RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00017

RNA: ASE_00017
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((...((......((((((..(((..(((((.......)))))...)))..))))))((((..((((((((((..((((((((((((.....(((.((((...)))).)))..)))))))).))))..))).....(((((((((((..(((((..((((.....((((....(((((.........)))))..))))..))))(((((....((.(((((......)).))))))))))....)))))...))))))))(((((((........)))))))...)))..)))))))...)))).))..))).
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...(((((....((((.........(((((.......)))))..........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((...................................................................................................)))))))))))....................)))))(((((((........)))))))....................))....)))).
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................(...........)......................(((((((................(((((.....)))))(((((.......)))))((((((.....................................................................................................))))))..............................(((((..........))))).........)))))))................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.........((((((...((...............))..)))))).......)).(((((..(((((((.......(((..((((.......)))))))...((((((((...(...((((((..(((((...)))))(((..(((((.......)))))))).(((.....(((((.........)))))...)))...........................))))))...)..)))...)))))...........(((..((.((((....)))).))..)))...)))))))...)))))...)))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((......).)))).)).(((((......(((.........)))))))).(((((((.((((((((....((((((((((((.(((((...((.(((((((((((((.(((..(((((((.(((((...))))).(((((((((.......))((.....((((.(..(((((.........)))))).))))..))))...........)))))....))))))).))).))))...)))))..)))).)))))))..)))))))...)))))..........))))))))..)))))))..)))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((...........................(((((.......))))).........................................................(..(((.........)))).................................................................................................................................................(.(........).)..............................)))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....[[[...))))....]]](((.[[[[)))...((((.........))))]]]]...(((((.((((((((((..(((((((((((((((((...))))))((((.....))))))))))).))))..))).....(((((((((((..(((((..((((.....((((....(((((.........)))))..))))..))))(((((.......(((...........)))..)))))....)))))...))))))))(((((((........)))))))...)))..)))))))..))))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....((.....)).((((((..(((.(((((((....).))).))).)))..))))))(((((.((((((((....((((((((((((.....(((.((((...)))).)))..)))))))).))))(((((...)))))(((((((...(((((...(((.....((((....(((((.........)))))..))))..))).(((((....((.(((((......)).))))))))))....)))))....))))))).((((((........))))))........))))))))..)))))....)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((.........bb))).......((((aaa.aaa..))))...AAA..AAABB.(((((.(((((((.......(((((((((.............(((((((((((((.(((..(((((((.(((((...))))){{{{{{............((......<<<<))..(((((.........)))))..>>>>..........................))))))).))).))))...)))))..))))}}}}}}[[[[[))))))...)))]]]]]........)))))))..)))))....)))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(((((.........(((((((........(((((.......))))).........))))))).....(((((((..(((((((......)))))))........(((((((...)))))))......................................((((.....(((((((....((..(....).))..)))))))..))))........................................................(((((((.((...))))))))).......))))))).....)))....)).).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((....(((((......))).))...........(((.(((.........)))..))).(((((((.((((((((....(((((((((((.((((.....))))...((.....))..))))))).))))(((((...)))))(((((((...(((((...(((.....((((....(((((.........)))))..))))..))).(((((....((.(((((......)).))))))))))....)))))....)))))))(((((((........))))))).......))))))))..)))))))...))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((...))))..(((((...[[[[[[............))))).(((((((.((((((((....(((((((((((((((((...))))).............)))))))).))))(((((...)))))((((((((..(((((..((((.............(((((.........)))))........))))(((((]]]]]]....................)))))....)))))...))))))))(((((((........))))))).......))))))))..)))))))..)))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((((..iiiiiii(aaaaaaaa(<<<<.))))))...jjjjjj.((((((.[[[[[[[[....[[[[[(cccccc.cccccccc.ccccccc(ffffffff)>>>>AAA..))))))eee.e(()FFFFF..((((({{{{{..)))))eee..)AAAAA.))...III..FCCCCC))E((((((((.)CCCCCCC.IIIIFFhhhhh..EEEEEE..JJJJJJ)))))).}}}}}...CC..CCCCCC..C]]]]]))dd)))))))).......]]]]]]]]..))HHHHH.DD))))
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((((......)).))).........(.(((((((.........)))).))))(((((((.((((((((.(..(((((((((((((((((...)))))..(((.....))))))))))).))))(((((...)))))((((((((..((((((.((((.....((((....(((((.........)))))..))))..))))(((((....((.(((((......)).))))))))))..).)))))...))))))))(((((((........)))))))......)))))))))..)))))))..)))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....(((((..((((...))))....)))))...((((.........)))).....(((((((.((((((((....((((.......((((....((((......))))..........(((((((.(((((...))))).((((((..........((((.....((((....(((((.........)))))..))))..))))..........))))))....)))))))....)))).......))))..........(((((((........))))))).......))))))))..)))))))..)))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...........((((....................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.....)))))..................................................................................................................))))..................................................................)))....)))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((..((......((((((..(((..((((((....).)))))...)))..))))))(((((.((((((((....((((.......((((.......((((((((((.((((..((((.((((...(((((...))))))))).))))..((((..(((..........)))...))))..............)))).)).))))))))....((.(((((......)).))))))))).......))))..........(((((((.(....).))))))).......))))))))..))))).)).)))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((..(((((......)).))).))).))).((...((((.........))))..)).(((((((.((((((((....((((.......((((.......((((((((..((((((.((((.((((...(((((...))))))))).))))..((((..(((..........)))...))))....))))))(((.....))).))))))))....((.(((((......)).))))))))).......))))..........(((((((........))))))).......))))))))..))))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((..((......((((((..(((..((((((....)).))))...)))..))))))(((((.((((((((((..((((((((((((((((.....)))))((((.....))))))))))).))))..))).....(((((((((((..(((((..((((.....((((....(((((.........)))))..))))..))))(((((....((.(((((......)).))))))))))....)))))...))))))))(((((((.(....).)))))))...)))..)))))))..)))))))..)))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((.(((......)))))..(..)((((((((..(........)).))))))).((.((((..(((((((.........((((((((.((((((.....(((((((((((((..))))((((((..(((((...))))).((..((((((....)).))))))..(...........)..((....(...(((.(.(((..((...)))))))))....)...))))))))(((......)))))))..)))))..)))))).).)))))))(((((......).))).))))))))...))))))..)))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................(.(.........................................).).........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...............((((((..(((..((((.(....)..))))...)))..))))))(((((.((((((((..........................((((((((.........((((.((((...(((((...))))))))).)))).....................................................))))))))....((.(((((......)).)))))..........................((((((........))))))........))))))))..))))).....))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((..((......((((((..(((..((((((....).)))))...)))..))))))(((((.((((((((....((((.......((((.......((((((((..((((((.((((.((((...(((((...))))))))).))))..((((..(((..........)))...))))....))))))(((.....))).))))))))....((.(((((......)).))))))))).......))))..........(((((((........))))))).......))))))))..))))).)).)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((((......)).)))......(((((...((((.........))))..(((((....))))).((((....(((((((((((.((((.....))))..(((.....))).))))))).)))).(((.....))).)))).(((((.......)))))....((((....(((((.........)))))..))))......(((((..........................))))).......((((.....)))).((((((........))))))..))))).(((.............))).))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....(((((...<<<)).)))(((>>>..)))(((((((...{{{{{.))).))))..}}}}}..(((((((.(((((.....))))).((((.....)))).((((((.....))))))..(((((.((((.....)))).(((((((((.......)))......((((....(((((.........)))))..))))......[[[[[.....))))))....)))))...(((]]]]].....)))(((.....))).(((((((........)))))))........)))))))............))).

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