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|
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CACAGAGCACGGUGGUGGCCAACAGCCACCCACGGCGACGUGCGGGACAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCAGCGGCCCCGCGGCCUUCGGGCCACGGGGUGCGGGCAAGGGUGAAACGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGCGACGUCGGCGACGGCGUCGGCUCGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCAAGAGGGCGCUCCGGCGCCUGCGCUGACGGGCUGCUCGUCCGACGUCAGCGGGUAGGUCGCUCGAGGCACGCAGCAAUGCGUGACCCAGAUGGAUGGUCGCCCCCCAGCCCUCGGGCCGGGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((((((((....))))))))))).)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((....((((((....))))))..((((((((((.]]]])))))...))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(.......((.((((((((.((..(((((..((((..((.....))..))))..............(((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))..)))))...(((((.(((..((((.......((((((((....)))))))))))).....))).))))).((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))(.((((((((....)))))).)))...))..))))))))))((.(((....))).)))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................(((.((((((....)))).)).......................(((........((.((((....)))).)).......)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((........))))))...((((((....(((...(((((...(((......(((((..((((((((.((((....)))).)))))).)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))..))))).(((.((((..((((....((((((....)))))).((((((((((........))..))))))))....))))))))..((((((((....))))))..))...)))...))))))((((.(((....))).)))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................(((((((((((....))))))))))).................((((((.......))))))..((((((((....))))))))....................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.....................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................(((...................(((.......)))..)....))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....)))).........((...............(((((((((.....................)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....)).......))))............................................((((((.........))))))...........((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))....((((..............................(((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..(((((.......)))))((((..((((....)(((((....)))))..(((((((((((.....)))...)))))))).....)))))))..((((((((....)))))).))...........)))).((((.(((....))).)))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.((((((.....))))))((((....))))..........................(((.(.............................).)))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))............))....(...((((............................((((.....))))..............)))).)....(.((((((....)))))).)..................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((....((((((....)))))).(((((((((((.....)))))...))))))..............((((((((....)))))).)).........))))...((((.(((....))).)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.(((((((.....)))))).))(....))))).........((...(........(((((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).((((((.......))))))(((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....)))...))))))))....))))))))..))((((((....))))))(((.........)))....((((.((((..)))).)))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(.(.(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((.......((..................)......)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...............(((......................((.......)).......)))...............((((((((....))))))))..........).)..................)).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((.((.....((((((...)))))).((((....))))........................(((((....((.(((..(........)..))).))...)))..))(......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........)...............((...((((((((....))))))))..................................)).......((((((((....))))))))...............)).............))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.[[[[......)))..]]]]((((((..((((.....[[[[............)))).....((((((.((((....)))).))))))...]]]].((((.....(((((.....[[[[)))))..((((((((....))))))))]]]].....))))..(((.((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))....((((((....)))))).......)))...))))))((((.(((....))).)))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.....)))))).))((((((.((.(((....((((...(((.....((((((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..)))))((..((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..))((((((....))))))..((....))...))))))((((.(((....))).)))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))......................................(((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...................((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))................((((.(((....))).)))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....(((.((((((((...)))))))(((......))).........(((...........((((((................((((.........)))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((.((((....)))).)))....))).......)...........(((..((..(((((.....(.............(((...))))...).).)))..)).))).....(..(((((((....)))))))).........))..................)))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............(((((..((.((..............(....)))))..)))..))........(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...)))............(((.....((((((..))))))..((((((((((((...)))))...)))))))....))).....(.((((((((....)))))))).).........))))))..............)..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.....)))))).))((((((.(..(......((((...........((((((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))....).)....((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))..........))))))((((.(((....))).)))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))...((((((.((((((....................((((..)))).))))))..((((((((...(((((.(((((...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))))....))))).....(((((.[[[[....(((((((..))))))).[[[[[[[[...)))))......]]]]]]]]....]]]]))))))))((((((....))))))..(((..)))...))))))((((.((((..)))).)))) |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....(((....((((((.....))))))((((....))))..........................(((((.............................)))))...((((....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).............))))........(((((.................................((((...........))))............((((((((....)))))))).........)))))...............)))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..((((.(....(((..................(((((.....))))).)....))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)...............((.(....).)..).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((.......................))))))))..)).))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......))))))))))...(..((((......(((...................((((.....))))..)....)).....)))))...(.((((((((....)))))))))...................(.(....).)....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.........................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..(((((.....(((..................(((((.....))))).)....))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)...............((.(....).)..).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((.......................))))))))..)).))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......))))))))))...(..((((......(((...................((((.....))))..)....)).....)))))...(.((((((((....)))))))))...................(.(....).)....... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((.......................))))))))..)).))...(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))))).......))))))))))...(..((((......(((...................((((.....))))..)....)).....))))).....((((((((....))))))))....................(.(....).)....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((.....))))))...[[[[[)))))(((....((((...(((.....((((((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))).(((.((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))....)))....]]]]]((((.(((....))).)))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((.....)))))).))((((((..(.(((....((((...........((((((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.(....)))))))..((((((((....))))))))....))))..)))).....((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))..........))))))((((.(((....))).)))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((..((((((.....))))))........))))).......((((............((((.....((((((.((((....)))).))))))))))....((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))))))..((((.(((((.............((((((....))))))..((((..((((...(((((((.....(((((.....))))).....((((((....)))))).......)))))))..))))..)))).)))))...)))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..(((((.....))))).((((....))))...................................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).)).............................................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(...)..((((((((((.....)))))(((((....)))).)........................(((((((((.....................)))))))))..((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........))))))))))..........(...........................((((.....))))........(((.....))).....((((((((....)))))))).........)........................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(.((((((.....)))))))..((((((....(((....((((...(((.....((((((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))).(((.((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))....)))...))))))((((.(((....))).)))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((.((((((.(((.....))).((((((....)))).)).....((((...(((.....((((((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))....)))))).......((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))..........)).((((..........))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..............(((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))))))))...))))))).......((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))((((.........)))))))((((.(((....))).)))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((...)).).(((((((((((..(.(((..)).))..)).((((((...((.(..((((((...(.((..((((((((.(((((..))))).)))))).)))).)....))))))((((((((..)).))))))(((((((((....)..)))))).)))))..)))))).((.(((((..((((....))))))))))).(((((((((((((((........))..)))))))))..))))(......)(((((((....)))))).)(((..))))))))))))((((..(((..)))..)))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................(...).....................(....).................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........(((((((((.....))))))((((....)))).(((....((((.((.........(((((.(...(.............)..)..........)))..)).))....((((((.......))))))(((((((..(....)..))))).)).))))...))))))........(((.............................((((.....))))...............))).((...(.(..(((....)))..).)......))......................)...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))......((..............................(((.((.((((((.((((....)))).)))))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...................((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))...........))...((((.(((....))).)))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...))).))).((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))................((((.(((....))).)))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))...((((((....(((....((((...(((.....((((((.(((.(((((.((((....)))).)))))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))...))).(((.((((..((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))))..((((((((....)))))).))....)))...))))))((((.(((....))).)))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....)))))).(((....)))((((.....................)))).....((((((.((((....)))).))))))........(((......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).((((((.......)))))).....((((....((((((....)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))........((((((....)))))).)))............((((..........))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))...(((.((((.....)).)))))...........))))....((((((...((((....))))..(((((.................((((((.......))))))..((((((((....)))))))).[[[[[[..)))))]]]]]]...........((((((....(((((....))))).(((((<<<..))))).((((..(((((.....)))))..>>>.(((....))){{{{{{..))))...}}}}}}......))))))))))))... |
