RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00022

RNA: ASE_00022
Rfam family: RNaseP_bact_b

			UCAUAACGUUUGGGUAAUCGCUGCAACGCCAACGUUGUAGAGGAAAGUCCAUGCUCGCACGGCCUGAGAUGGCUGUAGUGUUCGUGCCUAGCCAAUUCAUAAGCUAGGGUAUUCUGGCUGUAAGGCUGGUUUAACGGCAGGGAAAAAACCUAAGUCCUUUCGGAUAUGGUUUGACUACCUUUAAAGUGCCACAGUGACGAAGUCCUUGAAGAAAUGAUAGGAGUGGAACGAGGUAAACCCCACGAGCGAGAAACCCAAAUAAUGGUAGGGGAAUCUUUUCCAAGGAAAUGAACGAUGGGAAAGGACAGGUUGUAUAACCUGUAGAUAGAUGAUUGCCACCGGAGUACGAGGCGUGGGCCGUUUGCAGUACAAAGGAACAGAACAUGGCUUACAGAACGUUAUGAACCA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.((((((((((((((((((.((((((((....))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((((((....)))))))))).)((.(((.....((((...((((....))))..))))......))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))(((((((....)))))))........))))))).((((((((((((((....))))).....))))))))).......]]]]]]]].).)))))))))).....
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((((((....)))))))).......(((((...(((((((((......)))))).)))......((((((..........))))))........(..............)...((((((.....((((...(((......)))..))))......))).......)))............((((...(....)...)))))))))....((....)).........................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).......(((.((((((.((((((......))))))..(((.(((..((((((.....((.(((((((....)))))))))..))))))....))))))(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.........))....((((............)))).......))))))...))).))))))....(((........)))...))).(((((((((.............)))))))))(((((((....))))))).......))))))))...............(((((((((......................))))))))).)))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((((((....))))))))...........((((((.((((((......))))))..........((((((..........)))))).....((((((....)))))).........(((....(((((.................))))).....)))......................((((............))))....................))))))...............................................................................................((((...................))))......................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((((((....))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((............)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((((......))))))................(((((((((...................))))))))).......))))))....................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((((((....)))))))).....((.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((............)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))).......................((((((((.((........))..))))))))((((((......))))))................(((((((((...................))))))))).......)))))))...................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((((((.((((((((....)))))))).))...((((((((....((((((......))))))..........((((((..........))))))(((((((((...........(((((.(.(((((.....(((((..((((((((...............((((.....((.((((..............................)))).)).))))...................(((...........))).........(((.............))))))))))))))))......))))).).)))))........)))))))))...))))))))..............................)))).)))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.((((((((....))))))))...............(((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).((..((((((....))))))..))...((.((....(((((...((((....))))..))))).....))........)).............((((...(....)...))))...............................(((...........)))...((((((((..(........)...))))))))((((((......))))))........))))))..................(((((..........................)))))..................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((...........(((((((......)))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........)))))).....((((((....))))))......((.(((....(((((...((((....))))..))))).....))).....(((((............((((............)))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))....((((((((.(........)..)))))))).(((((((....)))))))................((...(((((.(((....))).).....))))...)).......)))))))).....)))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((((((.((((((((....)))))))).))...((((((((((((((((((......)))))).)).......((((((..........))))))(((((((((.(....)((..(((((.(.(((((.....(((((..((((((((......((......((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))..(...............(((...........))))..))....(((.(........)..))))))))))))))))......))))).).)))))....))..)))))))))).)))))))))(((.....((........)).....)))..)))).)))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................((((((((....))))))))....(((.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((..(((..........)))..))..(((.(((....((((...(((......)))..))))......))).......)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...((((((((..(........)..).)))))))((((((......)))))).................(...(((((.(((....)))...)...))))...)........))))))))..................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((......((((((((....)))))))).......)))...((((.[[[[[[))))..]]]]]].((((((...((((((..........))))))...((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((.......((((..........((((............))))))))...))))))...)))...))).)))).(((......[[[[[[)))..(((((((((.............)))))))))(((((((....)))))))..........]]]]]].....((((..(((....)))[[[[...))))....]]]].))))))........)))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((...)).((((((((....)))))))).........((((..(((((((((......)))))).)))..))))((((((..........))))))(((((((((..((((.....(((((...(((((.....(((((..((((((((...(((.((((...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))..((((((.....................)).)))).....((((....)))).)))).))).)))))))))))))......)))))...)))))..))))..))))))))).....(((((((((.....((........)).....))))))))).)))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.........((((((((....))))))))..........(((.....((((((......))))))..........((((((..........)))))).....((((((....))))))................(((((...((((....))))..)))))..............................((((............))))....................................................((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))................................[[[[[.......................)))]]]]]...)))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((.(((((((((((((((....))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((..........)))))))..(((.((((...((((...(((......)))..)))).....)))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................))))..((((((.(((........)).).))))))..(((((......)))))........))))))).(((((((.(((((............))).)).))))))).).))...........................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((((((((((((....))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..(((((((........))))))).).(((.(((...(((((.(.((((....)))).)))))).....))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................))))..((((((((.(........)..))))))))..(((((......)))))........)))))))).(((((((((.((.............)).)))))))))..................)))))))........
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))..(((((.((((((......))))))......(......(((.........(((((((....))))))).....)))(......))....((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...))..)))))......(((............)))...((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))........)))))))..((.....))....(((((((((.....((........)).....))))))))).)))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((.((((((........((((((((..))))))))....))))))..........(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((.......((((..........((((............))))))))...))))))..)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((.............)))))))))((((((((..)))))))).......))))))))...............(((((((((......................))))))))).)))))))))))....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((.((((((........)))))).)).(((.((((((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((............))))))..((.((((....((((...((((....))))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).))))))))...(((..((....))..)))...............................................................................................................))))))))..................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((............)))))).)((((((((..(((((...(((......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((........))))).......)))))))).(((((((((...................))))))))).((.(....))...)...)))............
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((............)))))).).((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).....((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).))))((....)).)))))))))))..(((...........)))...(((((((((((........)))).)))))))((((..........))))........))))))).((((((((((................).)))))))))..................)))............
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((............)))))).)((((((((..(((((...(((......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((........))))).......)))))))).(((((((((...................))))))))).((.(....))...).).)))............
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.((((((((((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((............)))))).).((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).)))))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........)))).)))))))((((..........)))).......)))))))).((((((((((................).)))))))))..(.......).......)))............
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((............)))))).(((((((((...((((....((......))...))))....))))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)))).)))))))((((..........))))........))))))).((((((((((................).)))))))))..(.......).......)))............
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(((.((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((....((((......))))(((.(((.((.((((((((.............((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...)))...))).))))))))......((((.((.((..((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))..........)).))))))........))).)))))))...))).))).........)).)))))))))).)))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).).......................((((((......)))))).....((((......)))).(((...(((((.(.((((....)))).))))))...((((((.......((((..........((((............))))))))...))))))...))).)))))).....(((............)))..(((((((((.............)))))))))(((((((....))))))).......))))))))...............(((((((((......................))))))))).)))))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((.((((((((....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...........................((.((((......((.................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))...................)))....))))))).......................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...........................((.((((....((((...(((......)))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).)))))))).............(((((.....((((((((...............))))))))((((((......))))))..........))))).(((..((((...................))))..))).......))))))))..................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(((.((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((....((((......))))(((.(((.((.((((((((.............((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((...(....)...)))))))).))))))))...)))...))).))))))))......((((.((.((..((((((((.(........)..)))))))).(((((((....)))))))..........)).))))))........))).)))))))...))).))).........)).)))))))))).)))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((....((.((((((((....))))))))..))....((((((((((((((((......)))))).))).((((((.((((..........))))((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...)))...))).))))))))......((((.((.((..((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))..........)).))))))..))))))))))))).))((((...((........)).)))).((.....)))))))))))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((..((.((((((((....))))))))..))(((.(((((.((..((((((......))))))..((((((.((((((((.((((........((((.((((.(((((...((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((...(....)...)))))))).))))))))...))))).))).))))))))......((((.((.((.(((((((((.(........)..)))))))))(((((((....)))))))..........)).))))))))))....))).)))))).((((.....)))).))))))).)))))))))).)))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.(...((.(.(((((((..))))))))))...(((.((((((.((.((((((......))))))))((((((.(((((((..........)))))))....((((((((.((((.(((((.(.((((((...((((((((...((....)).)).))))).((((((((...).((((((..........((((((........))))))))))))..))))).))(((((.(((.(((..(((...........)))...)))(((((..)))))..).))))))).(..((((((........))))))..))....)))))).((........).)..))))))))))))))).)))).))))).).))))))))))).))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................(.....(........).((.(.(......)..)....).(..............).....(.......)...................(....(.....)....)..........................................(.(....).).......(....(.(.....))..)..(((....)...))....)...)...((....(........)....))........
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.........(((((..........))))).)))(((((((((..(((((((((......)))))).)))..))))((((((..........)))))).((..(((..........)))..))..((((((.....((((...(((......)))..))))......))).......)))((.((..((...((((...(....)...)))).))..))...))...((((...........(((........))).))))..((((((((..(........)...))))))))(((.(.........)))).(...(.((.((....(....((((.....(((.......))).))))...).))))...).))))))..................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(((..(.((((((((....)))))))).)...((.(((((.((..((((((......)))))).........((((((((.............((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((...(....)...)))))))).))))))))...)))...))).)))))))).......(((.((.((..((((((((.(........)..)))))))).(((((((....)))))))..........)).))))).........))).))))).....................)).)))))))))).)))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......))))))...((((...((((((..........)))))).((..((((((....))))))..))..((((((....(((((...((((....))))..))))).....)).......))))............((((............))))...))))..((......))....)))))...(((..((....))..)))...((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))........))))))).((...((((..(((....))).......))))...))..................)))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(((.((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((..((((((......))))))..(((((..((((((((.((((........((((.((((.(((.....((((......)))).(((...(((((...((((....))))..)))))...((((((....((.((((..........((((............)))))))).))))))))...)))...))).)))))))).......(((.((.....((((((((.............)))))))).(((((((....))))))).............))))).))))....))).)))))..((((.....)))).))))))).)))))))))).)))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((......((((((((....)))))))).......))))..(((((((((((......)))))).....((((.((((((..........)))))).....((((((....))))))......((((........(((...((((....))))..))).(((......)))...))))......))))...(((............))).((((.............))))..)))))...((((...............((((.(((((.............)))))....(((((((....)))))))....))))....(((............))).))))..((((...........))))....((((((.........)))))).....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.......<<<<<<<.)))).>>>>>>>...........(((((..((((((aaaa..))))))....AAAA..((((((..........))))))....bbb(((......{{{{)))...}}}}.........((((..((((....)))).((((........[[[[[....))))...........((((]]]]].......))))........))))...bbbbbb)))))................BB.BBBB...((((((((.............)))))))).(((((((....)))))))....BBB....((((..((.....)).))))......((((...........))))....((((((.........)))))).....

---