|
|
|
AUCAUAACCGUUCAGGUAACCGCUGCAUCGCAUGCGAUGUAGAGGAAAGUCCAUGCUCGCACAGGCUGAGAUGCUUGUAGUGUUCGUGCCUAGCGAAGUCAUAAGCUAGGGUAGUCUGGUUCUUAGAACUGGGCUAACGGCAAGGUAAGCACCUACGUUCAUCAUGAAUAUGGUGUGAUGCCUUUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGUCCGUUUGGAAACAGACGGAGUGGAACGAGGUAAACCCCUCGAGCGAGAAACCCAAAAAUUGGUAGGGGAACCUUCUUGAAGGAAAUGAACGGAGAGAAGGACGGAAGUUUUACUUCUGUAGACAGAUGGUUACCACCGGAGUACGAGGUUCAUCACCGUUUGUAGUACGAAGGAACAGAACAUGGCUUAUCGAACGGGAAUGAGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((.((((((((....))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((((((.....)))))))))).)((.((((....((((...((((.....))))..)))).....)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))........))))))).((((((((((((((.....))))).....))))))))).......]]]]]]]].).))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))......(((.((((((..........))))))..((((..((((...))))..))))...(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)))((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((.............(((((.((.(((((....))))).)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).....))))).......))))))))...))))))..)))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................(((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((.............))))))..(((((((...(((((...((((.....))))..)))))....)))).......)))............((((((((....))))))))...))))).((....))......)))))...(((...........)))....((((((................)))))).......................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((((...((((((((....))))))))........(((((.((..((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))).......)))).......((((.((((((((....)))))))).....(((((((((((((((........................)))))..(((((((................)))))))........)))))))).))..(((((((((....(((.........))).....)))))))))..))))...))))))).))))).)))))))))))..)))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((....)))))))).............(((((..................................................................................................................................................((((((((....)))))))).......................))))).............................................................................................((((....................))))..................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((....))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.............)))))).....((((....((((...(((.......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((.(((........))).)))))))((((((.......))))))................(((((((((....................))))))))).......))))))................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((....))))))))...............(..((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.............)))))).....(((((..(((((...(((.......)))..)))))...)))))......................((((((((....)))))))).........................).....((.............))...(((((((................)))))))((((((.......))))))...............(((((.((((....................)))).)))))............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((((((.((((((((....)))))))).))...(.(((((.((..((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((((((...))))))))))).....((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))))......................((((((((....))))))))......(((((......))))).........(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....)))))))))..............)).)))))))))))))))))..)))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((.((((((((....))))))))................((((((((......)))))).)).......((((((..........)))))).(((((((((.......)))))))))......((....(((((...((((.....))))..))))).....)).......................((((((((....))))))))................................(.............)....(((((((...(........)...)))))))((((((.......))))))........))))))......................((.......((........)).......)).................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.....((((...........((((((((....))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))..((((((((((...))))))))))...((((......(((((...(((((...)))))..)))))..)))).......(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))...((((((..................))))))..((((((...))))))..................((...(((((.(((.....))).).....))))...)).......)))))))).....))))......). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((((((.(((((((((()))))))))).))...(.(((((.((((((((((......)))))).)....((..((((((..........)))))).(((((((((((...))))))))))).)).(((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..)))))).......)((((..........((((((((....))))))))))))..(((((......)))))..)......(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....)))))))))..............)).)))))))))))))))))..)))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.(((((((......))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.............))))))..((((((.....((((...((((.....))))..)))).....)))........)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...((((((((..(........)..))))))))((((((.......))))))........))))))).((...(((((.(((.....))).....).))))...))................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.........((((((((....)))))))).............(((..[[[[[[.)))..]]]]]]....(((...[[[[[[))).......]]]]]].(((((((((((...)))))))))))(((..((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))))........[[[[.....)))..((((((((....))))))))]]]]..(((((......)))))..(((....[[[.....)))...]]]...(((((((................))))))).(((..[[[[[.[[[[.[[[.[[[[[[[[[.[[[.)))........]]].....]]]]]]]]]..]]]]]]]....]]]]]..........))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))...(((..((((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))).......)))).))..))).((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....))))))))).((........))....))))))))...))))))..)))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((.((.((((((((....)))))))).)).....(((((.....((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((((((...))))))))))).....(((((..(((((...(((((...)))))..)))))...)))))......................((((((((....))))))))......(((((......))))).............................(((((((................))))))).((((((.....))))))....(((((((..........................)))))))..................)))))..))))))))))..)))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.(((((((((((((((....))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((.............))))))..((((((((..(((((...(((.......)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................))))..((((((.(((........))).)))))).((((((.......)))))).......))))))).(((((((.(((((.............))).)).))))))).).)).......................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..(((((((((((((((....))))))))............((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..((((((((.......)))))))).).(((((((((.(((((.(.((((.....)))).))))))..)))))).......)))..........(.((((((((....)))))))).).)))))...............))))))......................((((((((.((........)).)))))))).(((((((...)))))))........)))))))..((((((((((((((.....)))....)).)))))))))..................)))........... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((.((.((((((((....)))))))).))..((.((((((((((((((((......))))))...(......((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...(((((...)))))..)))))..))))).......)))).......).((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....))))))))).................)))))))))))))))))..)))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((([[[[[[[[(((((((((..)))))))))......[[[....(((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).(((((((((((...))))))))))))))........)))))((((((((((((((.......)))))))...................)))))))((((((((....))))))))......(((((......))))).)))))...(((...........)))...[[[[[[[........))))))).]]]]]]]((((((((...)))))))).]]]...]]]]]]]](((.........)))......(((((((............................)))))))........ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.(((((((......))))))).......(((...(((((.(((((......)))))((.(((.....((((((..........))))))............................((((((.....((((...(((.......)))..))))......))).......)))))).))......((((((((....))))))))......((.((......)).)).)))))...(((...........))).............)))............................................)))))))....................................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((.............)))))).)((((((((..(((((...(((.......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.........))))).......)))))))).(((((((((....................))))))))).((.(....))...)...)))........... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((............)))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((.....................)).(((((((((...((((...(((.......)))..))))....))))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)))))))))))((((((.......)))))).......)))))))).(((((((((....................)))))))))..(.......).......)))........... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((((((((....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((.............)))))).)((((((((..(((((...(((.......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.........))))).......)))))))).(((((((((....................))))))))).((.(....))...).).)))........... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((............)))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((.....................))...(((((((...((((...(((.......)))..))))....))))).....((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).))))((....))))))))))))))..(((...........)))...(((((((((((........)))))))))))((((((.......)))))).......)))))))).(((((((((....................)))))))))..(.......).......)))........... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.(((((((.((((............)))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((.....................)).(((((((((...((((....((.......))...))))....))))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))))))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)))))))))))((((((.......))))))........))))))).(((((((((....................)))))))))..(.......).......)))........... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))......(((.((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)))((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((.............(((((.((.(((((....))))).)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).....))))).......))))))))...))))))..)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((....((((((((....)))))))).....((.((((((((((((((((......))))))...(((....((((((..........))))))((((((((((((...))))))))))).)(((((((((.(((((.(.(((((...))))).))))))..))))).......)))).....)))....((((((((....))))))))......(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))..(((((((((....(((.........))).....))))))))).................)))))))))))))))))..)))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))............................((.((((......((..................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))..)))))))....................)))....)))))))....................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))............................((.(((.....((((...(((.......)))..))))......)))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).))))))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((.......)))))).)))....))))))).((...((((....................))))...))................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.(((((.((..((((((......))))))..(.(((((((...((...(((((.........(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))...))))).((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).))......(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))(((((((.....)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).))))))).)....)).))))))))...))))))..)))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...(((.....)))..((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))......(((.((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)))((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((.............(((((.((.(((((....))))).)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).....))))).......))))))))...)).((....))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((......((.((((((((....)))))))).)).(((.((((((((((((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......))))......)).((.((((((((....)))))))).))))))((((......))))..)))))...(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))(((((((.....)))))))..(((((((((.(((..((.....)).))).....))))))))).((.(....).))....))))))))...))))))..)))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((...((((.(((((((..)))))))).))).(((.((((((.((.((((((......))))))))(((((((((((((((........))))))))))((((((((((..((((.(((((((((((((((((((((((.(..((((...))))..)))))))).)))))..)))))..((...))...))))))))))))))))))))...((((((.(((((((((((((....(...)...((((...)))).)))))..((((((..((.......))(..).))))))(((..))))))))))).)...(((..)))..)))))(((((((((.....((........)).)))))))))))))).).))))))))).)))))))..)))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................((.(.(..(((......)))..)......(((..((......))....)))......................(.......).....(..........(...(......)..).........).....(...(..............))..........................................(.....)........).))....((..(.(............)...)...))......... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.........(((((((((..))))))))).)))(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((..........)...))))).)((((((((..(((((...(((...(..))))..)))))...))))).......)))((.((..((...(((((.((....)).))))).))..))...))......).))))))))...(((...........)))....(((.((...(........)....)).)))(((.(.........).))).......((.......((...((((...((............)).))))...))..))...))))))))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((..((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((..((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((.(((((.(((((...(((((...)))))..)))))..)))))........)))..........(.((((((((....)))))))).)....(((((......)))))..(((((...(((.....)))..((....)).))))).........(((((........(((((((.....)))))))............(((..((.....)).)))......))))).................)).))))))).)))))))))..)))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.(((((((.((((((((....)))))))).(((...)))...(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((((((((...)))))))))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......)))).........((.((((((((....)))))))).))...(((((......))))).)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((...))))))))........))))))).((...((((..(((.....))).......))))...))..................))))))..)))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..((((((.((((.((.((((((((....)))))))).))..((.(((((.((..((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((..((((...))))..)))))..(((((((((.(((((...((((.....))))..)))))..))))).......)))).......((((.((((((((....))))))))......(((((......)))))..(((((...((((...)))).(((....))))))))......(..(((((........(((((((.....))))))).....(((((..(((..((.....)).)))))))).)))))..)..))))...))))))).)))))))))))))))))..)))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((....(((.((((((((....)))))))).......((((.(((...((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((((((.....))))))))))..))).((((....)))).((((...(((....))).((((................))))..))))...((((((((....)))))))).)))).(((((......)))))...................))).......((((....))))...))))))).....(((((....)))))...((((....)))).(((....))).(((.......)))....(((((((............................)))))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.(((...(((.((((((....)))))).........((((..(((..{{{{{{.)))..}}}}}}....(((...[[[[[[))).......]]]]]].((((((((((.....))))))))))..((((((((....))))..((((.....))))..(((.....)))........))))............((((((((....)))))))).)))).(((((......))))).)))......(((.....))).......))).(((....)))...((((((.....(((((....)))))...((((....)))).(((....)))...<<<<...........))))))...>>>>.........))))....((((((......)).)))). |
