|
|
|
AGCUGGCAGCUAGCCAUCGCUUAGUUUUAUAAUUAAAGCUAAGAGGAAAGUCCGAGCUCCAAUAAGAACAUAAUGCUAGGUAAUGCCUAGGGGUUUUAAACCUAAGAAAGUGUCGCAGAAAAUUACCGCCGUAAAAGGUAAGGGUGAAAAGGUGAGGUAAGAGCUCACCGCUUAUUUAGCAAUAAAUACAGGCAAGAUAAACCUCAUUAGGAGCAAGAUCAAGUAUGAAAGCACCCUUUGUUCUUGAGGACAUGCUUACGGGUAGAUCGCUCGAUUUUUUUAGCGAUAAAAAAAUAAGAGAGAUGAUGGCAUAGUACAGAACUCGGCUUAUGGGUGUCAGCUUAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))....{{{.{{{{{((((....[[[[[.((((((((((.....)))))(((((...))))).((...(((((...........(((((......)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))..))))..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((.]]]]])))))...)))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........}}}}}}}}.).))))))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((((((..((((((..(((..((((((((((.....((((((((...(((((((...((((...((.(((.....((((((...(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).)))))...))))))..)))))..)))).....)))))))..)))..((((....))))....))))).))))))))))..)))....))))))))).))))))).)))).....(((((.....)))))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((......))))))))).............((((..........((((((((((.....))))).((((...)))).......................((((((....))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((..(((((...............((((((...))))))................................(((((.........))))).........((((((.......))))))...((((((....)))))).....................)))))....(((((...................)))))))))..............(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).))))...................)))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.((........((....................))........(((((((((...............((((((...))))))..(.(....).).........................(((......)))...........((((((.......))))))(((((((((....)))))).)).)................)))))..((((......(.((((.....................)))).).....))))......((((((((....))))))))............................)))).....)).)))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.((........((((((((((....))))))))))....(((.(((((((((.....(.........(((((.....)))))((((.....)))).((...(((((((.........(((((......)))..)).......((((((.......))))))....(((((....)))))....))..)))..)))))....))))...((((........(((((.((((.......))))...))))).......)))).(((.(((((((((....)))))))))..))).....................))))))))..)).)))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((..(((((.............((((((((...))))))(((((.....((....................(((((.........))))).))......((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))......)))))))...)))))....(((((.(((.(((....)))))).)))))))))..............(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).))))......(((.......))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...(((((((.((.((((...........))))))...........................(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((......)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).............))))).................(((((....((((.....))))......)))))...............((((((((....))))))))..........))))))).............(.....)...)))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((.........((((((((.....((((((...))))))((((......(((((.....((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..)))).......))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))).((((....)))).(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).))))......((((.....)))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).(((...)))..(((((...............((((((...)))))).((((...))))....................((((((((......)))...)))))...((((((((.....((..((...((((((....))))))..))..))....)))))))).)))))..((((.....((.(((((.((((.......))))...))))).))....)))).(((.(((((((((....)))))))))..)))....)))))).)))).....(((((.....)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((....))))))))))......(({{..(((((....[[[[[......(((((.....))))).((..............................((((.........)))).<<<<.....((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))........))......)))))....(((...........>>>>...]]]]])))..))........}}........(((.(((((((((....)))))))))..)))....)))))).))))......((((.....)))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((...(...)........)))).............((((..........((((.((((((...))))))((((.....))))........(((..........((((((((..)))))..)).)......(((((.......)))))...(((((((....)))))..))....))).......))))))))....(((..((.((.(((.((....(((((....))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).((.....)).((((((..((((((((.....((((((...)))))).((((...)))).........................(((......))).((((((....((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..((.....(((.....))).....))...........)))))).)))))))).)))...)))..........((.(((.(((((((((....)))))))))..))).)).)))))).))))......((((.....)))).))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((....(((((((((((((((((....))))))))))(((((((((([[[[[[................((((((...)))))))))))))...))).......((((((............((((((.....(((((((....((((((((..]]]]]]......((((((....))))))............)))))))).......................)))))))((((((..))))))...))))))..((((((..)))))).....))))))...............)))))))........................)))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((........))))))))((((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((...)))).)((...(((((.((........((((((....))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))).)).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((......(((((....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((........))))))))((((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((...)))).)((...(((((.((........((((((....))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))).)).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....)))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).(((...))).((((((..((((((((.....((((((...))))))(((((...)))))........................(((......))).((((((....((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..(((....(((.....)))....)))...........)))))).)))))))).)))...))).........(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....(((((((((((((((((....))))))))))......((((..(((((..........(((((..((((..(((((..(((((...))))).........((((......(((((.........)))))..))))...((((((.......))))))...((((((....)))))).)))))......))))))))))))))....(((((.(((((.......))))).))))))))).......(((((.....)))))(((((((((....)))))))))........)))))))..........(((((.....)))))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((..........................(((...)))...(((................(((((.....))))).((((...)))).......................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).............................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....)))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))).((.....))..(((((.....((.(((....(((((.....))))).((((...)))).......)))))........((((((((......)))...)))))...((((((((.....((..((...((((((....))))))..))..))....)))))))).)))))..((((.....((.(((((.....(((((....)))))))))).))....)))).(((.(((((((((....)))))))))....))).))))))).))))......((((.....)))))))))).))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).((....(((....)))..))))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....)))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((....))))))))).((.((.(((((((((((..........(((((..(((((....((.((((((((((((((((((((((........((((((((.(......)))))))))......((((((((..)).))))))))))))))))))))))).)))).).))...)))))))))))))))(((..((((.............))))..))))))))).))))..(......)..((((((((((((((....))))))))).))))).)))))))).))))((((..........)))).)))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........................................................................................................................................................................................................................................(..((..........(..........................................).....................((.......))...))..)....)).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....))))))))))......((((..(((((........((.....((((((...))))))((((.....)))).......))..........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))...((((((....)))))).....................))))).................................))))...............((.(((..((((((((....))))))))...))).)).)))))).))))......((((.....)))).))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((((....)))))))))).......((((((((((..((((((((.....(((((.....)))))((((......(((((((...((((........((((((((......)))...)))))...((((((.......))))))(((((((((....))))))..)))..))))....)).))))).......(((....)))....))))..)))))))).)))...)))..))))...(((.(((.(((((((((....)))))))))..))).))))))))).)))).....(((((.....)))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.....))))...((((((((((....))))))))))............(((((.......((((....(((((.....))))).(((.....))).......)))).........(((((.........))))).(((.....((((((.......))))))...((((((....))))))............)))......)))))........((((..(((....))).((((....)))).((((..(((((.....))))).((((((((....)))))))).............))))..))))...(((((.....)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.....))))...((((((((((....))))))))))....{{{{....(((((.............(((((((.....)))..((((.....)))).........((((......(((((.........)))))..))))....[[[[[[[..((((.....)))).((((....))))....))))......]]]]]]]..)))))........((((..(((....))).((((....)))).((((..(((((.....))))).((((((((....)))))))).............))))..))))...{{{{{)))..}}}}}....}}}}... |