RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00002

RNA: ASE_00002
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.((((((((((((.....(((..(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..))))))))))))).............))).)))))))....((((((((((..((.(......).)).))))))))))((.(.....)))......................)))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((...(((((.......(((((..(((((((...((((((.....))))))....)))))..))..((....(((((((((((((..((....))..(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..))))))))))))).))...........))))))))))....((((((((((.................))))))))))))))....((((.........................))))..
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....)))))(((((.....))))).....((((.............(((((((((((........................................................)))))))))))........))))...)))))))))...((....(((((.................))))).......))..............................)))))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((((((.......)))))(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((............(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))..............(((....)))....((((((((((.................))))))))))..................................)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((........(((((((((....))))((((((.....))))))....((((.............(((((((((((((...(....)....((((...(((((((((....)))))))))...))))...)))))))))))))........))))..))))).))).....((((((((((.................))))))))))..................................)))))))).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((.......)))))(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((.............(((....(((((((((....)))))))))..))).....)))))))))))))..............(((....))).....(((((((((.....(........)..))))))))).((..((...)).....))................)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((.......)))))(((.(((((.(.((((((.....)))))).)..))))).)))........(((((((((((((.(..........(((((...(((((((((....)))))))))...)))))).)))))))))))))..............((((()))))....((((((((((.................))))))))))..................................)))))))).
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.........((((...........(((((.((((....)))).(((((.....)))))............................((((.............................(((....)))...................)))).....................)))))...............(((.................))).........................................))))....)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........))))....((((..(((((((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((.(((....))).(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))..............))))))))......((((((((((........[[[[[[[[.))))))))))(((............))).................]]]]]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((.......((((((((.(((((...((((((.....))))))....)))))............(((((((((((((............(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))..........))).)))))))))).....(((((((((.................))))))))).((........))......................)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............(((((((..(((((...((((((.....))))))....)))))............(((((((((((((..((....))..(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))...........)).))))).........((((((((((.................))))))))))..................................)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(.(((((............((((.((((....))))..((((.....)))).......................((.(((.((((...............((........((.(((....))).))........)).....)))).))).))...............))))........((((..(((((.................))))).....))))..............................)))))))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((.......((((((((.(((((...((((((.....))))))....)))))............(((((((((((((............(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))..........))).))))))))))....((((((((((.................))))))))))..................................)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((([[[[[[.((((((((((..)))))((((((.....)))))).....................(((((((((((((....................(((((((((....)))))))))..........)))))))))))))..............))))))))))....((((((((((........]]]]]]...))))))))))(((............)))................)))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.......((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((....(((((((((((...............(((............................))).......))))))))))).(...))))))).)))))))))))(..((....(((((.................))))).......)))(...)..)..)............((........)..).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.......((((((((((....)))))(((((.....)))))((...((((.......((....(((((((((((...............(((............................))).......))))))))))).(...))))))).)))))))))))(..((....(((((.................))))).......)))(...)..)..)............((........)..).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....)).((.((((((.....(((..(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..))))))))))))).............))).))))))))...((((((((((........[[[[[[[[.))))))))))((........)).......................]]]]]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((.......((((((((.(((((...((((((.....))))))....))))).........((.(((((((((((((.(((....))).(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))))........))).))))))))))....((((((((((.................))))))))))(((............)))................)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((....((((....(((((..(((((.....((((((.....)))))).....................(((((((((((((............(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))........))))).))))).........((((((((((.................)))))))))).........)))).....................)))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......((((((((((....)))))(((((.....)))))......................(((((.(((((........................................................))))).)))))...............)))))))))...((....(((((.................))))).......))..............................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((((.....(((..(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(..((...(((((((((....)))))))))...))..)..))))))))))))).............))).)))))))....((((((((((..((.(......).)).))))))))))..................................)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(((....(((((.......)))))(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(((((...(((((((((....)))))))))...)))))..)))))))))))))...........))).)))).((.((...((((((((((.................))))))))))....))....))......(((...............)))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((((.....(((..(((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(..((...(((((((((....)))))))))...))..)..))))))))))))).............))).)))))))....((((((((((..((.(......).)).))))))))))((.(.....)))......................)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((((......).)))((((((((((((((((((.((..)))))))))).)))))..((((((....(((((((((((((.(.(...............(((((((((((..)))))))))).).....).)))))))))))))).)))))).).))))((((..))))....(((((((((((...............)))))))))))..).....(..(.((...........)))..).).))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.............(((.....(((((...((((((.....))))))....)))))............(((((((((((((..((....))..(..((...(((((((((....)))))))))...))..)..)))))))))))))...............)))..........((((((((((...(..........)..))))))))))..................................)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.......(((..((((((((.(((((...((((((.....))))))....))))).)))........(((((((((((((..((....))..(..((...(((((((((....)))))))))...))..)..)))))))))))))..............)))))))).((...((((((((((.................))))))))))....))............................)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.(((((((.......))).(((((....)))))..))))......((((...............))))...((((.....((((............))))...(((((((((....)))))))))......((((.....)))).((((..............)))).....)))).(((((((((..((..........)).))))))))).))))....((((.........................))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........))))..((((((.....(((((....))))).((((.....)))).(((.............(((.....)))......((((((....)).)).))))).(((((((((....)))))))))......((((.....)))).((((..............)))).........[[[[[[[[[[........))))))...]]]]]]]]]]........((((.........................))))..

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