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GGAGUGGGCCAGACGACCGCCGCGGAGCAAUCCGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAAGGCGCCGGCUAACGGCCGGGAGGCGUGAGCCUACGGAAAGUGCCACAGAAAAUAUACCGCCAAAGCGCGUAAGCGCCGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCAUUUCCGGCGACGGGAAUGGCAGGGAAAACCCCGCCUGGAGCAAGACCAAAUAGGCGUGCGAUACCGUGGCCCGCGGUGCAUGCGGGUAGGUUGCUGGAGCCUGCGCGUAAGUUCAGGCCUAGAGGAAUGGUCGUCCACGACAGAACCCGGCUUAUCGGCCCACUCCAAUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).)).(((.((((((((((...(((..(((.(((((.....))))).((((....)))).........)))..........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).))))))))).............((((.((((((((.(((((((.....)))))))......((((.(((((.((....)).)))))))))....))))).))))))).......)))))))...))))))))....)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................((((.((((((...)))))).((((....))))........(((............((((((...((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))...........))))..(((..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))))))...(((((.((....)).))))).................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((..(((((...(((((........))))))))))...((((..((((((((((...))))))..((((...............)))).............))))...((((((.((..(((((((.((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))((.(((....)))((((((.............)))))).))..))))...(((((((.....)))))))...)))))))...))))))))........))))...))..))))))))..((........)).......)))))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....................................................................................................................((((....))))...............((((((.......))))))...............................................................................................................................................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..(((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).))............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((..(((((....))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))....((......((((((....((((.....)))).)))))).....))........((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((...((.((.((((....)))).)).)).......((..................(((((.....))))).((((....))))................................((((....))))...............((((((.......)))))).((((((((....))))))))((.(((....))).)).............................((...(((((((.....))))))).))....(((.(((((.((....)).)))))))).........(((....)))......))......)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.(..........).))......(.(((((((((.............((((((...)))))).((((....)))).........((...............(((...((((....)))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))))................)))))...(((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))..((((.(((((.((....)).)))))))))........................))))).....)))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....((.((.((((....)))).)).)).(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((............(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))...)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......(((((.((....)).)))))...........................)))))))).).)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((....)))).)).))...).((((((((....)))...(((.((((((...)))))).((((....)))).........)))..........(((((.....((((....)))))))))..........((((((.......)))))).((((((((....))))))))((.(((....))).))((((.......))....)).........(((...(((((((.....))))))).)))..((((.(((((.((....)).))))))))).......((((....))))....)))))....)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).............((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................(((((.(.(((......)))))))..))((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))..)))))))))(..((((......((((((....(((((...))))).)))))).....))))).....((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((....(((((..(((.....)))..[[[[..)))))...]]]]..(((...(((......(((..((((....)))).))).....)))..........[[[[)))...((((....)))).]]]].((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).[[[[....))))..]]]]................(((((....(((...(((((((.....))))))).)))..[[[[.[[[[[))))).....]]]]]]]]].....)))))))).....................)))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.(((((..(((((...(((((........))))))))))....)))..))))((((((...)))))).((((....))))..((....(((..(((......(((((((...((((....)))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))((.(((....))).)))))..)))...))......((((((...((((((...)))))))))))).(((((((((((((.(((((.((....)).))))))))).((....((((....))))....))))))))))))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).)).....(((((((((.........(((.(((((.....))))).((((....)))).........)))..............(((...((((....)))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))).[[[[)))))..........]]]]........((...(((((((.....))))))).))...((((.(((((.((....)).)))))))))........................))))......)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((((....)))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((..(.......))).)))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))......................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((((((..(..))))))).))...))))..(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((...((((............((((((...((((....)))).)))...)))....(((((((.(...).))))))).(((((((....))))))).)))).......))))))))))))...(((..((..(((((((.)..((((...))))..))))))..)).))).......((((((((....)))))))).............((....)).................)))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).))..((.(((((((((....(((..(((.((((((...)))))).((((....)))).........)))..........(((((((...((((....)))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))).))).)))))....((......((((((...((((((...)))))))))))).....))...((((.(((((.((....)).))))))))).......((((....)))).....))))))....)))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((((((((...(((((........))))))))))..........((((((.......[[[[[[((((....)))).(((.....(((((........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))((((((.............)))))).........))))))))))))))..))))........((((.(((((..........))))))))).....))))))))..........]]]]]].....)))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........((((.........(((((........))))).((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((...((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...((.....)).)))))))))...((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))).((..((((((.((....)).)))).))..)).....((((....))))......)))).....)))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.((((((.................................((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................((((..............))))..((((.....((((((.......))))))..((..(((....)))..))..........)))).))))))))...((((..((..(((((....................)))))..)).))))......((((((((....))))))))...........)))))).............(.....).)))))).))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((....)))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((..((((......)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)......))))))).....(.(...).).......)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((....)))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.((((....)))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((..((((......)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).....(.(...).).......)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((.((..((((......))))))...)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......))))))).....(.(...).).......)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).)).(((.(((((((((...((((..(((.(((((.....))))).((((....)))).........)))..........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).))))))))).............((((.((((((((.(((((((.....)))))))......((((.(((((.((....)).)))))))))....))))).))))))).......)))))))...)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.........((((....)))).......(((.(((((((((.........(((.((((((...)))))).((((....)))).........)))..........(((((((...((((....)))).)))...))))....((((((.(....))))))).((((((((....))))))))...(((....))).....)))))............((((((...((((((...))))))))))))..........((((.(((((..........))))))))).......((((....)))).....))))))).)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....(((((...((((...((((((........))))))))))...((((..((((((((((...)))))).((((....)))).........................))))...((((....))))(((((..........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............((((((.............)))))).....)))))..)))))))))...((((.(((((((.....))))))).)))).....(((((..........((((....)))).......)))))...)))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((....................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).......(((...((((........((((((((((.....))))).((((....))))..................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))).............((((((..................)))))))))............((((((((....))))))))..........))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).)).(((.((((((((((...(((..(((.(((((.....))))).((((....)))).........)))..........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).)))))))))...........(.((((.((((((((.(((((((.....)))))))......((((.(((((.((....)).)))))))))....))))).))))))).).....)))))))...)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((..((.((.((((....)))).)).))...)))..))).)))).(((...((.(((((.(((..((((((.(((....)))...(((...(((..(((......(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))...)))..))).(((((.....((((((...((((((...))))))))))))..........((((.(((((.((....)).))))))))).....))))).))).........))))))))))))))))..)))..)) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).)).(((.(((((.(((.(.((((...((((((((..((..(((..((((....)))).)))...)))))..........(((((((...((((....)))).)))...))))....))))).....((((((((((((((((((....)))))))((..(((.....)))((((((.(((.(.((.....))).)))....))).)))))))))))).((((.(((((((.....))))))).)))).))))..)))).).)))...((((....))))....))))))))...)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..(((((.((((....)))))).))).(((.((((((.((...))...(.((.((((((...)))))))).).(((((((..(..)).))).)))....((..(((((((.((......))).).)))))..)).((((.((((((((..)).))))))...))))(....)(((((.(........).).)))).((((....(((((((((..((.....))(((((..............)))))(((((..(((((..(.((..)))..))))))))))...)))))))))..(..)))))).))))))))))))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.............................................................................................................................................................................................................................................((..................................(............)..........................((.......)).....))...)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((............................................................................................................................(....(..........)...(...)..............(((.....).)).............................................................................................(((.((....)).)))........................................).))..)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).)).(((.(((((((((....(((..(((.((((((...)))))).((((....)))).........)))..........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).......)))).))).))))).............((((.(((((((..(((((((.....)))))))......((((.(((((.((....)).))))))))).....)))).))))))).......)))))))...)))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).(((...)))..(((((...((((......((((((...)))))).((((....))))..((......))..........(((((((...((((....)))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))).)))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))).((((.(((((.((....)).)))))))))......)))))))..((........)).......)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((....)))).)).)).(((.((((((((((...(((..(((.(((((.....))))).((((....)))).........)))..........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).))))))))).............((((.((((((((.(((((((.....)))))))......((((.(((((..(....)..)))))))))....))))).))))))).......)))))))...)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........))))..((((....)))).((((....((((..........))))..(((((((((.....))))).((((....))))........))))..........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).(((((((......))))))).........)))).(((((.............)))))..(((....))).(((((((.....))))))).((((.((((.(((((.((....)).))))))))).......((((....))))..)))).((((....))))..)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.........))))..((((....)))).((((.....[[[[..))))....((((.....(((((.....))))).((((....)))).]]]]...))))..........(((((.....((((....))))))))).((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).(((((.............)))))..(((....))).(((((((.....))))))).((((.((((.(((((.((....)).))))))))).......((((....))))..)))).((((....)))).......... |
