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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00009



RNA: ASE_00009
Rfam family: RNaseP_arch

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(((....))).........((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((..((((.......)))).........)).))))).)))).........))))))))))))))))))......((..(((((..........)))))....))....)))))))).)))))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..........(....).....(((.(((((((((......(((((...(((((......))))).....((((............(((((((((((.............................)))))))))))........)))).....))))).))))...(((....)))...........................)))))))).)).))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((...(((..((.......))..)))((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((....(........((((.(((((.............(((....)))........))))).))))......)..))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))).....)))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................((((........)))).(((((((.............((((.(((((.......(((...(((....)))....))).))))).)))).........))))))).....................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........((....))....(((.((((((((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((.............(((....)))........))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((..((((..((.......))..))(((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((..(.(......(.((((.(((((.........(((.(((....))).....)))))))).)))).)....)).))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))..)))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...........((....)).........((((..........(((((.(.)(((((....)))))......................((((.(((((((...........(((....))).....)).))))).)))).................))))).........(((..)))............................))))........))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(((....))).........((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((.......(((...(((....)))....))).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((....[[[...)))))......]]].)))))))).)))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..((.......))..)).)).)))).)))))).(((((.((((((((....))))))((((((((........((...((((.(((((((..((((.......)))).........)).))))).)))).))......))))))))((((((.((...)).))...))))...........(((.((.........)).)))...)).))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (([[[[[[[........((....)).....[[[[[[[.[[[[[..))((((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((.............(((....)))........))))).)))).........)))))))))))).]]]]]..........(((((..........)))))..........]]]]]]]..]]]]]]]))
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(.((...((..((....)).)).(((.(((((...........((....).(((((....)))))......((((............((((.((((.((...........(((....))).....))..)))).))))........))))......).....((((........))))...........................)))))))).))).)))))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((..((.......))..)).)).))))).))))).(((((.((((((((....))))))((((((((........(....((((.(((((....((((.......))))..((.....)).))))).))))..)......))))))))..((((...............))))..........(((.((.........)).)))...)).))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((.(((....))).........((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((....((((.......))))............))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
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RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........((....))....((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((..(......)...((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.(((((.((....)).......(((((((..((((....))))...((((((....)))))))).)).)))............((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).))))......))))).)))..))))).((((...(((....)))............(((.((.........)).))).......)))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((..((((((((....((.((.....)).))(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((..(......)...((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).)))).........))))))))))))))))))....((....)))).))))))....(((.((.........)).)))...)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((..(((.............))))))))))).))))((((((.(.(((((((..)))))))((((((((.((.(.(((.(..(((((((((((((...(...............)....))).))))))))))..)))))))))))))))((.(((((.(((.((((..........)))..).)))).))))))...((........)).)))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((........((....))....((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((....(......(((....))).)...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....((..((....)).)).((((((((.(((((.....(((((...((((((....))))))((((((((.............((((.(((((((....((.....(((....)))))...)).))))).)))).........))))))))))))))))))..........(((((..........)))))..........)))))))).)))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((..((((..((.......))..)))).((((..((((....))))...(((((......))))).....................((((((((((((..((((.......)))).....((((((..................)))))).))))))).((((((.........)).))))...........))))).......)))).....)))))))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((..((((..((.......))..))))(((............((((...((((((....))))))aaaaa(((...........[[[[..[[[[)))...]]]]...((((.....))))..]]]]..)))).<<<<.<<......AAAAA))).>>>>>>.((.....))...(((((..{{{{{...)))))............}}}}}..)))))))).