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CACAGAGCAACGGUGGUGGCUAACGGCCACCCACGGCGACGUGCGGGACAGUGCCACAGAAAUCAGACCGCCAGCGGCCGCCGCUCCUCGGAGCAGCGGUGCGGGUAAGGGUGAAACGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGCGCUCCGGGUGACCGGGGCGGCUAGGUAAACCCCACCGGGAGCAAGACCAAGAGAGUCGCGUGGCGCUUCGGCGGUGCACGGCUUGCGCUGACGGGCUGCUCGUCCGAUGUCAGCGGGUAGGUUGCACGAGGCGUCCAGCAAUGGGCGUCCCAGAUGGAUGGUCGCCCACG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[..((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..((((((((((((....)))))))))).)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((....((((..((((.(((....)))...))))))))..((((((((((.]]]])))))...))))).....))))......((((((((....)))))))).....................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(..((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...).............((((((...............................................)).))))...............((((((((....))))))))..................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((...................)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))).......((((............................................((((.....))))..............))))......((((((((....))))))))..................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(..(((((((...)))))))..)(....).............((((..........(((((.((.(((((.((((....)))).))))))).)))..))(......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).......)..............(((.......)))..))))(((((((....(((((.(((..(((((((((((.....))))...)))))))))).)..)))))))))))........((((((.((.(......))).)))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.....))))))((((....))))........................(((((.((..((..................)).)).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......................((((.................................((.((......((((.....))))...)).))......))))......((((((((....))))))))..................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((.(((.((((.((((....)))).))))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((....((((((.(((.(((....))).))).)))))).(((((((((((.....)))))...))))))....))))......((((((((....))))))))..................... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((...)))))))((((....))))(.(((.....((((..........(((((.((.(((((.(((((..))))).))))))).)))..))((....(((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)....))((....))......(((.......)))..))))(((((((....(((((.(((..(((((((((((.....))))...)))))))))).)..)))))))))))))).)...((((((.((.(......))).)))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((......(((((((...)))))).((((....))))..........................((......(....................).....))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............).....................(.((((.................................................)))))...............((((((((....))))))))...........)))..))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......(((............((((((((.(......(.(...........)))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))......))))).......((((......................................(((((.((((.....))))....))))).....))))......((((((((....))))))))................).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.......((((((...))))))..(((....)))............................(((((.((((................)))))))))...(((((....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)...........)))))........(((..((((((((.....).)))........))..((((((...(..(((((...))))))..))))))..)).))).......((((((((....)))))))).......)))..))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((...)))))).)))((((((..((.((..((((((((.....(((..(((((.((.(((((.((((....)))).))))))).)))..)).)))...((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..(((...(((....)))......)))...........)))))))))).)).(((((..((((((((((((((((.....))))...))))))..)))))))))))..((((((((....))))))))((....))...)))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((...)))))))...((((((((((((....((((.............((((..))))(((((((((((..[[[[[[[((((.......((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))..(((.......)))(((...)))...))))).))))......((((((((.]]]]]]]......))))))))......))))))).((((((((....))))))))(((..)))....))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((.((.(((((.((((....)))).))))))).)))...))).....((.(((.......))).))((((((((((....))))))).))).))))...))).)))...))..((((....((((((.(((.(((....))).))).)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))......((((((((....)))))))).........(((....))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(..((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))...)...((((.(....((((((...............................(((((.....))))).)).))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)........... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(..((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(.........(((((((((.(.....................).))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))...)(..((((......((((((................................((((.....))))..)).)))).....))))).....((((((((....))))))))..................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(..((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))...)(..(((((.....((((((...............................(((((.....))))).)).))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)........... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(..(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(.........(((((((((.(.....................).))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))...)(..((((......((((((................................((((.....))))..)).)))).....))))).....((((((((....))))))))..................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(..((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((.(.....................).)))))....))))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))...)(..((((......((((((................................((((.....))))..)).)))).....))))).....((((((((....))))))))..................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...[[[[[[.)))....]]]]]]...(((((((((.(((....((((.......(((..(((((.((.(((((.((((....)))).))))))).)))..)).)))...((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..)))))).(((.((((.(((....((((((.(((.(((....))).))).)))))).(((((((((((.....))))...))))))))))...)))).....(((((((....)))))))))).........)))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((...)))))).)))((((((.(((.....((((((((.....(((....(((.((.(((((.((((....)))).))))))).))).....)))...((((((.(....))))))).(((((((((....)))))))).)..(((...(((....)))......)))...........))))))))...)))(((((..((((((((((((((((.....))))...)))))))..))))))))))..((((((((....))))))))...........)))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((...)))))))...((((((.........((((((((..........((((.....(((((.((((....)))).))))))))).....((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))).......................))))))))......(((((..((((((.....(((((.....)))))......))))))....)))))..((((((((....))))))))...........)))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.......(((((.....))))).((((....)))).................................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).......)........................................................................................(((...((....))...)))..................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(..((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....((((...........((((((((((((...................)))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))))))...)...((((............................................((((.....))))..(.....).....))))......((((.(((....))).))))..................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.((....((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))........(((((((((((((((((((((....))))..(((((.((((...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))))))).).))...(((....((((((.(((.(((....))).))).)))))).(((((((((((.....))))...)))))))))).))))))..(.((((((((....)))))))).)...))).))))))).)... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.(((((((((...))))).)))))...(((((((...((((((((((.((.(((.((((((..(((((((.(((((..)))))).)))).))))).))).))).))((((((((..)).))))))...(((((((((((((((((.(((......).)))).)))))..)))..)).)..)))).).))))))))..)....))))).))))))))))((((((..(((...((.((.((((......)))))))).((((((((....))))))))(((..)))).))..)))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................(.......)..(.)..(.......)........................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((.(......).)).............(............(...............).(((....))).......(.......................................(.(((....))).)).....)...............................................((((.(((....))).))).).................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((...)))))))....................((((........(.....(((.((..((((.((((....)))).)))).)).)))......)....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))).........................((((((.(((.(((....))).))).)))))).((((((.(((.......)))....))))))..............((((((((....))))))))..................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(..(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((.((.(((((.((((....)))).))))))).)))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...))).)))...((..((((....((((((.(((.(((....))).))).)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....))))))....((((((((....))))))))..........).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((.....))))))...(((((((((.(((....((((.......(((..(((((.(((.((((.((((....)))).))))))).)))..)).)))...((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..)))))).(((.(((..(((....((((((.((..(((....)))..)).)))))).(((((((((((.....))))...)))))))....)))))).....(((((((....)))))))))).........)))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((.....)))))).(((....)))((((.....................)))).....))))..((((....))))..(((((.((((...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))).....................(((.(((((.....))))).((((....)))).(((((.....)))))....((((......)))).))).((((.(((....))).(((((.....)))))..)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.....((((((.....)))))).(((....))).(((......[[[[[..........)))......((((..((((....))))..(((((.((((...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))))..(((...........(((...)))]]))).))))...(((..]]]))).{{{{{....))))).((((..}}}}}))))............((((.(((....))).(((((.....)))))..)))).... |
