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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00026



RNA: ASE_00026
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))....{{{.{{{{{((((....[[[[[.((((((((((.....)))))(((((...))))).((...(((((...........(((((......)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))..))))..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((.]]]]])))))...)))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........}}}}}}}}.).))))))))))....
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((((((..((((((..(((..((((((((((.....((((((((...(((((((...((((...((.(((.....((((((...(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).)))))...))))))..)))))..)))).....)))))))..)))..((((....))))....))))).))))))))))..)))....))))))))).))))))).)))).....(((((.....))))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.(((((((((......))))))))).............((((..........((((((((((.....))))).((((...)))).......................((((((....))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((..(((((...............((((((...))))))................................(((((.........))))).........((((((.......))))))...((((((....)))))).....................)))))....(((((...................)))))))))..............(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).))))...................))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.((........((....................))........(((((((((...............((((((...))))))..(.(....).).........................(((......)))...........((((((.......))))))(((((((((....)))))).)).)................)))))..((((......(.((((.....................)))).).....))))......((((((((....))))))))............................)))).....)).))))))).....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((........((((((((((....))))))))))....(((.(((((((((.....(.........(((((.....)))))((((.....)))).((...(((((((.........(((((......)))..)).......((((((.......))))))....(((((....)))))....))..)))..)))))....))))...((((........(((((.((((.......))))...))))).......)))).(((.(((((((((....)))))))))..))).....................))))))))..)).))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((..(((((.............((((((((...))))))(((((.....((....................(((((.........))))).))......((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))......)))))))...)))))....(((((.(((.(((....)))))).)))))))))..............(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).))))......(((.......)))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...(((((((.((.((((...........))))))...........................(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((......)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).............))))).................(((((....((((.....))))......)))))...............((((((((....))))))))..........))))))).............(.....)...))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((.........((((((((.....((((((...))))))((((......(((((.....((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..)))).......))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))).((((....)))).(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).))))......((((.....))))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).(((...)))..(((((...............((((((...)))))).((((...))))....................((((((((......)))...)))))...((((((((.....((..((...((((((....))))))..))..))....)))))))).)))))..((((.....((.(((((.((((.......))))...))))).))....)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))....)))))).)))).....(((((.....))))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......(({{..(((((....[[[[[......(((((.....))))).((..............................((((.........)))).<<<<.....((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))........))......)))))....(((...........>>>>...]]]]])))..))........}}........(((.(((((((((....)))))))))..)))....)))))).))))......((((.....))))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((((((...(...)........)))).............((((..........((((.((((((...))))))((((.....))))........(((..........((((((((..)))))..)).)......(((((.......)))))...(((((((....)))))..))....))).......))))))))....(((..((.((.(((.((....(((((....))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................))))))))))....
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).((.....)).((((((..((((((((.....((((((...)))))).((((...)))).........................(((......))).((((((....((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..((.....(((.....))).....))...........)))))).)))))))).)))...)))..........((.(((.(((((((((....)))))))))..))).)).)))))).))))......((((.....)))).)))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((....(((((((((((((((((....))))))))))(((((((((([[[[[[................((((((...)))))))))))))...))).......((((((............((((((.....(((((((....((((((((..]]]]]]......((((((....))))))............)))))))).......................)))))))((((((..))))))...))))))..((((((..)))))).....))))))...............)))))))........................))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((........))))))))((((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((...)))).)((...(((((.((........((((((....))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))).)).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((......(((((....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((........))))))))((((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((...)))).)((...(((((.((........((((((....))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))).)).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....))))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).(((...))).((((((..((((((((.....((((((...))))))(((((...)))))........................(((......))).((((((....((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..(((....(((.....)))....)))...........)))))).)))))))).)))...))).........(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....))))))))))))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....(((((((((((((((((....))))))))))......((((..(((((..........(((((..((((..(((((..(((((...))))).........((((......(((((.........)))))..))))...((((((.......))))))...((((((....)))))).)))))......))))))))))))))....(((((.(((((.......))))).))))))))).......(((((.....)))))(((((((((....)))))))))........)))))))..........(((((.....))))))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((((((..........................(((...)))...(((................(((((.....))))).((((...)))).......................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).............................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....))))))))))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))).((.....))..(((((.....((.(((....(((((.....))))).((((...)))).......)))))........((((((((......)))...)))))...((((((((.....((..((...((((((....))))))..))..))....)))))))).)))))..((((.....((.(((((.....(((((....)))))))))).))....)))).(((.(((((((((....)))))))))....))).))))))).))))......((((.....)))))))))).))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).((....(((....)))..))))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....))))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((....))))))))).((.((.(((((((((((..........(((((..(((((....((.((((((((((((((((((((((........((((((((.(......)))))))))......((((((((..)).))))))))))))))))))))))).)))).).))...)))))))))))))))(((..((((.............))))..))))))))).))))..(......)..((((((((((((((....))))))))).))))).)))))))).))))((((..........)))).))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........................................................................................................................................................................................................................................(..((..........(..........................................).....................((.......))...))..)....))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((..(((((........((.....((((((...))))))((((.....)))).......))..........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))...((((((....)))))).....................))))).................................))))...............((.(((..((((((((....))))))))...))).)).)))))).))))......((((.....)))).)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....))))))))))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.....))))...((((((((((....))))))))))............(((((.......((((....(((((.....))))).(((.....))).......)))).........(((((.........))))).(((.....((((((.......))))))...((((((....))))))............)))......)))))........((((..(((....))).((((....)))).((((..(((((.....))))).((((((((....)))))))).............))))..))))...(((((.....)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.....))))...((((((((((....))))))))))....{{{{....(((((.............(((((((.....)))..((((.....)))).........((((......(((((.........)))))..))))....[[[[[[[..((((.....)))).((((....))))....))))......]]]]]]]..)))))........((((..(((....))).((((....)))).((((..(((((.....))))).((((((((....)))))))).............))))..))))...{{{{{)))..}}}}}....}}}}...