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GAGGAAAGUCCGGGCUAGCACACACCUUAUGGGUGUGUAGUGUUUGUGCUAAGGGAAAUCAUAACCUUAGGUAUGUUGUAUAAACAUAACGGCAAACUAGUUAUAGCUAAGGUGUUUCACUACGUUAUAACUUAAAUUAAAGUGCCACAGAGACGAAUCUAUUUAGAAAUAAAUAGAGUGAAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAAUUAGGUAGGGGCACAUGAUGUGUAGCAAUACAACAUCAUGCAAGAUUUGAAUCUUGAGAUUAAUAGUCACAAAAGAAGAAAUUCUUUACAGAACGCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((.......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((...((((......((................)).......))))......((((...(...)...(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((....))...))))))).................))).......................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..(((((((.....)))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))........)))).((((.((..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))...((((..((((....))))...))))...((((((....)))))).......)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((..((((((((...))))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))......)))))...(((((((((..((((...((((......))))........))))..((((((((....)))))))))))))))))........))))(((((.((..(((..........)))...(((((((((((....))).))))))))((((((....))))))...............((((((....)))))).......))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((((.....)))))))...(((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((....((((....))))...(((......))).....((((......))))))).....)))...((((((((....))))))))......((((.....(((((....((((.........))))..)))))..(((((((((((....))).))))))))...((((..((((....))))...))))...((((((....))))))......))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.........[[[[.[[[[[.))))....]]]]]]]]](((.((({{{{{{.....)))..}}}}}}.((((((.....))))))..(((....((((....)))).(((.....)))........((((......))))))).....)))...((((((((....))))))))......((((.....(((((....((((.........))))..)))))..(((((((((((....))).))))))))((((((....)))))).(((.....)))...((((((....))))))......))))..... |
