RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00001

RNA: ASE_00001
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.((........((((((((((....))))..((((.....)))).....(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))(((......(((((((((...((......))....))))))))).(((.....)))...)))..........)).)))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((.........((((..(((...(((((.(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))))))))..)))((....(((((((((....(((....)))...)))))))))....)).........))))........))..)))))....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((............(((((((((((.........................................................))))))))))).......))))...)))))))))...((....(((((.................)))))......))...........................)))))))).
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....))))((((((.....))))))(...((((...........((((((((((((((..............((...((((((((((....))))))))))..))......))))))))))))))......)))).)))))))))))......((((((((.....((....))....))))))))................................)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((.......((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...(.......((((((((((((((........(((...((...((((((((((....))))))))))..))...))))))))))))))))).....)))))).)))))))........(((((((((....(((....)))...)))))))))((((.....))))...............)).)))))))).
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.........((((...........(((((.((((....)))).(((((.....)))))...........................((((.............................(((....)))....................))))....................)))))...............(((.................))).....................................))))....)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...........((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))(((....[[[((((((((....(((....)))...))))))))(((((.....))))).)))......]]]....)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((........(((...((...((((((((((....))))))))))..))...)))))))))))))))))......))))).)))))))))).....(((((((((....(((....)))...))))))))).(((.....)))...................)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((...(((.......)))...((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))...((....(((((((((...((......))....))))))))).[[[))...]]]................)).)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(.(((((............((((.((((....))))..((((.....))))......................((.(((.((((................(........((.(((....))).))..........).....)))).))).))..............))))........(.((..(((((.................))))).....)))...........................)))))))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.((.(((.(((((.(((((((...)))))))...(((((..(......).((((((((((((((...................((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))))))))).))).))....(((((((((....(((....)))...))))))))).(((.....)))...)))).........)).)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.......((((((((((....))))(((((((...)))))))...(((((...........((((((((((((((...........[[[[[[[[[(((((((((....)))))))))...........))))))))))))))......))))).)))))))))).....(((((((((.................)))))))))........]]]]]]]]]..............)))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.......((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((........(...(((((((((((...........(((................................)))........))))))))))).(...)))))).)))))))))))(..((....(((((.................)))))......)))(...)..)..).........((........)..).
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.((.(((.(((((.((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))))))))).))).))....(((((((((...((......))....))))))))).(((.....)))...)))).........)).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...........((((....(((.(((((.(((((((...)))))))...(((((..........(((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........)))))))))))))).)....)))))))))).))).......(((((((((..(.(((....))))..)))))))))((((.....))))..))))............)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...((((...(((((((..(((((....)))))..........)))))))..(((((...........((((((((((((((.....((((...))))...((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).......))))......(((((((..........................(((((.....))))))))))))............)))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....)))))(((((.....))))).....................(((((.(((((.........................................................))))).)))))..............)))))))))...((....(((((.................)))))......))...........................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.(..(((.(((((.((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))))))))).)))..)....(((((((((..(.(((....))).).))))))))).(((.....)))...)))).........)).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........)))).((.((..((((((.(((....))).((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))...((....(((((((((...((......))....))))))))).(((.....)))...................)).))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((((((((....))))((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......))))).))))))(((.......((((((((..(.(((....))).).))))))))(((((.....))))).)))..........)).)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.....(((((((((((((((...).))))(((((.....)))))((..((((..(.(.((((.((((((((((((((((..............((...((((((((((..))))))))))..))....)..))))))))))))))))))))))))))))))))...((..)).(((((((((((...........))))))))))))))))((...)).....((((..)).))..)).))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.(..(((.(((((.(((((((...)))))))....((((...........((((((((((((((...................((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))).))))).)))..)....(((((((((....((......))...)))))))))((((.....))))..)))).........)).)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((........((((.(..(((.(((((.((((((.....))))))...(((((..((....)).((((((((((((((......((......))...((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))......)))))))))).)))..)....(((((((((...((......))....))))))))).(((.....)))...)))).........)).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((((.............)))).(((((....)))))....(((((..........)))))...........((((((((((((((..((((.......))))..((((((((((....))))))))))..........))))))))))))))..........)))..((((.........((((((((.................)))))))).((((.....))))...................))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..{{{{{..))))........((((.(((((....)))))..(((.....))).(((......................)))......(((..<<<<<))).(((((.((((((((((....))))))))))....((((.......))))[[[[))))).....>>>>>]]]]..........((((((((.................)))))))).((((.....))))..))))..............}}}}}..

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