RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00025

RNA: ASE_00025
Rfam family: RNaseP_nuc

			GCGGAAGGAAGCUCACUGUAGAGGUCACGUGCUGAGUGCGUCACGCUUGUGAUGUCAUCUCUAUCCCACCUCCGGGAAGGUCUGAGACAGGAGCCCCUCGCCGCCCUCACAGGGCGUCACCUGAUAUUCGGGUGAGUGAGCCCCCAGCAACCCACGUUGGAGUGGACCGGUCCGUUAUGUGGGAGAGGCUAUGCAAAAGACGCCGAGCAGGGAUGUGGUGAGAUGGGCGGGUCACUGAUUUGAGGCCCGCCUACUCUUCAUCUGCGCCUCUGCCUGGUGGAUGCCGCCUCCUCCCCGGACCUUGGAAGUGACUCACGGCUGGCUUACUGAGUCCAAUGGCUGAGGCGAGGCAGCUGUGCGCCUCGUAACCCAAUUCAGACCACUCUCCGGAAUUCCG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((...((((.((..((((.........((((((((((......))))).)))))........))))))...[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))(((((((.....)))))))(((((((..........(((................................................................................................................................................))).......)))))))))))....................))))((((((((.(...)))))))))........]]]]]]]]....))))))))...
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((((..(((.........))))))))(((((((....)))))))........)))....((((((..((((((((.((((((((....((((...((((.((((.((((((((...))))))))....))))(((.....((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....((((..((((((..(((((((((((((((((((..........)))))))))).)))).).))))..))))))..))))..))).)))).))))))))))).)))..))))....)))).))))).))).......(((.....(((((((........)))))))...))).))))))))....)))))).)))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...(((((....((((.........(((((.................)).))).......))))...................((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.......................................................................................................................................................................)))))))))))...................)))))(((((((........)))))))....................))....)))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((............(((((((....))))))).))))))))......((((((..((((((((..........(((((((((((...))))))((((((((...)))))))))))))...(((((.......)))))........((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((.(......).)))))))))).)).))).))))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))........((((((............))))))...........(((((((.((...))))))))).......))))))))....)))))).)))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((......................................................................(((((((................(((((.....)))))((((((.......))))))(((((...........................................................................................................................................................................))))).............................(((((..........))))).........))))))).....)).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((.((((..((((((.....))))))..)))).))))))))......((((((...((((((.((((.....(((((((.(.......((((.((((((.......))))))........(((((...((((......))))...(((((.......(((((((((...........((((..((((((.(((((.(((..(((((((((..........))))))))).))).....))))).))))))..))))......)))).))))).)))))................)))))........)))).......).)))))))...))))(..........).....)))))).....)))))).)))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((.((.......))(((((((....))))))).))))))))......(((((((.((((((((...((.((..(((((((((((...))))))((((((((...)))))))))))))...(((((.......)))))......((((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((.(......).)))))))))).)).))).))))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))..))....((((((.(((())))...)))))).....))....(((((((.((...)))))))))..))...))))))))..).)))))).)))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((...........................(((((.................)).))).......................................................((((((.......))))))...................................................................................................................................................................................................................(((............)))............................)))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((..[[[[[[[[.......)))))(((((((....))))))).]]]]]]]]......(((((...((((((((.((((((((.(((((((((((...))))))((((((((...)))))))))))))...((((....((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.(((((..(((((((((((((..........)))))))))).)))....))))).)))))).)))))..))).)))).)))))))))))))))..(((...)))....))))).)))((((....))))...(((((((........))))))).......)))))))).....)))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..(((..((((.(((..((.((((((.(((((.....))).)).)))))).)).((((...((..((....))..))...))))))))))).))))))((((((...)))))).(((((((...)))))))((((((((...(((...((((......)))).((((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((..........)))))))))).)).))))).))).)))))).)))))..))).)))).)))))))))))..))..(((...))).)))))))))))(((.....(((((((((((((((.((...))))))))).......))))).)))..)))(((....)))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((............(((((((.((.....((((..[[[[[))))]]]]])).))))))).......(((((...((((((((...............((((((...))))))(((((((.....)))))))...............................((((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((..........)))))))))).))).)).))))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))..)).......................................(((((((........))))))).......)))))))).....))))).)))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((..........((((((........(((((.................)).)))......))))).)....((((((((...............(((((.....)))))(((((((.....)))))))..........................................................((.....(((((...................................................(.(((........))).))))))..)).............................................................(((((((.((...))))))))).......))))))))....)))....)).))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..............(((((((((.(((((.....))).)).)))))).....))).........(((((((.((((((((...............((((((...)))))).(((((((...))))))).(((((((...(((...((((......)))).((((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((..........)))))))))).)).))))).))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))..))..(((...))).))))))))))(.((((....)))).).(((((((.((...))))))))).......))))))))..)).))))).)))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((............((((((((..)))))))).))))))))......((((((..((((((((.....((((.(((((((((((...))))))((((((((...)))))))))))))...(((((...((((......))))...((((((......(((((.(((............)))..((((((....((((((.((((((((((..........))))))))))...)))))).....))))))..(((((...)))))..)))))))))))......(((...))).)))))...............))))...(((((((........))))))).......))))))))....)))))).)))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..........(((((.........(((((.................)).))).......)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((............................................................................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((..........)))))).)).)...))))))).))))))....)))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..........(((((.........(((((.................)).))).......)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((............................................................................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((..........)))))).)).)...)))))))..)))))....)))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((.((((..((((((.....))))))..)))).))))))))......(((((((.(((((((..((((((((....((((...((((.((((.(((((((.....)))))))....))))(((.....((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((..........)))))))))).))).)))).))).)))))).)))))..))).))))).)))))))))).)))..))))....)))).))))).))).......(((.....(((((((.((...)))))))))...)))..)))))))..)).))))).)))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....(((....((((((((((((.(((((.....))).)).)))))).....))))))......[[[[[[[.[[[[[[[[.....))).......((((((...))))))((((((((...))))))))(((((((...(((...((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((..........)))))))))).)).))))).))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))......(((...))).))))))))))..((((....))))...(((((((.((...))))))))).......]]]]]]]]..]].]]]]].)))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((.((((..((((((.....))))))..)))).))))))))......((((((..((((((((....(((((....((((...((((.((((.((((((((...))))))))....))))((((....((((......))))...((((((......(((((((((...........(((((.((((((.(((((.((((((((((((((..........)))))))))).))))...))))).)))))).)))))......))))).))))))))))))))..))))....)))).)))))....((((....))))...(((((((........))))))).......))))))))....)))))).)))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...........((((............................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.......)))))......................................................................................................................................................................................)))).................................................................)))....)))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((.((((((.(((((.....))))))).)))).))))))))......(((((((.(((((((..((((((((....((((...((((.((((.(((((((.....)))))))....))))(((.....((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((.(......).)))))))))).)).))))).))).)))))).)))))..))).)))).))))))))))).)))..))))....)))).))))).))).......(((.....(((((((.((...)))))))))...)))..)))))))..)).))))).)))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((.((.(((((...((((((.((....(((((((((((....)))))).)).)))..((((((...((((..(((((.............(((((.((((.....)))).(((((((.....))))))))))))...(((((.......)))))...)))))..))))....))))))(((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((..........)))))))))).)).))))).))).)))))).)))))..))).))))).....))))))))...)))))))((((((((.(((.((.((((....)))).))..))).))))))))..))))).((.....))............(((....)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....)...(((.((((.....(..((.((((.((((.((.(((((.((((..((((((((......))))(((((((.(((.(((.((.((((((((((.....)))))(((((((.....))))))))))))((((((((.......))))).).))...))))))))....(((((((((...(((.....(((((.((((((.((((((((((((((((((((.(......).)))))))))).))).)))).))).)))))).)))))..))).))))).)))))))))))))))..))))))))))))))).)))).))..)..(((((((((((((((.((...))))))))).......))))).))))))).)))..)))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..(((.((......))((.((..))))(((((((.((......)).)).)).))).(((((......)))))((((((((((.((.(.(.((((((((((((((.......(((((((...))))))).)))))..(((.((..(((((((..))))))..((((.(.(........)).((((.(...).))))))))))).)))).))))))))(((((((((((........))..)))))))))....(((((..(((.......)))))))).(((..((....(..)((..))))))).((((...((((((.....)).))))....))))(((((((........))))))).)))))))))))))).))).((..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(........................)......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.............((((...................................))))........((((((..(((((((................((((((...))))))((((((((...))))))))................((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((((.((((((.(((.(((.((((((((((((.(......).)))))))))).))..)).).))).)))))).)))))..))).))))).))))))))))...........................................(((((((........)))))))........)))))))...).))))).)))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........((((((((.((((((.(((((.....))))))).)))).))))))))......(((((((.((((((((.((((((((....((((...((((.((((.(((((((.....)))))))....))))(((.....((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....((((..((((((..(((((((((((((((((((..........)))))))))).))).)))).))..))))))..))))..))).))))).)))))))))).)))..))))....)))).))))).))).......(((.....(((((((.((...)))))))))...))).))))))))..)).))))).)))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((...((((((....(((.....))).(((....))).....)))))).((((......))))......(((..........)))..(((((.....))))).((((((.....)))))).))))))..(((((.......)))))..((((....))))......(((((.(((...(((.....(((((..........)))))...((((((((((..........)))))))))).........)))......))).((((.....))))..))))).(((...(((.(((((((.......)).))))).((((....))))...(((((((........)))))))...))).(((.............))).))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......(((...........bbb...)))(((BBB..))).(((...(((..(((..((((..aaa.)))).(((cc..)))CC)))..((((...((((..AAA)))).(((((((.....)))))))[[[[(((dddd.((((....)))))))((((....)))).....DDDD.))))....(((.....(((((.<<<<<<...)))))...((((((((((.......{{{))))))))))....}}}..)))..>>>>>>..((((.....))))......(((.]]].)))....ffffff.....]))))))FFFFFF....(((((.....eee))))).(((.EEE.)))......(((.............))).))).

---