|
|
|
GCGGGGAAAGGAGGCGAGGCAGUUGCGGCUCAGGCUUCGGUUAUGGGCUGAGGAAAGUCCGGGCUCCCAAAAGACCAGACUUGCUGGGUAACGCCCAGUGCGGGUGACCGUGAGGAGAGUGCCACAGAAACAUACCGCCGAUGGCCUGCUUGCAGGCACAGGUAAGGGUGCAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAACAUCGAGAGGUGUUGGCUCGGUAAACCCCGGUUGGGAGCAAGGUGGAGGGACAACGGUUGGUCUUUUACCUGUUCCGUUUAUGGACCGCUAGAGGUGGCUAGUAAUAGCCAUCCCAGAGAGAUAACAGCCCUCUGUCUUCGACAGAGAACAGAACCCGGCUUAUGUCCUGCUUUCCCUACUUUAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((((((.(((((((((.((((((((((....))).)))))))....[[[.[[[[[(((((.{{{{{{{.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..(((((((....))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....(((((..(((.}}}}}}}.)))))))).........)))......((((((((....))))))))..........)))))))(((((((...))))))).......]]]]]]]].).))))))))))............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((..((((.(((.(((((((....(((..(((((..((((..((((((......(((((.(((((((....(((......((((((.....))))))..((((..((....))....((((.........(((((((....(((((....)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))).)))).)))))))))).(((((((((..(((...)))..)))))))))..........)))))..((.(.((((((((....))))))))).))........))))))((((((...))))))......)))).)))))..)))))))))).))).)))).))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................((((((.....))))))((((....))))...............................................................((((((.......))))))..(((((((....)))))))............................................................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((((((((((....)))...))))))..(((((((((.((...((((..((((((....((((..(((((((((((...)))))))(((((((....((.((......)).))....))).)))).....(((((....)))))..))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))..)))).)))))))))).........))))...((((((((((((..((((((((....))))..)).)).((((((((....))))))))...)))))))..)))))(((((((...))))))).......))))))))))).))).))))))))......... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((.(((((((...((((((((((....))).)))))))............((((((((...........((((((((...))))))))(((....)))..........................(((((..(((((....))))).................((((((.......))))))..(((((((....)))))))..))))).........))))))))......................................................((((((((....))))))))...................)))))))...........................))))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.....(((((((.(((((((((.......))))))))).............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((...((((........))))..)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).)))).........((((((.................)))))).................((((((((....))))))))..........)))))))......................................))))))))))......... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((......(((((((.((((((((((....).)))))))))............(((((.......(.......((((((.....))))))((((....)))).........................(((...((((........))))..)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...............)...)))))........((((((..((((.......)))))))))).................((((((((....))))))))..........))))))).......................................)))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((.(((........................................(((((.((.(........).)).)))))(((((((...)))))))((((....)))).........................(((....(((((....)))))...)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).).................(((((.((((((((((.((.....)).)))))))))))))))...............(.((((((((....)))))))).)...............(((((((...)))))))...................))).)))))))).)....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((..(((.(((.(((((((...........)))))))............((((((..............(((((((...)))))))((((....)))).......................(.(((....(((((....)))))...)))....)......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))........((((((..(((.........)))))))))...............(.((((((((....)))))))).)........))).)))(((...........))).................).))).)))))............ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(((..............(((((.(..........).)))))..(((.((((((((((.........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..(((((((....))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))).(((((((((((........(((((((..((.......))..).)))))).....((((((((....))))))))...............)))))))))))...............))))))))....))).))))))))......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((.((((..(((..........(...(....)....)(((((.((.(((((.((.((......)).)).)))))(((((((...)))))))((((....))))..........)).).....(((.(((((..(((((((....))))).)))))..)))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).((......))(((..(((((.((((((((((.(((...))).)))))))))))))))........)))....(.((((((((....)))))))).)...........))))(((((((...)))))))...........)))...).))).)))))))).)....... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((...((((((((((((((((((....))).))))))).............(((((..............((((((.....))))))((((....)))).........................(((....((.(......).))...)))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......)))).....))))).........((((((..(((.........)))))))))...............(.((((((((....)))))))).).......))))))))....................................)))))))))............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.....(((((.....[[[[[[[.))))).....]]]]]]]....(((((....[[[[..........)))))(((((((...)))))))((((....))))..]]]].............(((...[[[.)))(((((....)))))...]]]..((((.....(((((.....[[[[)))))..(((((((....)))))))]]]].....))))(((((.((((((.((((((((..(((...)))..))))))))))))))[[[....))))).....((((((((....))))))))..........]]](((((((((((...))))))).[[[......))))..]]]....))))))))......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.((((.((((((((((((.((........)).)))))..(((((.((.((......)).)).))))).((((((...))))))(((((....))))).((......))...........))).)))).))))))))....((((........))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))((((.((((((........((((((.((((((((..(((...)))..)))))))))))))))))))).))..))....((((((((....)))))))).(((.((.(((..(((((((((((...)))))))..........))))))).)))))))))))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(((...........((((((((((....))).)))))))........((((((((((((............((((((.....))))))((((....)))).........................(((....(((((....)))))...)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))................))))))))((((((({{{{...{{{{........)))))....}}}}...............((((((((....))))))))...............}}}}[[[[.))..]]]]..........)))).......))).))))))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((((.(((((((((((((.((((....)).)).)))))............(((((..........((.(((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((((((.(((......))))))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))).......)).)))))))...(((..((((...(..((.......))...))))).......))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))...................................))))))))))............ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((..((((((((((((((.((....))..)))))))............(((((((..((((........((((((...))))))..(((....)))..........)))).............((..(((((((....))))).))))...((((((....(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).)...))..))))....))))))).........(((((..(((.........))))))))................(.((((((((....)))))))).).......)))))))..((((((...)))))).................)).)))))))))............ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((..(............(((.((........)).))).....((((.((.((......)).)).)))).(((((((...)))))))((((....))))..((......))...........(.(((....(((((....)))))...)))....)......((((((.......)))))).((((((((....))))))).).(((......)))....(((((.(((((((((..((.....))..)))))))))))))).................((((((((....))))))))..............((((((((((...)))))))..........))))...).))).))))))))......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....((((((.....[[[[....))))))....((((((......)))))).((((((((...........((((((((...))))))))((((..((((........(((((.........((((]]]]...((((((..))))))...))))..)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))...))))....)))).)))))))).((((((((((...........))))))))))...........((((.......((((((((....)))))))).............(((((((((((...)))))))..........))))...))))..))))))))......... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(((...(((..((.(((((((.((....))..)))))))..))..)))(((((....(((((((((.(((.((((((.....))))))((((....)))).....................(((((((....(((((....)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((.((....(((....)))......)).))).......))))))))))))....)).))).....((.(((.....((((((((....)))))))).................(((((((...))))))).........))))).....))).))))))))......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((....(((((((.((((((((.........))))))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((..(((((((..(((((.....)))))))))))...)....))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))..................((.(....).)..)....).))))))))))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.(....(((((((((((((((((.......))))))))).(((...)))((..(((..........((((.((((((.....))))))((((....))))..((...(((((.(........((((((...((((........))))..)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))))..))).)))).)))((..(((...((((((..(((((.....)))))))))))........)))))....((((((((....)))))))))).......)))))))))....................(.......).........)))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((....(((((((.((((((((.........))))))))((((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((.(.((((((..(((((.....)))))))))))...)....))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))..................((.(....).)..)....).))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.(....(((((((((((((((((.......))))))))).(((...)))((..(((..........((((.((((((.....))))))((((....))))..((...(((((.(........((((((...((((........))))..)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))))..).)))))).)))((..(((...((((((..(((((.....)))))))))))........)))))....((((((((....)))))))))).......)))))))))....................(.......).........)))))))))......... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.(....(((((((.(((((((((.......))))))))).(((...)))...((((..........(((..((((((.....))))).((((....))))..((...((.((.((........(((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))...))))).))).))(((..(((...((((((..((((((...))))))))))))........)))))).(.((((((((....))))))))).))......))))))))...................((.......))........)))))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(((((((((.....((((((((((....))).)))))))........((..(((((((....(((......((((((.....))))))..((((..((....))....((((.........(((((((....(((((....)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))).)))).))))))))))..))....(((.....((((((((((((...((.((((....)))).)).....((((((((....))))))))...)))))))..)))))(((((((...))))))).......))).)))).)).))).))))))))......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((.............(((((..............)))))..(((((........[[[.......)))))(((((((...)))))))((((....))))......................((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.(....)))))))(((((((((....))))))).))(((......))).]]](((((.((((((((((.(((...))).))))))))))))))).................((((((((....))))))))........(((..(((((((((((...)))))))..........)))))))).))).))))))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((.........(((((((...........)))))))......(((((.((((((((..........(((((((((..(((((..(((((....)))))....................((((.......(((((....)))))...)))).)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))).......)))))))).((((((((((...........))))))))))..........)))))))))...((((((((....)))))))).......((((..(((((((((((...)))))))..........))))..))))...))))))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.........(((((((...........................(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......))).......................................................(((...((....))...)))..........)))))))...........................((...........))))))))......... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((...............(((((((((.......)))))))))....(((.(((((.(((...............((((((.....))))))((((....))))..)))..((................(((.....((........))....)))..(((((.......(((((....((..((((((((((((....)))))).))).)))....((......)).)).........(((((.................))))).........)))))..(.((((((((....)))))))).)...........))))).................))....))))))))........))))))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((.(((((((((.....((((((((((....))).)))))))........((..(((((((....(((......((((((.....))))))..((((..((....))....((((.........(((((((....(((((....)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))).)))).))))))))))..))....(((.....((((((((((((....(.((((....)))).)....(.((((((((....)))))))).).)))))))..)))))(((((((...))))))).......))).)))).)).))).)))))))..)....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.((..(((..(((.....((((((((((....))).)))))))......(((((.(((((((....(((......((((((.....))))))..((((..((....))....((((.........(((((((....(((((....)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))).)))).)))))))))).(((((((((..(((...)))..)))))))))..........))))).)))...((((((((....))))))))..............)))..)).)))))).(((.((.((............)))))))................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((.(((((((.(......).)))(((((..((((.(((((((.((...((((((((((((..............((((((.....))))))((((....))))..)).)))).))....((((.(((((((....(((((....)))))...)))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))(((....))).(((((.(((((((((..((.....))..))))))))))))))))))..))))..)).(.((((((((....)))))))).)..........)))))(((((((...)))))))..)).)))).)))))..).))).)))))))..)....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(...(.(((((..((((((((((((..)))).))))))))...(((.((((((...((((((((((((((((((((((...))))).((((((((.((........)..).))))).).))..(((((((((((((((..)))))).)))....((((....(((((((((..)).)))))))(((((((((..)))))))).).......)))))))).)).).))))))..(.((..))...))))))))))).(((((((........).(.(....((((((((....)))))).))(...)))(((....)))((((((...))))))))))))).)))))))))))))).)))))))))......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................(((.(...........(..........................................)...............................................(........)....).)..)).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................(((.(........................((......))................(.(...(..........)...).)........................................................((.(.((((((((....))))))))).....))....)........................((.......)).......)))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((((((((.(((((...........((((...(....)....))))..............(((((((.............(((((((...)))))))((((....)))).........(((.............(((....(((((....)))))...)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))..........))))))).(((((((((..((.....))..)))))))))......................((((((((....)))))))).................(((((((...)))))))................)).))).)))))))).)....... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.((((..(((.(((.(((((((.((....))..))))))).(((...)))..((((((((............(((((((...)))))))((((....))))..((......)).........(((((((....(((((....)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).))))))))..(((...((((((..(((.........)))))))))........)))......((((((((....))))))))..........))).)))(((((((...))))))).................).))).))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((.(((((((((.(((((((..((..(((((((.....))))))).....(((((((((...............((((((.....))))))((((....))))..))))..((((.........(((((((....(((((....)))))...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))...)))))...((((((.(((..(((..(((...)))..)))..))))))))).....))..))))....((((((((....))))))))..........)))....(((((((...)))))))...........)))).)).))).))))))))......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((..((((((((.((....))....))))).....((((((......))))))..((((...............((((((.....))))))((((....))))..))))...))).........((((.......(((((....)))))...)))).((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((......)))).(((((....(((((..((((........)))).........((((....)))))))))......(((((....))))).))))).((((.........)))).((((.....)))).....)))).............))))))))......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((....((((((........{{{..))))))....((((((}}}...)))))).(((((((.....((((.....))))....(((.....aaaa))).AAAA.........(((.........bbb.......)))(((....)))((((........))))...((((((BBB....))))))..(((((((....)))))))..((((......)))).))))))).((((.(((((((..<<<...)))))))..((((((((....))))>>>.....((((((((....)))))))).....[[[...))))..((((((]]]..))))))...........))))........))))))))......... |
