RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00014

RNA: ASE_00014
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((...)))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((..((.........(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))))..)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.((((.((.(((((((((.....)))))))))......(((((.((((.(((((...((((.(((((....)))))((((((...)))))).....)))).......((((((.(((....)))))))))....)))))....(((((((((....)))))))))...........))))....((((((..(((((......))))))))))))))))...))((((((((((((....))).......)))))))))....)))).((((((...(((..............))))))))).)))))))))))))
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).....((((..((((((..........(((((....)))))((((((...))))))................(((((((.((....))))))))).....((((....(((((((((....)))))))))......))))..........)))))).)))).......))))))...(((.((((..(((((((((((.................)))))))))....)))))).))).....(((((...........))))).....)))))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.........(((.................)))............((................(((((....)))))(((((.....)))))........................(((((........................((((((((....)))))))).....................)))))...........(((.(.......................................................).)))...............................)).....)))))))))))..
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).....((((..((((((.((..((((.(((((....)))))((((((...)))))).....)))).......(((((((.(((())))))))))).....((((...((((((((((....)))))))))..)...)))).......)).)))))).)))).......))))))...(((.((((..(((((((((((.((..(.....)))...)))))))))....)))))).)))..((.(((((...........)))))))...)))))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((((..........((((.............)))).......(..((((............(((((.((((....)))).(((((.....)))))...........................((((...........................(((....)))........................)))).......................)))))...............(((.................))).........................................)))).)....))))))).)))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((....(((.....(((.(((((((.(((....))).)))))))....))).[[[[.(((((....)))))((((((...)))))))))..]]]].......(((((((.[[[[[[[[))))))).....((((....(((((((((....)))))))))......)))).......]]]]]]]]............)))))))..((((((.......(((((((((.(((.......)))...)))))))))....[[[[[[.........)))))).........]]]]]].....)))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((.(((((((((.....))))))))).)).....)))))((((((.((((((((..((.((((..(((((((((((...)))))))....((..............)).((((((((((((((...))))))(((..(((((((((....))))))))))))...((.....))..))))))))..(((((......))))))))).)))).))..))))..((.(((((....))))).))..).))).))))))......((((((...(((..............))))))))).)))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.........(((((((((.....)))))))))((....))............((.....((.(((((....)))))((((((...))))))................(((((((.((....))))))))).....(((((...(((((((((....))))))))).))....))).........[[[[[[..[[[[[....))]]]]]]]]]]]..........(((((((((.((.........))...))))))))).....................{{))...........}}.......)))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((((((((....((..((((((...........)))))).))..((.(((((..............(((.((((....))))..((((.....))))......................((((.(((((.............((.........((((((....))))))...........))........))))))...)))...............).))........((((..(((((.................)))))......)))).............................)))))))..))))))))..))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((...)))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((..((.........((((((.(((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))))..)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((....(((((((((.....)))))))))........)))))((((((.((((((((.....((((..(((((((((((...))))))).......................((((((((((((((...))))))(((..(((((((((....))))))))))))..............))))))))..(((((......))))))))).)))).....)))).....(((((....))))).....).))).))))))......((((((...(((..............))))))))).)))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((........(((((((((.....))))))))).......((((((.......(((((((...(((((....)))))..((((.....(((((..................)))))((((((((...((((......))))...(((((((((....))))))))).................))))))))..(((((.......(((((...))))).......(((((((((.................)))))))))...)))))...))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(...(((((((..........((((.............)))).....(((.(((((((((........((((((((((....)))))(((((.....))))).....................(((((.(((((...........................................................))))).))..)))...............)))))))))...((((..(((((.................)))))......)))).............................))))))))..)))))))...)..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((...)))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((..((.........(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))))..)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......)).((((((((..((((.(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((.............(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))....)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))....)))))).))))))
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((.....))))))))).)).).))((((((...((((((((.((((((((((..))))))))))...).).))))))...(((((..(...(((((((.(((..))))))))))(..)...((((((((((((((((..)))))))))......(((((((.............)))))))....(((.(((((((((((((((..(((((.(........))))))..)))))).))))))).)).)))))))))))..))))).((......))).))))))))..)))))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((.....))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((.............(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((.......((((((((..(((((......))))))))))).)).(.....)......)))))...)))))))....)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((...)))).(((.(((.(((((((.(((....))).)))))))...(((((((...(((((....)))))..((((....((((.(((..((.........(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....(((((...((..((((((((..(((((......))))))))))).)).((...))..))..)))))...)))))))))..)))))))((....)).....))))...)))))))..........))))))...))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.(((((..((((((((.......))))))))........((((.......)))).))))).(((((....)))))..((((.....((((....))))........(((((((.((....))))))))).....((((....(((((((((....)))))))))......)))).......(((((((...(((((......)))))..((((.((........))))))(((((....)))))......)))))))............))))....(((((...........)))))....))))))))))))))
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((....(((((((((.....)))))))))......(((((((....[[[.))).((((.(((((....))))).((((.....))))]]]...)))).......(((((((.((....)))))))))....(((((((..(((((((((....))))))))).....((((((.........{{{{{.)))))).......((((}}}}})))).....)))<<<<<<<<(((....))).))))..>>>>>>>>)))).))))...........(((((...........)))))....))))))))))))))

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