RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00016

RNA: ASE_00016
Rfam family: -

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	........((((((........................................................................................................((((....))))(((((((....)))))))...(((((((................................................((((..(((((((....))))))).))))...........................)))))))...))))))...((((((((((((((.(((((....)))))))))))))))).)))....................(((((((...)))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((((((((.(((((..((..(((((((.((((((((.(....))))))))).)))))))..)).))))).....(((..(((((((((((((...))))).))))))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......((((....)))).((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).))))))))))))))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..))))))))).((.(((((((.(((((........))))))))))))..)))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((..(((((((((((..(((((((.......)))))))..))))))).)))))))))).(((((...(((((((((((((...))))).)))))))).....)))))....((((((((....))))))))..(((((((((......((((....)))).(((...(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....)))))))))))))...))))))))))))...))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..))))))))).((..((((((.(((((........)))))))))))...)).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((..(((((((((((.((((((((.(....))))))))).))))))).)))))))))).........(((((((((((((...)))))).)))))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((.(((......))).......(((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....))))))))))..))....))))))))))))).)))..)))))))))...)))))....(((((((((((((((((.......))))))..))))))))).))..((((((.(((((........)))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(.................................).......................................................((((....))))(((((((....)))))))...(((((((...........................(((((((((...((((....((.....(((((((....))))))).....))....)))))))))))))........)))))))............(((((((((((((((((.......))))))..))))))))).))..((((((.(((((........)))))))))))......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((.(.(((((((((((.((((((((.......)))))))).))))))).)))))))))).(((((((((......((((((...))))))...((((((..((((....))))(((((((....))))))).)))))).....................((((((.....))))))............((((...((((((......))))))))))..)))))).)))...((((....))))...........)))))....(((((((((((.(((((.......)))))...)))))))).))).(((((((..((((........)))).))))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((..(((((((((((.((((((((.(....))))))))).))))))).))))))))))........((((((((((((((...)))))).)))))))..)((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((((((......)))).....((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))))))..)....))))))))))))).)))).)))))))))...)))))....(((((((((((((((((.......))))))..))))))))).)).(((((((.(((((........)))))))))))).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((..(((((((((((.((((((((.......)))))))).))))))).))))))))))....(((..(((((((((((((...))))).))))))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......((((....)))).((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).))))))))))))))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..)))))))))....(((((((.(((((........)))))))))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((..(((((((((((.((((((((.(....))))))))).))))))).)))))))))).(((((.(((((((((((((((...))))).))))))))..)).)))))....((((((((....))))))))..(((((((((......((((....)))).((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).)))))))))...))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..))))))))).((.(((((((.(((((........))))))))))))..)).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((((..(((.(((((((.((((((((.......)))))))).))))))))))..)))))).........(((((((((((((...)))))).)))))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((...................(((...(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....)))))))))))))...))))))))))))...)))))......(((((((((((((((.......))))))..)))))))))....(((((((.(((((........)))))))))))).....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((.(((((..(((((((((((.((((((((.(....))))))))).))))))).)))))))))..(((((.(.(((((((((((((...)))))).)))))))...).)))))....((((((((....))))))))..(((((((((.......(((....)))..((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).)))))))))...))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..))))))))).((.(((((((.(((((........))))))))))))..)).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((((((.......(((((.(((((((.......[[[[[[[......))))))))))))))))).(((((...(((((((((((((...))))).)))))))).....)))))....((((((((....))))))))..(((((((((................((((((.....)))))).....(((((.(((((...(((((((....))))))))))))....]]]]]]]...)))))......)))))))))...)))))......(((((((((((((((.......))))))..))))))))).))))).................(((((((...)))))))..
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((...[[[[[.(((((..((..(((((((.(((((.((((....))))))))).)))))))..)).)))))......))))(((((((((((((...)))))).)))))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......((((....)))).((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).)))))))))...]]]]]......(((((((((((((((.......))))))..))))))))).((.(((((((.(((((........))))))))))))..)).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((..(((((((((((.(((((((.((....))))))))).))))))).)))))))))).(((((...(((((((((((((...)))))).))))))).....)))))....((((((((....)))))))).((((((((((((((..[[[[))))]]]].((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).))))))))).).))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..)))))))))....(((((((.(((((((...)).)))))))))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((......(((((((((((((.((((((((.......)))))))).))))))).)))))).....(((((...(((((((((((((...)))))).))))))).....)))))....((((((((....))))))))..(((((((((......((((....)))).......(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....)))))))))))))......)))))))))...))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..)))))))))....(((((((.(((((........)))))))))))).....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((.(((((..((..(((((((.((((((((.(....))))))))).)))))))..)).)))))..(((((.(((((((((((((((...))))).))))))))..)).)))))....((((((((....))))))))..(((((((((......((((....)))).((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).)))))))))...))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..))))))))).((.(((((((.(((((........))))))))))))..)).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((((((.(((((..((..(((((((.(((((((.((....))))))))).)))))))..)).)))))..(((((.(((((((((((((((...))))).))))))))..)).)))))....((((((((....))))))))..(((((((((......((((....)))).((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).)))))))))...)))))......(((((((((((((((.......))))))..))))))))).)))))((..(((....)))...))..)).((...)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((((..((..(((((((.(((((.((((....))))))))).)))))))..)).))))))....(((..(((((((((((((...)))))).)))))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......((((....)))).((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).)))))))))))))))))......(((((((((((((((.......))))))..))))))))).)))))(((((.(((((........)))))))))).......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..(((((....)))))((((((((.(((((((.(((..)))))).))))))))))))..((((.((.((((((((((((((...(((((...)))))....)))))...((((...).)))((((((((..))))))))..))))))).)).((..))(((....))).)))))).(((((.(((...(((((.(.(((((..(((((((....)))))))))))).).)..))))))).)))))(((((((.((......)))))))))...((((((.(((....)))...(((........))).))))))))))).....(((..)))....(((((((...)))))))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.(((((..((..(((((((.(((((((.((....))))))))).)))))))..)).)))))..........(((((((((((((...)))))).)))))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((.......(((....)))..((((..(((((((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))))))).)))).)))))))))...)))))......(((((((((((((((.......))))))..))))))))).....((((((.((((((.....).)))))))))))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((.(((((..((..(((((((..((((..(.(....))..))))..)))))))..)).))))).....(((..((((..(((((((...))))).))..))))...((((....))))(((((((....)))))))...(((((((((......((((....)))).((((..(((..((((...((((....(((((..(((((((....)))))))..)))))....))))))))..))).)))).))))))))))))))))).)))).(((((((((((((((.......))))))..))))))))).((.(((((((.(((((........))))))))))))..)).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((....))))..(((((((..((((((.........))))))..))))))).))))..(((...(((((....))))).((((.....)))).....(((((..(((......))).((((((....))))))..))))).((((.((((......))))..((((((.....))))))..)))).)))..(((((..(((((((....)))))))..)))))..((((......((((....)))).(((....))).(((.....)))..((((((.(((((.......)))))...)))))).))))..((((....)))).......((((((.....))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.(((.((((....))))..(((((((..((((((.........))))))..)))))))..)))........(((((....))))).((((.....))))....((((((..((((....)))).((((((....))))))..)))..(((((.((((......))))..((((((.....))))))..))))).....(((((..(((((((....)))))))..)))))..)))))).(((((((....)))..(((....))).)))).....((((.(((....[[[[)))....]]]]....((((.......)))).)))).((((((.....)).)))).(((.....)))

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