RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00005

RNA: ASE_00005
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((((((.(((((((((((....)))))))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((((((....))))))))))))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.}}}}))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))((((((((((((((....))))))))))))))......]]]]]]]].).))))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.((.((((((((....)))))))).)).)).(((.(((((.(((.((((...((((..(((((.....((...((((....)))).)).....)))))........(.((((.((((((((....)))))))).)))).)...........))))...))))......((((..........((......)).((((((.......)))))).)))).((((.((((((((....)))))))))))).)))....((((..(((.(((((((((....))))))))).))).))))..))))))))...))))))))....))
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Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((...((((((((....))))))))....................................................................................................................................................................................................................................)))))))).................................................))))))))))....
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.((.((((((((....)))))))).)).))............................((((.....))))..((((....))))........................(((.((((((((....)))))))).)))...............................((((.....................((((((.......)))))).))))((((((((((((((....))))))))..............(...(((.(((((((((....))))))))).)))..)....)))))).....))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((.((((((((....)))))))).)).............................(.((((.....)))).)((((....)))).......................((((.((((((((....)))))))).))))..........................(...((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........))))))).(((.(((..((((....))))..))).)))..................))))))))))....
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((...((.((.((((((((....)))))))).)).))...(((())))...............(.(((((...))))).)((((....))))..........(............((((.((((((((....)))))))).))))..........)....((((....))))...((((.....................((((((.......)))))).))))((((((((((((((....))))))))............((((..(((.(((((((((....))))))))).))).))))..))))))...))))))))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.........((.(((((..........))))).)).........((((............(((((((((((...)))))).((((....)))).............................((.((((....)))).)).......(.....)..........))))).................(((((....................)))))...............((((((((....)))))))).......................................................)))).......))))))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((............((((((((....)))))))).((((....[[[[...))))...]]]]..(((..[[[[[....)))...((((....))))........]]]]]..((((....)))).((((((((....))))))))..(((.........[[[..)))..]]](((....[[[))).....((((((.....((((...))))..)))))).]]]...((((((((((((((((....))))))))............((((......(((((((((....))))))))).....))))..))))))))...))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.((.((((((((....)))))))).)).)).(((.((((((((((...((.(((.(((.((((.....((...((((....)))).)).....))))))).........(((.((((((((....)))))))).))).(((...))).....)))))...)))))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))........((((..(((.(((((((((....))))))))).))).))))..))))))))...))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((..((((((((((....)))))))).(((((............................(((((.....((...((((....)))).)).....)))))..........((((.((((((((....)))))))).))))..............)))))....(((....)))........))............((((((.......))))))....[[((({{((((((((....)))))))).)))......))))))..(((.(((((((((....))))))))).))).......}}...]]....))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((..(......)..)))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((..(.(...............)..)..)).........))).......)))))))))...(((...(..((((((....(((((...))))).))))))..)..))).....(..((((.((....)).)))).)........)))))))).................................................))))))))))....
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.((.((((((((....)))))))).)).)).(((.(((((..(................((((.....((...((((....)))).)).....))))............(((.((((((((....)))))))).))).(.(...).)......((((....))))...((((..........((......)).((((((.......)))))).)))).((((.((((((((....))))))))))))..........(...(((.(((((((((....))))))))).)))..).)..))))))))...))))))))))....
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Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........((.((.((((((((....)))))))).)).)).(((.(((((((((..(((...((((...((((.....((...((((....)))).)).....))))............(((.((((((((....)))))))).))).(((...)))....))))...)))))))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))).((..(((((((((....))))))).))..))............(((.(((((((((....))))))))).))).......)))))))).....))))))))....
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((..........))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((((........)))))))..)).))....())))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((.....)))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))................................((.(....).)..).).))))))))))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((.........((((((((....)))))))).......(((.(((((...............((.(((((.......{{{((((....))))........))))))).........(((.(((((((([[[[)))))))).)))..]]].].........((((....))))...((((.....................((((((.......)))))).)))).((((.((((((((....))))))))))))..}.}}...(((..(((.(((((((((....))))))))).))).)))...)))))))).))))))))))))....
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.((.((((((((....)))))))).)).)).(((.(((((.(((.((((...((((..(((((.....((...((((....)))).)).....)))))........(.((((.((((((((....)))))))).)))).)...........))))...))))......((((..........((......)).((((((.......)))))).)))).((((.((((((((....)))))))))))).)))....((((..(((.(((((((((....))))))))).))).))))..))))))))...))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((.(((..((.((.((((((((....)))))))).)).))...))).)).(((.....(((.((.((((....)))).)).((((((....)))).))......)))...)))......))).((((((((....))))))))...(((((...............))))).((((((.........((((((((((((.((.((((((.......))))))..(((.((((.((((((((....))))))))))))........((((..(((.(((((((((....))))))))).))).))))..))).))))))).)))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((.(((.(((((((((((....))))).((((..((.....))...))))...)))))))))..((((.....))))((((((....)))).))......))).....((..((((((.((((((((....)))))))).))((((.....(((..((((((((((((((....))).......((((((.....((((...))))..))))))))))......((((.((((((((....)))))))))))).)))..))))..)..((.(((((((((....))))))))).)))).....))))))))..))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((...((((((((..))))))))((.((..)).).)(..)((((((((((((((.((.((((((.((..(.(((..)).))..))(..)..).))))))).)..)).)))))).(((((((((((((((.(...))))))))))).)))))..(((((..)))))..(((((.((..((((((((................))))))))..))))))).)))))((((((((..)))))))).((...))).)))))))).((((((((((((((..)))))))))))))).)................))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.............................................................................................................................................................................................................(..............(....................................)...(....................)........................................).....))))....
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TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((.((((((((....)))))))).)).(((...)))...((((........(((((.(((((...)))))..((((....)))).(.........)...........((((.((((((((....)))))))).))))..................)))))))))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))......))))))).(((.(((((((((....))))))))).)))..................))))))))))....
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