RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00023

RNA: ASE_00023
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((......((.(((((((((((((....)))))).))))))).)).(((.(((((.((..((((((......))))))...((((....(((((....)))))....((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....................((((((((....))))))))...))))........((((((..(((((....((((...((((((.....(((((((.................)))))))((((((((....))))))))..........))))))...)))).....((((....)))).))))).))).))).......)).))))))))...)))))))))))...))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).(((...))).)))).)))).......((.(((.((..((((....((((((((((((.......((((((((....))))))))..(((((((....(((((........)))))...)))))))...((((((.(((..(((..((((((((....)))))))))))....((((((..(((((((((.............))).))))))...(((((((.................)))))))((((((((....))))))))...........)))))))))))))))..((((....)))))))))).)).))))...))))...)).)))))...))))))))))).....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((((.............)))))))))..............(((...............((((((((....))).((((....))))............(((((((((.............................)))))))....)).......(.......).......((((((((....))))))))..................))))).)))..........((((((....................))))))..............(((((((())))))))..........)))))))............................................................))))))))))......
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................((((((...................))))))................((((((((......)))))).)).......((((((....)))))).....((((((....))))))...............((((..........))))..............................((((((((....))))))))...............................((............))...(((((((...(........)....)))))))((((((((....))))))))...........................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((....)).(((((((((((((....))))))).))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((....))))))...((((((((....))))))))...((((((....((((..(.....).))))...))))))....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..))))))))))...(((..........)))...(((((((....(.......)....)))))))((((((((....))))))))................((((((.(((..((((....)))).......)))))))))........))))))))...))))))))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((..((((((.(((((((((((((....))))))).)))))).)).....(((((.((.(((((((......)))))).)(((((((.((((((....)))))))).((((((((....))))))))..(((((((....(((((.((...)))))))...)))))))....................((((((((....))))))))...)))))(((((..((((((............((....))))))))...(((((((...(........)....)))))))((((((((....))))))))...........)))))(((((.((((((((((....))))..))...))))))))).....)).))))))).)).))))))))))).....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.(.(((((((.((.((((.................)))).))...............................................(((((....))))........................................(((........)))................((((.......))))......(((....))).......................)......................(((((.....(((.......).)).............)...............)))).............((((((....)))))).......)))))))...........................(.....).).))))))))).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.(((((((((((((((((((((....)))))).))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).((((((....(((((....)))))((((((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....)))).......(((..((((((((....)))))))))))))))))..........))))))..(((.[[[...)))....]]]...(((((((......[[[........)))))))((((((((....)))))))).]]]...)))))))).((((...(((((((((....)))..))))))...[[[[))))......]]]].......))))))))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.(((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).((((((...((((((....)))))).((.(((((((....))))))))).(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....(((.........))).((((((((....))))))))...))))))((....))..))))))......(((..........)))...(((((((.................)))))))((((((((....))))))))........))))))).(((.((.((((((((.......)).)))))).)).))).(((.(((...))).)))...))))))))))).....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.((([[[[.(((((((((((((....)))))).)))))))..................((((((......))))))..........((((((....))))))...((((((((....))))))))..(((((((....(((((........)))))...)))))))....................((((((((....))))))))..................................................(((((((.................)))))))((((((((....))))))))............)))........(((((((((....))))..)))))....................]]]]....))))))))))).....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(.((((((..((((((((((((((((((........))))).))))))............((((............(((((((....(()))))))(.(......).)........(((...............(..(((.........((........)).....)..)).).....((((.......))))..((.((((....)))).))..........))).......))))))......(((.........(((.....(.....(..((...)).....)))....................................))..)))...............)))..))).).................................)))))))))..)....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.(((((((.(((((((((((((....)))))).))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).((((((...((((((....))))))...((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....................((((((((....))))))))...))))))..........))))))......(((..........)))...(((((((.................))))))).(((((((....))))))).........))))))).(((.((.((((((((......)))..))))).)).))).(((.(((...))).)))...))))))))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((.((((((((((((((((((((((..))))))).))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).((((((.....(((((([[[[[[[[...((((((((....))))))))..(((((((....(((((........)))))...)))))))...))))))...........((((((((....))))))))...))))))(((..)))..))))))......(((..........)))...(((((((.................)))))))(((((((((..))))))))).......)))))))).((((((...)))))).....(((((.........))))).........]]]]]]]]...))))))))))).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.((((((((...............))))))))((((...)))..(((((...............((((((((....)))(((((....)))))((...(((...(((((((.................................)))))....)).......(.(...).)......(((((((((....)))))))).).........)..))))))))).)))))..(((...((((((.......((.....)...).)))))).....))).(..(.(((((((()))))))))..).....))))))))...........................................((.(....).)..).).))))))))))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.((((((((...............))))))))((((...)))..(((((...............((((((((....)))(((((....)))))((...(((...(((((((.................................)))))....)).......(.(...).)......(((((((((....)))))))).).........)..))))))))).)))))..(((...((((((.......((.....)...).)))))).....))).(..(.(((((((()))))))))..).....))))))))...........................................((.(....).)..).).))))))))))......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((......((.(((((((((((((....))))))).)))))).)).(((.(((((.((..((((((......)))))).((((((....(((((....)))))((((((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....))))............((((((((....))))))))...))))))......((((((..(((((....((((...((((((.....(((((((.................)))))))((((((((....))))))))..........))))))...)))).....((((....)))).))))).))).))).......)).))))))))...))))))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((.(((((((((((((((((((((....)))))).))))))).(((...)))..((((((((((((.(...))))))).((((((.(.((((((....)))))))(.((((((((....))))))))).(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....................((((((((....))))))))...))))))..........))))))......(((..........)))...(((((((.................)))))))((((((((....)))))))).......)))))))).(((....(((((((((....)))..))))))....))).(((.(((...))).)))...))))))))))).)...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....(((((((.................................(((...)))...(((.....................(((....))).((((....)))).............................................................(((......................((....((....))....))................)))......))).......................................................(((...(())...)))..........)))))))....................................................((........))))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((......((.(((((((((((((....)))))).))))))).)).(((.(((((.((..((((((......)))))).((((((....(((((....)))))((((((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....))))............((((((((....))))))))...))))))......((((((..(((((....((((...((((((.....(((((((...(........)....)))))))((((((((....))))))))..........))))))...)))).....((((....)))).))))).))).))).......)).))))))))...))))))))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.......(((((((((((((((((((((....)))))).)))))))......((((..((((((((((((......)))))).((((((.((((((((....)))))((((.(((((((....)))))))...(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....))))........))).((((((((....))))))))...))))))..........))))))......(((..........)))...((((..(((.....))).))))...))))..((((((((....)))))))).......)))))))).((((((.(((((((((....))))..)))))...))))))........))))...)).((((.....))))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((....((((.(((((((((((((....))))))).))))))(((...((((..((((((((((((......)))))).((((((.((((((((....)))))((((((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....))))........))).((((((((....))))))))...))))))((....))..))))))......(((......(((((.....(((((((...(........)....)))))))((((((((....))))))))..........))))).....((.(((((((((....))))..))))).)).))).).)))....)))))))....))))))))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((..(((((.((((((((((((..)))))))).))))).))))(((.((((((....((((((......))))))..((.(((..(((((((..)))))))..((((((((((..))))))))))((((.(.(((((((((.(((...))))))).(((((((((.(......))))...)))))))))))(.(((..))).)..((...))((((..((((((.(.......)...((((..))))..)))))))))).(((((((((.((..(((.....)))..)).)))))))))..((((........)))).)))))((((.(((((.(((((..)))))((..))))))))))).))))).).)))))))))))))))))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................(........(....)...........(.....(..........)...).........((..(......)..))........((......))...............)...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((......((.(((((((((((((....))))))).)))))).))..((.(((((.....((((((......)))))).((((((...((((((....))))))((.((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...))))))).....)).............((((((((....))))))))...)))))).........................................(((((((...(........)....)))))))((((((((....))))))))................................................................)))))))....))))))))))).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((......((.(((((((((((((....)))))).))))))).)).(((.(((((.((..((((((......)))))).((((((....(((((....)))))((((((((((((....))))))))..(((((((....((((.(((...)))))))...)))))))....))))............((((((((....))))))))...)))))).((...((((((..(((((....((((...((((((.....(((((((.................)))))))((((((((....))))))))..........))))))...)))).....((((....)))).))))).))).)))....)).)).))))))))...))))))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((((....)))).(((((((((((....)))))).))))).........((((.(((...((((((......))))))..(((.(((.((((((....))))))...((((((((....)))))))).)))..((((...(((((........)))))...(((.......)))))))....))).))).((((((....))))))...)))).(((((......)))))..((((.........)))).((((((..(((((((.................)))))))..((((((....)))(((((......))))).))).)))))).((((((((.......)).))))))...((((..........)))).....(((((.....)))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))....(((.(((((((((((((....)))))).))))))).......((((..(((..{{{{{{.)))..}}}}}}...((.(((.((((((....))))))...((((((((....)))))))).)))..((((...((((.((.....)))))).....(((.....)))))))....))....((((((((....)))))))).)))).(((((......)))))...............((((((.......[[[[[[[......)))))).....]]]]]]]..((((((....)))(((((......))))).))).(((((..<<<))))).....(((((...>>>...)))))............)))...(((((.....)))))...

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