RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00024

RNA: ASE_00024
Rfam family: -

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	...................((((((((....))))))))..............................(((((.....)))))(((((((((((((((((....)))))))))))))))).).....(((((...........((((((((((((((((((...))))))))((((((((......))))))))(((((((((....))))))))))))))))))).........)))..))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.((.((((((..((.((((((((....))))))))..))..)))))).)))).............((.((....((((.((((((....((((((((....))))))))....)))..)))....)))).........(.(((((((((.((((((((...)))))).)).((((((......))))))..(((((((((....))))))))).))))))))).).....)).))...)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((...(((.....((.((((((((....)))))))).....(((((....(((.............((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....)))).)))...)))))...))..))).(((((((((...((((((...))))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).)))))))))..........))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(.((((((...(.((((((((....)))))))).)....)))))).).......((........((((.....))))))((((....((((((((....))))))))....)))).......................(((((((((.(.((((((...)))))).)((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).)))))))))................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................((.(((........))).))..............................(((((.....))))).((((............................))))..........................................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((((((..((.((((((((....))))))))..))..))))))..)))(............(((((.....))))).((((....((((((((....))))))))....)))).......).(((...........(((((((((...(((((.....)))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).))))))))).........)))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((..((.((((((((....)))))))).))...)))))).))((....((........(((((...)))))))((((....((((((((....))))))))....)))).))......(((...........(((((((((.(.(((((((.))))))).)((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).))))))))).........)))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.....((((((((....))))))))......))))))..(((....[[[.))).....]]]....(((((.((((....((((((((....))))))))....))))...........(((.........(((((((((...((((((...))))))...(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))))))....)))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((.((((((..((.((((((((....))))))))..))..)))))).))))....(((......((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....)))).........)))............((((((((...((((((...))))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).))))))))(((...........)))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((.((((((..((.((((((((....))))))))..))..)))))).))................(((.....[[)))..((((....((((((((....))))))))....))))..........]]...........(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).)))))))))................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((..((((((..((.((((((((....))))))))..))..))))))..)...............((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....)))).........)))............((((((((...((((((...))))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).)))))))).................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.....((((((((....))))))))......))))))((((.....(((.......(((((....((((..))))....(((((((((..)))))))))...))))).........)))........))))((((((((...((((((...))))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).))))))))(((...........)))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((.((((((..((.((..((((....))))..))..))..)))))).)))).............((.((....((((.((((((....((((((((....))))))))....)))..)))....)))).......((..(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).))....)).))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((((((.....((((((((....))))))))......))))))..................((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....)))).........)))............((((((((..(((((((...)))))).)((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).))))))))(((...........)))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.....((((((((....))))))))......))))))((((......(((((...((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....))))........((((.....((((....))))......((((((...))))))........))))...)))))....(((((((((....)))))))))........))))..............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((.((((((..((.((((((((....))))))))..))..)))))).))))....(.((.(...(.((((.....((...((((....((((((((....))))))))....)))).)).....)))).).......(.(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).)....).)).)....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((((..((.((((((((....))))))))..))..)))))...(((.............(((((.....))))).((((....((((((((....))))))))....)))).)))....((((.....((((....))))....((((((((...)))))).)).....))))...))).((((((((((((((....))))))))..(((......)))....))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((.((((((..((.((..((((....))))..))..))..)))))).)))).....(((.....((((((.....((...((((....((((((((....))))))))....)))).)).....))))...........(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).)))))))))))....)))(....).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((((((((((((((((......)))))))))))).)))))..((((...))((...)).((((((...)))))).(....)(((...(((((..)))))((..)).(((((......)))))((((..(((..)))((((((((((((..))))........(((((((((......)))))))).)((((((((..)))))))).).)))))))).))))..)).))..)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((.((((((..((.((.(((((....))))).))..))..)))))).)))).............................((((....((((((((....))))))))....)))).......................(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).)))))))))................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((...((((((..((.((..((((....))))..))..))..))))))....(((..(((......(((((.....))))).((((....((((((((....))))))))....)))).........)))............((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).)))))))).))).......))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((.(((.........))).........((((..........)))).(((...((((.....))))))).))))..((((((((....))))))))....((((.......((((...........)))).((((....(((((.....)))))...(((((((......))))))).((((((((......))))))))..........))))....))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..{{{((((((((....))))))))......)))))).........((((.....(((((.....)))))....}}}))))((((((....))))))......((((........(((...........))).((((((...(((((..[[[)))))..((((((((]]]...))))))))(((((((((....))))))))).))))))...........))))....

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