RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00020

RNA: ASE_00020
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCCGAAAGACCAGACUUGCUGGAUAACUUCCAGUGCGAGCGAUCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAAAAUACCGCCAAAACAAUUCAAAAUUCAAAAUUCAAAAUUCAAAAUGAAUAAUUUUGGAUUUUGAGUCUUAGUUAUGAAUUCAAUUUUGGUAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGUAUCGAGAGGUACUGGCUCGGUAAACCCCGGUUGGGAGCAAGGCCGAAGGAACUAUGGUUGGUCUUUUACCAGUUCCGUUAUCAGAGAGCCGCUAGAGGCGUUUGGUAACAAACGUCCCAGAUAGAUAAUCGCCCUCGUGUAAAGCAAUUUACACAGAGAACAGAACCCGGCUUAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	........(((.((((((((((.[[[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((.....(((((..(((.]]]]]]].))))))))............)))......((((((((....)))))))).................((((((((((....))))))).))).......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((...(.((..((((((....((((......((((((.....)))))).(((((..((....))...(..((.............(((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..)))....((((((..(((.........)))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))........................((((((((((....))))))).)))........))..))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................(((...((((....)))).........................(((((.................................................................((.....)))))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........)))).....)))........(.........(.....(((.....)))...).........).......((...((((((((....))))))))..)).......................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((......)))..(((((((.....((......((((((.....))))))((((....))))..)).....(((.............(((((((..(((((..(((....(((((((((((((((.......)))))))))))))))...)))..)))))....)))))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))..)))).)))))))))).((((((..(((((..((((.........)))))))))....((...((....(((..((((((((....)))))))).....)))....))...((((((((((....))))))).)))....))...))))))..
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((..................................................................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).))))..........((((((.................))))))....................((((((((....))))))))...............))..........................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.............(((((...............((((((.....))))))((((....)))).........................(((((((......................................................................)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...................)))))..((((...((((((..(((((.....))))))))))).........).)))......((((((((....))))))))...............))..........................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........)))))..............((((((.....))))))((((....)))).......................(((((((((.((((((.((((..(.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).).)))).))))))...)))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).................................(((((..((((.........)))))))))..........(((((...(.((((((((....)))))))).)...............((((((((((....))))))).))).........)))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(.((..((((((..............((((((.....))))))((((....)))).......................((((((((........................................................................))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))..)).)...(((((...((...........)).)))))..................(.((((((((....)))))))).)...............((((((((((....))))))).))).................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.((((((((((.........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((..((((((...((((((((((((((((..........)))))))))))))))).........))))))....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....((((((..(((.........)))))))))...........)))......((((((((....)))))))).................((((((((((....))))))).))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........)))))..............((((((.....))))))((((....))))......................((((((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))..........(((((........)))))..(((((..((((.........))))))))).........((((((...(.((((((((....)))))))).).((.......))...((((((((((....))))))).))).........))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................((.(((((((((...)))))).((((....)))).........................(((.(((..............(.......................................)...............))).)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))).))..............(((((....................)))))...................((((((((....))))))))...........................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((((((((...............((((((.....))))))((((....)))).........................(((..............................................................................)))..(((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))..........)))......))))(..(((....((((((..((...........))))))))...........))))...(.((((((((....)))))))).)...............................................))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..[[[[[....))))).........]]]]]((((((.....))))))((((....)))).......(((((.............(((((((.((((((.........((((((((((((((((.....))))))))))))))))........))))))...)))))))...)))))...(((((.....[[[[)))))..(((((((....)))))))]]]].......(((....)))...(((((((..[[[[[[..[[[)))))))..]]]]]]]]]((((((...[[[[[[.....((((((((....)))))))).......))))))....((((((((((....))))))).))).........]]]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((....((((......((((((.....)))))).(((((.(((.....))).(((((.............(((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........)))))))))).((((((..((((((..(((.........)))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))..........(((.....)))...((((((((((....))))))).))).........))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((.............(((((((.....)))))))(((((...............................(((((((.((((((.((((....((((((((((((((((.....))))))))))))))))...)))).))))))...)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).............)))))).........(((((...(((.........))).)))))..........(((((.....((((((((....)))))))).................((((((((((....))))))).))).........)))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...............(((((..........((.(((((((((...))))))).(((....)))..........(((..........((((((((............................((........................................))..)))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))).......)).)))))))...(((..((...(((((.((.......))......))..)))..)).))).....(.((((((((....))))))))).....................................................)....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(...).....(((((....((((......(((((((...)))))))((((....))))..........................(((((...((..................................................(.((.....)))))...)))))...((((......(((((.(...).))))).(((((((((....))))))).))......)))).)))))))))....(((...((((((..(.(((......))))))))))..........)))....((.((((((((....)))))))).))...............(((((((((....))))))).))..................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((((....(.......((((((.....))))))((((....))))...(......)..........(((((((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))..(((......))).)))))))).((((((..((((((..(((.........)))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))........................((((((((((....))))))).))).........))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....(((((((((..))))[[[[[[[[)))))((((((.....)))))).(((((.............(((((.............(((((((.((((((..(((((((((((((((((..........)))))))))))))))))........))))))...)))))))...)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).....))))(((((((.....(((....(((((..((((]]]]]]]].)))))))))((((((..............((((((((....)))))))).......)))))).)))((((((((((....))))))).))).......)))))))...
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((.((......)).)).))))).(((((.....))))).((((....))))..((......)).........................(((((((....((((((((((((((((.....))))))))))))))))...............))))))).............((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((......)))).....(((..(((.....((...(((((((((.....)))))..))))..)).....))))))...((((((((....))))))))................))))(((((........)))))...........))).......
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((......................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((((..((((((..(((((.....)))))))))))...).....).))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....))..........................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((........................................................................))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((...((((((..((((((...)))))))))))).........).))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....))............................((.......))..)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((......................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((((..((((((..(((((.....)))))))))))...).....).))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....))..........................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((........................................................................))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((...((((((..((((((...)))))))))))).........).))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....))............................((.......))..)
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((...)))(..((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((........((((((((........................................................................))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))...))))))))).)))))..((((...((((((..(((((.....))))))))))).........).))).((.(.((((((((....))))))))).))...........))............................((..(...)))..)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((.....))..{{{{{{{{...(((......((((((.....))))))..((((..((....)).(((((((.............(((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...(((((...((((((.......))))))....)))))....))))))))))))))...))))..}}}}}}}}.(((((((.<<<<<<....)))))))......>>>>>>.(((((...[[[[[[.....((((((((....)))))))).......))))).....((((((((((....))))))).))).........]]]]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((((............((((((.....))))))((((....)))).....................(((((((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...))))....((((((.(....)))))))..(((((((....)))))))..((((......)))))))))))).((((((..((((((..(((.((....)))))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))....(((...[[[.))).]]]...((((((((((....))))))).))).........))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........)))))((((((((((...(((((((.....)))))))(((((.............(((((.............(((((((.((((((.........((((((((((((((((.....))))))))))))))))........))))))...)))))))...)))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))........(((((........)))))............))))))))))..................((((((.....((((((((....))))))))....................(((((((....))))))).............))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))...............................................................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))...........................................................(((...((....))...)))...............))..........................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((......(((.((((.....(((........(((((.....))))).((((....))))..((....((((............................................................................................................(((((.((....)))))))..(((((((....)))))))....))))....)).))).))))..........((((((..(((((.....)))))))))))............))).....((((((((....)))))))))).......).....)).............................(....).......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(...(.((..((((((....((((......((((((.....)))))).(((((..((....))...(..((.............(((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..)).)...((((((..(((.........)))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))...).))))............(((((((((((((....))))))).)))..........)))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((.....((..(((((((....(((......((((((.....)))))).(((((..((....))..((((((.............(((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...(((((...((((((.......))))))....)))))....)))))).))))).........))))))))))..)).((..((((((..(((.........)))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))...))..)).(((.....)))...))).((((((....))))))......................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.(((((.((.....(....).)).)))))((((((.....))))))((((...(((.((.((((.(.(((.........(((((((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))...(((....))).....))))...(((((..((((.........)))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))....))))))....)))..))))))))(((((((....)))))))...........))).......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.((((((.....(((((((((.(((((((((.....))))(((.((((((.(......)))))))))).((((((..(.((((((((((((((.((((.((((..((((((((((((.......))))))))))))..)))))))).))))))..)))))))))..))....((((((((((..)).))))))((((((((((..)))))))).)).)).))))((((..))))).))))................))))))))).....(((((........)))))(((....(((((((((..)))))))))(..)((........)).((((((((((....))))))).)))).).)).))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................((......))........................(................)..(....)...........................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................(((((.((.....(........).)..........(...........((.....(...)...................(..(.........(((.(...................)....)))...........).......)....(((((..((....))..))).))(((......))).))....)...(((....((((((..(((.((...)).)))))))))...........))).((...((((((((....))))))))..)).....).))))).............................((.......))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((((((.....((......((((((.....)))))).(((((..((....)).....................(((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...........((((((.......))))))....(((((....)))))..))))).........)).))))))).........(((((...(((.........))).)))))(((((((((..(((......))).)))))))))........................((((((((((....))))))).))).................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.(((...)))..((((((((............((((((.....))))))((((....))))..((......)).........(((((((((((.((((((.........((((((((((((((((.....))))))))))))))))........))))))...)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).))))))))..(((....((((((..(((.........)))))))))...........)))......((((((((....)))))))).................((((((((((....))))))).))).......))).......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((........)))..((((((....((((......((((((.....)))))).(((((..((....))...(..((.............(((((((.((((((.((((.((.((((((((((((((((.....)))))))))))))))).)))))).))))))...)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........)))))))))).((((((..((((((..(((.........)))))))))(((((((((..(((......))).)))))))))........................((((((((((....))))))).))).........))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........)))))..............((((((.....))))))((((....))))........(((((.............((((((.((((..........))))....((((.....))))..))))))...(((((((........)).)))))...))))).((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........)))).(((((....))..)))...((((((..(((.........))))))))).........((((((.....((((((((....))))))))....................(((((((....))))))).............))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...{{{.....)))))......((((}}}..))))....((((....((((....))))))))....(((((.............((((((.((((..........))))....((((.....))))..))))))...(((((((........)).)))))...))))).(((......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....(((((....((((((....))..))))..(((.(((....)))))).))))).((((..<<<<<...))))(((..[[[)))..(((...........)))]]]>>.........>>>(((((((....)))))))...........))).......

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