RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00029

RNA: ASE_00029
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.((((((((((.(((((((.(((((((....)))))))......(((....(((((..((..((..(((((.((..(((((((..((((((..........))))))..((((.(((.....))).))))(((((.((......)).))...)))..)))))))...)).))))).....))..))...(((......((((((((....)))))))).........((....)).)))..)))))...(((..((....))..)))..(((((((................)))))))((((((((....)))))))).)))....)))))))(((((.((((((........))))..)).((((....))))....)).))).....))))))))))....))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((((((((((....))))))).......(((.((((((...(((((((.....(((((..........((((((..........)))))).(((((..(((...)))..)))))...))))).....((((((..(((..(((.(((..(((.......)))..))))))....)))......((((((....))))))))))))....))))..)))...))))))....(((........)))...))).(((((((................)))))))((((((((....)))))))).......))))))))(((...((((((........))))..)).((((....)))).......))).....))))))))))......
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((((.(((((((.((((((((())))))))).............((((....(((.((((....))))..........................(((((((((.....................................................)))))))))..........(((((...)))))...((((((((....))))))))..................)))...)))).............((((((..................))))))............((((((....))))))..........)))))))........................................................)))))))))..)....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((...(...(.(((((((....))))))).)..(((.(((((....................(((...........((((((..........)))))).(((((.((((...)))).)))))....)))....................((((((......))))))......................((((((((....))))))))........((((((.(...............(((...........))))..(((((((...(........)...)))))))((((((((....))))))))..........))))))(((..((((((........)).......))))..))).......)))))))).).))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((.(((((((....)))))))................((((((.((......)))))).)).......((((((..........)))))).(((((.(((.....))).)))))......(((......(((...(((....)))..)))......)))......................((((((((....))))))))...................................................(((((((...(........)...)))))))(((((..........)))))........)))))))..................(.((.......((........)).......)).)....................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.........(((((((....))))))).(.((((.((((((((((((((.((......)))))).....(((((((((((..........))))))((((((.(((.....))).))))).)((.((((......(((...(((....)))..)))......))))....(((((...........(((((((((....)))))).))).......)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((................))))))).(((((((....))))))).................(((..(((((.((......)).).....))))..))).......))))))))).)))))))))))......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((..(((.((.(((((((....))))))).)).(((.(((((.......((.((......)(((((.((.......((((((..........)))))).(((((.((((...)))).))))))).)))))......).)).....((((((((((......))))))..))))..((((..........((((((((....))))))))))))....((((((.(...............(((...(....)..))))..(((((((...(........)...)))))))((((((((....))))))))..........))))))(((..((((((..(....))).......))))..))).......)))))))))))))))))))))......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.((.((((....)))).))...............................................(.((((...(...)..)))).......................................................(.((.(....))).)......(...........)....((((.(((....))).))))....................).....................((((((.(................).....))...............))))...............((((((((....))))))))......))))))).......................(.....).))))))))))......
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).(((...)))...(((..[[[[....)))....]]]]....(((...[[[[[[))).......]]]]]].(((((.((((...)))).)))))..((((((........)))..[[[...((((((......)))))).......))).....]]]....((((((((....))))))))((((..[[[........))))..]]](((..(((...........)))...[[[[[[[.......)))......]]]]]]]((((((((....))))))))........)))))))(((.....((((........)))).....((((....)))).......))).....))))))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.......(.(((((((....))))))).).((((((((((..(((((((.((......)))))).)))..))))((((((..........)))))).(((((.((((...)))).)))))..((.((......)).))......(((((((((......)))))).))).(((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))(((((((.((((((.....................)).))))..(((((((................)))))))((((((((....))))))))..........)))))))(((...((((........))))...)))......))))).......))))))..))))))))))......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((..(((....(((((((....)))))))...[[[[.[[[[[..................................((((((..........)))))).(((((.(((.....))).)))))...........................((((((......))))))......................((((((((....)))))))).......[[[.....................(((...........)))...(((((((................)))))))((((((((....))))))))...........)))]]].((.{{((((........))))...))..}}............]]]]]]]]]..))))))))))......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((...(((.(((((((((((((((....)))))))............(.((.(........(.(((((((((...)).))))(...((.........).)).....................((................((((((((......)).....)).).....)).)......(.(((......)))).((.((((....)))).))..........))........))))).)))...(((...(..((((.....((.................)).........))))..)..)).......)....................................)..)).))...)))........................))))..))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).(((...)))..(((((.((((.((......))))))...((.(...((((((..........)))))).(((((.((((...)))).)))))..((.((......)).)).....(...((((((......)))))).....)................((((((((....))))))))...).)).............)))))......(((..((....))..)))..(((((((................)))))))((((((((....))))))))........)))))))(((((...((((........))))...))((((....)))).......))).....))))))))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.........((((((((..))))))))........((((((((((((((((........((((......((((.((((((..........)))))).(((((.((((...)))).)))))))))))))......)))).........((((((......)))))).....)))((((..........((((((((....))))))))))))...(((((((.((((.............(((.....)))..))))..(((((((................)))))))((((((((....))))))))..........))))))).......))))................((((....))))....)))))......))))))))))......
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((((((((((((.((((((((..))))))))((((...)))..(((((....((((((((....)))).)((...(((((..((..........(((((((.........................................................)))))))....))....(((((...)))))..(((((((((....)))))))).).......)))..)))))))...)))))..(.....(...((((((.....(.....)......))))))...).).(..(.((((((....)))))))..).....)))))))).......................................((.(....).)..).).)))))))))..)....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((((((((((((.((((((((..))))))))((((...)))..(((((....((((((((....)))).)((...(((((..((..........(((((((.........................................................)))))))....))....(((((...)))))..(((((((((....)))))))).).......)))..)))))))...)))))..(.....(...((((((.....(.....)......))))))...).).(..(.((((((....)))))))..).....)))))))).......................................((.(....).)..).).)))))))))..)....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).((.....))...(((((..((..((..(((((.((..((((((...((((((..........)))))).(((((.(((.....))).)))))..((.((......)).)).........))))))...)).))))).....))..))...(((......((((((((....)))))))).........((....)).)))..)))))...(((..((....))..)))..(((((((................)))))))((((((((....))))))))........)))))))(((((.((((((........))))..)).((((....))))....)).))).....))))))))))......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).(((...))).((((((.((((.((......)))))).(((((....((((((......<<<.)))))).(((((.((((>>>)))).))))).......................((((((((((......))))))..))))[[[[............((((((((....))))))))....)))))]]]].......)))))).....(((............)))..(((((((.......(((...))))))))))((((((((....))))))))........)))))))(((.....((((........)))).....((((.{{{)))).......)))}}}..))))))))))......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((....................(((...)))...(((.........((((....))))...................................................................................................((...........(...)......((....((....))....))................)).......))).......................................................(((..........)))..........)))))))........................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).((.....))...(((((..((..((..(((((.((..(((((((..((((((..........)))))).(((((.(((.....))).)))))..((.((......)).))........)))))))...)).))))).....))..))...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))..............)))))...(((..((....))..)))..(((((((...(........)...)))))))((((((((....))))))))........)))))))(((((.((((((........))))..)).((((....))))....)).))).....))))))))))......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......))).(((.....(((((((....))))))).((.....))...(((((..((..((..(((((.((..(((((((..((((((..........)))))).(((((.(((.....))).)))))..((.((......)).))........)))))))...)).))))).....))..))...(((......((((((((....)))))))).........((....)).)))..)))))..)))..(((((((((((((...(((((((................))))))).......((((.((((((((......)))))))).((((..((((..(((....))).......))))..))))......)))).))))))...)))))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((....))))))).......(((..(((((.((((.((......)))))).((((((.(((((.........((((((((((....))))))))))(((((.((((..(((((......)).......((...((((((......)))))).))....))).))))....)))))((((((....)))))))))))))))))((......)).)))))((((..(((..((....))..))).....))))...)))(((((.((......)).((((((((....))))))))...))))))))))))(((((...((((........))))...))((((....)))).......))).....))))))))))......
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((..((((((.(.((((((..)))))))))..(((((((.(((..(((((((...)))))))(((((((((..((.(((((((........)))))))))(((((((((....((((((.(((((((...).)))))).))))))((((((((((..(..)))))))..))))))))).))))((...))((((((((..))))))))(((((........)))))((.(((((.((((((((...........))))))))).))).).)))))))).)))..))).))))))...((((.(((((((.((..)).)))))))(((((..(((((.................)))))..))))).....)))).).)))))))))))...))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.....)..(.)..........................................................................((.....))........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.........(((((((....)))))))....(((.(((((...................((((...........((((((..........)))))).(((((.(((.....))).)))))....)))).....((((((..(((....................................)))......((((((....))))))))))))...((((((..((((..........................))))..(((((((...(........)...)))))))((((((((....))))))))...........))))))........((........)).......((((....))))....))))))))...))))))))))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.........(((((((....)))))))...((((.(((((..(((((((.((......)))))).)))...((((((.........((((((((((....))))))))))......((((..(((((......((((((..(((..(((.(((..(((.......)))..))))))....)))......((((((....)))))))))))).(((((((((.((..............(((..((....))..)))..(((((((................)))))))..)))))).)))))((((((......)))))).))))).....((((........))))...))))....))))))....)))))))))..))))))))))......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......))).........(((((((....))))))).............(((((((((.((......))))))...(((..((((((((..........)))).)))).....(((........))).))).))))).....((((((........((((((......))))))....(((..............))).(((((....))))).))))))...(((.....((((((.....................)).))))..(((((((................))))))).(((((((....))).((((......))))..)))).......((((........)))).))).((((....))))..((((((..........)).))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......)))).....((((((((((....))))))).......((((...(((.[[[[.[[)))...]]]]]].....((((.((((((..........)))))).((((..(((.....)))..))))..(((((((.............)))..((((((......))))))......))))......))))..((((((((....)))))))).))))..aaa.....aaaaaa...)))...............AA.AAAA..(((((((......{{{{......)))))))..((.(((....))).((((}}}}..))))...))....((((((((........)))).AAA.((((....))))..<<<<<<))))......>>.>>>>......

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