).)))).......))))))...)))))))..)))..))....)))))).......
SRP_00285 [ FASTA input ] GCUAGUAGUGGGCAUUGCUCUUGCUUAGUUGGUCAGGUCUGAAAAGAAGCAGCCAGGGUAAGAUUCUGUGGGUCAUUACUAGUAUCA
[ reference structure ] (((((((((((.(((.(.(((((((...(((((....(((....)))....))))))))))))..).)))..)))))))))))....
[ predicted structure ] (((((((((((.(((...((((((((...((((....(((....)))....))))))))))))....)))..)))))))))))....
SRP_00308 [ FASTA input ] CCGUGCUAGGUGGGGAGGUAGCGGUUCCCUGUACUCGAAAUCCGCUUUAUGCGAGGCUUAAUUCCUUUGUUGAGGCCGUAUUUUUGCGAAGUCUGCCCAAAGCACGUAGUGUUUGAAGAUUUCGGUCCUAUGCAAUAUGAACCCAUGAACCAUGUCAGGUCCUGACGGAAGCAGCAUUAAGUGGAUCAUCAUAUGUGCCGUAGGGUAGCCGAGAUUUAGCUAACGACUUUGGUUACGUUCGUGAAUUACGUUCGAUGCUUAGGUGCACGG
[ reference structure ] ((((((.((((((((((.(...).))))))...((((.(..........).))))))))....(((..((...((.(((...((((((((....((.(((((..((((((......((((((((((((((((((.((((((.((((.....((((....(((....)))....))))...)))).)..)))))))...))))))...)))))))))).))).))).)))))))....))))))))..))).))...))..))).))))))
[ predicted structure ] ((((((..((((((..((((.(((....))))))).....)))))).................(((..((...((.((((..((((((((....(.((((((..((((((.......(((((((((((((((((((((((..((((.....((((....(((....)))....))))...))))....)))))).))).)))))...)))))))))..)))).)).)))))))....)))))))).)))).))...))..))).))))))
SRP_00328 [ FASTA input ] GCCAGGGUAGCAAUGCCUGUGACCUCGUGUGGCAUAAACAAUGUAGUUAGAAUAGUCAGAGUAUGAGAGUUUGAUGAGACAGUUUGCUAAGAGUGUGCCCGUUCCAAACAGUGAGUUGCUAUGGUGGAAACCUAGUAAUAGGACUUCACCAGGGCAUUAAAGAGCUGAGGAACCGCCUCAGGCUGGCAACAGAACAGGGAAAACUUGCCGCUUAUUGUGGUGGAAGGAUAACAUACUCAUUAACUGUCAAGCUAAUCGGUUCUGCUAUUCUGAUCAGACACU
[ reference structure ] (((((((((....)))))....(.(.).)))))..........(.((((.....(..((.(.(.....(((.(.(..(((((((.(....(((((((.((.(((((.(((((((((((((.(((((((..((((....))))..))))))).))))((...))(.((((......(((....(((....)))....)))....)))).))))))))))..)))))))....))))))).).))))))).).).)))....).).))..).))))..).....
[ predicted structure ] ..((((.........))))...((......)).............((((((((((.(((((..(((.(((((.....(((((((......(((((((.((.(((((.(((((((((.(((.(((((((..((((....))))..))))))).)))........((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))))))....)))))))...))))))))))))..))).)))))))))))))))........
SRP_00329 [ FASTA input ] GCCAGGGUAGCAAUACCUGUGUCUAUAUGUGGCAUAAACAAUGUAGGUUGUGAUAGAUAGGAUAUGAGAGUUUGAUGAGACAGUUUGCUAAGAGUGUGCCCGCUCCAAACAAUGAGUUGCUAUGGUGGUAACCUAGUAAUAGGACUCCACCAGGGCAUUAAAGAGCUAAGGAAACGCCUCAGGCUGGCAACAGAACAGGGAAAACUUGCCGCUUGUUGUGGUGGAAGGAUAACAUACUCAUUAACUGUCAAACUAAUCGGUUCUACUAUCAAAGCCAGACAUU
[ reference structure ] (((((((((....)))))....(.....)))))......(...(.((((......(((((.(.(.....(((.(.(..(((((((.(....(((((((.((..((((.(((((((((((((.((((((...((((....))))...)))))).))))((...))(.((((......(((....(((....)))....)))....)))).))))))))))..)))).))....))))))).).))))))).).).)))....).).)))))..)))).)...).
[ predicted structure ] ..((((.........)))).(((.......)))........(((.((((.((((((.((((((.....((((((.....((((((......(((((((.((..((((.(((((((((.(((.((((((...((((....))))...)))))).)))........((.(((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))))..)))).))....)))))))...)))))))))))).....)))))))))))).))))..)))..
SRP_00331 [ FASTA input ] GCCUGGCUUAUUGCUGUAACUCCGGAGGCACGAGUGUGAACAUGAGGGGGUGUAUUAGUUCGCGGGUUAGCCGCGCCUGUCUGCUGGACGUCUGAGUCGAUUGCGGGCUCUAGUGUAAGCUUGAGCUCGCGGCCGGUGCGGUUCGGCGGAACGCUCCAGGCUGGUAACAGAGCAGAGAAAAGCCGACGCUUUGACUGGCCAGCAGACCGCAGGUGUAUCUCAACCCGUCCAGACUUCAAAUGCAUUGUACCCACCAGGACAUGCUCGUAUUUUUU
[ reference structure ] (((((((.....)))....((..))))))(.((((((((.((((...(((((((.(.(...(((((((.(..(((((((((((((((..(((.((((((.((((((((((.(((....))).)))))))))).)).......(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))...)))))))...))))))))...).))))))).......).......).))))))).......)))).)))))))).).
[ predicted structure ] (((((((.....)))..........)))).((((((((....((..((((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((..(((.((((.....((((((((.(((....))).))))))))..((.....)).(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))).)))...))))))))...)))))))..)).)))))))...))))...)))))))....)))..))...))))))))........
SRP_00338 [ FASTA input ] AGCCCCCGGUCCAGCGCGGCGGGCCAGGCGUGAACCGGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCCUAAGCGCCUCGGUCCGGGCGCCGCUGGGAAGCCGGGGGCGCUU
[ reference structure ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..)).)))))))...))))))))....
[ predicted structure ] .(((((((((((((((((.((((((((((((.....((((....(((....)))....))))...)))))).))))))..))).)))))...)))))))))....
SRP_00340 [ FASTA input ] GGUGAGCGUAACGUCUCGCUGUCACCUGAGUGGGGGUCGUCCGUUGGUGGCAGGAGAAUCGCGCUUCCCUGCCUGGCACCGGGUACAAGUGACAAUCUGCCCCUUGCAAGGCCGCAGUCUCCGGUGGGAUGGGGACGGAGGUCCCCAUCUCUCGGGUGAUGAUGAGACGCGCAACGCCUCAGGCUGGAAACAGAGCAGGGAAAAGUGUCCGCUGUGGCGCAGAGCAGGGAUCACAGAGUGUCACCCCGGCUGAACAGGGCAGGUGGAGGAGCUCCUCACACCGCGUUU
[ reference structure ] (((.((((..(..)..))))....((((..)))).)))..(.((..(.((........((((.......(.(.(....(((((.....((((((.((((.((((.((..((((((((((.((.(.(((((((((((....))))))))))).).)).)(...)..(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).)...))))))....)))).)))))))))))....)..).)...)))).......)).)..)).).....
[ predicted structure ] ((((.(((........)))...)))).....(((.....)))...((((..(((((.......(((((((((((..(((((((.....((((((.((((..((((((...((((((((.(((((.(((((((((((....)))))))))))))))).........(((((......(((....(((....)))....)))....))))).)))))))).....))))))....)))).))))))))))).))....))))))).))))...)))))..))))......
SRP_00357 [ FASTA input ] GGGGGCCCUGGUCCUCCCGCAACACUAGUUCGUGAACCUGGUCAGAUCCGGAAGGAAGCAGCCACAGCGGAUGAUGUGUGUGCCGGGAUGUGGCUGGGGUCUCC
[ reference structure ] (((((((((((((.((((((.((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))))...)))))...)))))))))))))
[ predicted structure ] (((((((((((((.(((((((((((..((((((.....((((....(((....)))....))))..))))))...)))).))).))))...)))))))))))))
SRP_00367 [ FASTA input ] GGUGGCCCCGUCGGUCCCUCGCGACGCUAGAUCGAAAAUCCCGCCAGGGCCGGAAGGCAGCAACGGUAUCGAUUGAUGCGGGCGCCGAGGUCAACCGGCGGGGACACCACCCCACUC
[ reference structure ] ((((.((((((((((.((((((..(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...))).)...)))))...)))))))))).)))).........
[ predicted structure ] ((((.((((((((((.(((((((.(((..((((((.....(((.....(((....))).....)))..))))))...)))..))).))))...)))))))))).)))).........


  • N/A - RNA 2D structure in Vienna format could not have been generated (most likely due to difficult to represent pseudoknot structure). Check secondary structure file for details.