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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Carnac(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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McQFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((........((....))....((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((....(......(((....))).)...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))). |
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UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold5
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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