RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00018

RNA: ASE_00018
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((((((.(((((((((...(((....))))))))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((.}}}}}}})))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))(((((((((......))))))).))......]]]]]]]].).))))))))))....
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..((.(((((((.................))))))).))...))))))..................(((((((...)))))))((((....))))........(((............((((((...........)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))..................((..((((......(((((((....((....................((..........))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))).........................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((..(((((((..((((....))))....)))))))...(((.(((.(((((....((.(((((((((((...)))))))((((....)))).......((.((............(((((((((...)))))))..)).......((((((((....(((....(((((((((....))))))).))..)))..)))))))).)).))...)))).))..(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))..))))).........(((((((....)))))))))).)))...)))))))).....((((((...................))))))......))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((((.............))))))))).............................((((((((...))))))))((((...))))..........................(((((((...)))))))...........((((((.......))))))............................................................................................................................................................))))))))..........................................))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.............))))))))).............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((...)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((............................................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))..........................................))))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((((((((...............))))))))............(((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((...)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))...(((......((((((..............................(((.......))).)))))).....))).......((((((((....))))))))..........)))))))..........................................))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(..((((((((((((((...(((....)))))))))))).........((((((...(((((((.(((((((((((...)))))))((((....))))........................(((((((((...)))))))..)).......((((((((....(((.....((((((((....))))))))....)))..))))))))............................((((((((....))))))))...))))))))))))))))).....................((((((((....))))))))...................(((((((......)))))))...........)))))..).))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....))))))))))))............(((((.............(((((((...)))))))((((....))))........(((.............((((((((.....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))...............)))))....((......(((((((..(.....(((....)))......).(((........)))..))))))).....))........((((((((....))))))))..........)))))))..(((((((......)))))))....................))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.....((.(((((((((...(((....)))))))))))).)).(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...((((((((....))))........(((.....)))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(.(((((((......)))))))..)......)))))))).).))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(..((((((((((((((...(((....)))))))))))).........((((((...(((((((.(((((((((((...)))))))((((....)))).........((........))...(((((((((...)))))))..)).......((((((((....(((....(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))((........))................((((((((....))))))))...)))))))))))))))))(((((.((.............((((((((....)))))))))).))))).((........(((((((......))))))))).........)))))..).))))))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((.((((..................))))))..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...........)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((..............................................)))))...............((((((((....))))))))..........)))))................).).................(.....).))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((...((.((((...(........))))).))...)).(((.(((((((((.........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((((...)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))(..((((......((((((..........((....))........(((((.....).))))..)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))..................(((((..........))))).........))))))))...))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.....(((((((((...(((....))))))))))))......))))..((((...........[[[(((((((...)))))))((((....)))).................))))..]]](((((((...)))))))..((((.....[[[[[[[[....))))(((.((((((((....))))))))....)))..]]]]]]]]....((((..(((.....(((((((..(((((((((....))))))......((((...)))).))))))))))...))).))))....((((((((....)))))))).(((..[[[[[.)))...]]]]]..(((....[[[[[)))........]]]]]......))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))....((......)).((((.((((((((((...((((..(((.(((((....((((((.......))))))..))))).))).((((((((....))))))))..........))))))).))))))).))))..(((((...........)))))......))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((({{{{{{.(((((((((...(((....))))))))))))........))(((((...(((((((.(((((((((((...)))))))((((....))))..........................(((((((...)))))))...........(((([[[[....[[[)))).((((((((....))))))))....]]]..]]]]....((........))................((((((((....))))))))...)))))))))))))))).....(((((............((((((((....))))))))..........}}}}}}...(((((((......))))))).........)))))......))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((.(...(((....))).))))))))............(((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((.(.....).))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..(((((((.......(..................((..(....).).)).)))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))..........................................))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((.....(((....)))..))))))).))...))))...((((.........(((((((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........((((((((((...)))))))..)).).....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))))....))))...))))))))))).(((.((.......((((((..........................(((..(...)).))..))))))..(((.......(.(.((((((((....)))))))).)).........(((((.((..((((......))))..).)))))).))).)))))...))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))....((......)).((((.((((((((((...((((...((.(((((....((((((.......))))))..))))).))..((((((((....))))))))..........))))))).))))))).))))..(((((...........)))))......))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((((...(((....))))))))))))......(((((((((((.........(((((((((((...))))))).((((...))))........(((........))).))))((((((...))))))............((((((((.....[[[[[[.((((((((....)))))))).........)))))))).))))).((((((...............((((((((....)))))))).....))))))))))))...(((((..]]]]]]........((((((((....))))))))...))))).)))))))).....((((((...................))))))......))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.(((((((((...(((....)))))))))))).)).(((.(((((.((..........((((((((((.....))))))((((....)))).......................((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....((......)).......((..((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((........)))..))))))).....))))))....((((((((....))))))))(((......)))...................))))..........)).))))))))...))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((.(((...................))).)).((....(((((.((((.........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((.........................((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))).....((.....)).....................................................))))).............(((((((....))))))).))........)))))))............................(....)........))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((...............))))))))((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.............................(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((((((...................)))))).(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.............................(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))......)))))))............................(.......).....))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((...............))))))))((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.............................(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((((((((...................)))))).(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.............................(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...........................((.......))....))))))))))....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((((((.((((((...................)))))).(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))...)))))))))))))(..((((......((((((.............................((((.......)))))))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......)))))))..........................(.(.......).....))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....))))))))))))......(((.(((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((..((..(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).)))....)))))))..(((((((......)))))))....................))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.....(((((((((...(((....))))))))))))......))))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))))...))).))))))))...............((((.((((((((((...((((.((...(((((....((((((.......))))))..))))).....((((((((....))))))))........))))))))).))))))).))))..(((((...........)))))......))))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((((.................................(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....)))).............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))....................................................................................(((...((....))...)))..........)))))))..................................((........))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((.((((.................)))).)).((....(((..(((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..((....(((.............(((((..((...))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....)))...))))))))))))............((((((............................................)))))))))............((((((((....))))))))))........)))))))............................(....)........))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....))))))))))))......(((.(((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((..((..(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).)))....)))))))..(((((((......)))))))....................))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))))(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............(((((((((...)))))))..)).((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)).))))...))).))))))))..((((..((..(((((((...((((((((....))))))))....((((...))))....)))))))..)).))))......((((((((....)))))))).........)))))).((.(((((((......)))))))............((((....))))...)).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((((...(((....)))))))))))).))...))))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.......((..((((((((((...)))))))...))).....((((((.......))))))))(((((((....))))))).....))))...))).))))))))(((.((......(((((((...(..(((((....)))))..)....((((...))))....)))))))((((.(((.((....((((((((....)))))))).((......)))).)))..(..((((......))))..)........)))))))))...))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(.((((((((((((((...((((..)))))))))))))))))(((.((((((..(((((((((.((((.((((((...))))))(.......)(((..)))...((((........))))((((((((((...)))))))..)))..(((.((((((((...(((((((((((((.......)))))))))).)))....))))))))))).(((...(((...)))..)).)..((((((((((..))))))))).).)))))))))))))(((.((((..(((.............((((((......)))))))))..))))).)).((.((.(((((((..(..)))))))).).))).).)))))))))))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.................................................................................................................................................................................................................................................................((((.(.....(..((......))..)...........................((....))............((.....(...)...))........).))........................))....))))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.................................................................................................................................................(.(.....)...........(..(.............(...)..................((.(...........((......))..).................(((((....)))...))....))....).).........(((.((..................(.)..............)).)))................)..........((.......))....))))))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....))))))))))))............(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((..............(((((((...)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((......(((((((...(..(((((....)))))..)....(((.....)))....))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..(..((((......))))..)....................))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....)))))))))))).(((...)))..(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((......(((((((...((((((((....))))))))...(((........)))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..(((((((......)))))))....................))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((...(((....)))))))))))).((......((.(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).))))))))..((((..((..(((((((...(..(((((....)))))..)....((((...))))....)))))))..)).)))).))...((((((((....))))))))))........)))))))..(..((((......))))..)....................))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.((((.(((..(((((((..((((....))))....)))))))....((((.......))))....))).((((((.....))))))((((....))))........))))..............((((((.....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))....(((.(((...............(((...((((((((....))))))))......((((....)))).))).(((....))).))).....(((((((....))))))))))........))).((((.(((((((......)))))))............((((....))))...))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.((((((((..(((((((..((((....))))....)))))))....((((.......))))....)))).(((((.....))))).((((....))))........))))..............((((((.....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))....(((.(((..................(((((((((((....))))))......(((.....))).)))))..(((....))).))).....(((((((....))))))))))........))).((((.(((((((......)))))))............((((....))))...))))...

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