RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00030

RNA: ASE_00030
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.((((((((....))))))))..))..))))..........((((.((((.(((......((((.((((((....((((((((....))))))))....)))..)))....)))).........(.(((((((((.((((((((...)))))).)).((((((......))))))..(((((((((....))))))))).))))))))).)....))).....(((((...((((.((.((((..((..((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..))))))..)).))))((((((....))))))..)).))))...))))).....(((..(((((((....)))))))..))).)))).))))...))))))))))
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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((............................))))..........................((((((((....)))))))).......((((((........)))))).(((((.(((....))).)))))............................))))))))).............((((((.....................................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))....................................))))))))))
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.........((.(............).))..............................(((((.....))))).((((............................))))...................................................................................................................................(((..((((......((((((.....................................)))))).....)))))))...((((.(((....))).))))....................((((....)))).....................))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((........((((((((....))))))))....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....((((((((....))))))))....))))..((...(((((...........(((((((((...(((((.....)))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).))))))))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((....)))))....((((......))))..)))))).....))))((((((....))))))...........................(((((((....))))))).......)))))))).).))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((....)))))))).....(((((....(((....((........(((((...)))))))((((....((((((((....))))))))....)))).)))...)))))...........(((((((((.(.(((((((.))))))).)((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).)))))))))..............(((((((((.................((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..)))))))))))))..((((((....))))))...............))..))))))))(((((((....)))))))..............)...))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((......))))))).........................(((((((((((...)))))).(((........(............)........))).....................................(.((.)..).).....((((((........)))))).((((.((((....))))).)))............................))))).................(((((.......................................)))))...............((((((((....))))))))..........)))))))............................(.....).))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..(((....[[[[[[[)))...]]]]]]].(((..[[[[....)))...]]]]........((((......[[[[((((....((((((((....))))))))....))))........)))).....]]]]..(((((((((...((((((...))))))...(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).........(((((..(((((((.................((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..))))))))))))).[[[[[[[((((.(((....))).))))............)))))(((((((....))))))).......]]]]]]]....))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.((((((((....))))))))..))..))))((...))...((((.((((.((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....)))).((.......))............((((((((...((((((...))))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).)))))))).(((...)))((((((((((...((((.((.((((......((((((...(((((....)))))(((.(((....))).)))..)))))).....))))((((((....))))))..)).))))...))))).....)))))(((((((....)))))))......)))).))))...))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((aaaaaa.((((((((....))))))))........)).....................((((.....))))..((((....((((((((....))))))))....)))).......................(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).................((((((.......<<<.......((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..))))))))))))>>>((..(([[[[)){{))..}}..]]]]..........AAAAAA.(((((((....)))))))..................))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.((((((((((((((((....))))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((............................)))).........(((...........((..(((......................................(...........................))..))..)).........))).......)))))))))...(((...(..((((((.....................(((((....)))))..))))))..)..))).....(..((((.((....)).)))).)........))))))))....................................))))))))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((.((((((((....))))))))..))..))))..........((((.((((.((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....)))).((.......))...........(((((((((...((((((...))))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).)))))))))..........((...((((...(.((......))......((((((...(((((....)))))....(((.(....).)))..)))))))...))).)((((((....))))))(((.((((........)))).))))).(((((((....)))))))......)))).))))...))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).....(((((....(((........)))...(((((....((((..))))....(((((((((..)))))))))...))))).......)))))............((((((((...((((((...))))))..((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).))))))))((((((...........(((((((.................((((((.((((..))))[[[[[[[...((((((..))))))..)))))))))))))..((((((....)))))).....))))))........))))))))(((((((....)))))))........]]]]]]]...))))))))))
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.....((((((((....))))))))......))))..........((((.((((.((((((...)))))).((((....((((((((....))))))))....)))).......................(((((((((..(((((((...)))))).)((((((((......))))))))(((((((((....))))))))).)))))))))(((...)))......((((((((.......[[[.......((((((...(((((....)))))....................))))))))))..]]]..((((....)))){{{{{.{{{{....))))}}}}.}}}}}.(((((((....)))))))......)))).))))...))))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((((......................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((............................))))..............................................(......((................)).((.....((....)).....))..........................).......))).............................................................................(((...((....))...)))..........)))))))............................((........))))))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.((((((((....))))))))..))..))))..........((((.((((.((.((....((((.((((((....((((((((....))))))))....)))..)))....)))).........(.(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).).....)).))..(((((.(((((.....((((..((..((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..))))))..)).)))).)))))(((..(((....)))..)))..))))).....(((..(((((((....)))))))..))).)))).))))...))))))))))
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((...............((((((....))....(..)(((((((((((...)).((((((...)))))).(....)).))).(((((..)))))((..)).(((((......)))))((((..(((..)))((((((((((((..))))........(((((((((......)))))))).)((((((((..)))))))).).)))))))).)))((.....((.((((((((.(.((......))).))))(((((((.(((((((..)))))))...((((((..)))))).))))))))))).))..)))))))((..(((....)))..)).(..)))))...)))))))(((....)).)(((((......)..))))......))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.........................................................................................................................................................................................................................................................................................((...(.....(....................................(..).........................................................)...)........)).))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.....((((((((....))))))))......))))....................((.((....((((...((((....((((((((....))))))))....))))........)))).........(.(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).).....)).))..((((......................((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..)))))).........(((((......))))).............)))).....(((..(((((((....)))))))..))).............))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.((..((((....))))..))..))..))))..........((((.((((.((.((....((((.((((((....((((((((....))))))))....)))..)))....))))...........(((((((((.((((((((...)))))).))(((((((......))))))).(((((((((....))))))))).))))))))).......)).))..(((((...((((.((.((((..((..((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..))))))..)).))))((((((....))))))..)).))))...))))).....(((..(((((((....)))))))..))).)))).))))...))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......((((.(((........))).(((.((....)))))..........))))....(((((.....))))).((((....((((((((....))))))))....)))).......(((((.....((((....))))......(((((.....)))))...(((((((......))))))).((((((((......)))))))).........(((...........)))(((....)))..............((((((...(((((....)))))....(((((....)))))..)))))).((((....((((((....))))))....((((........))))...)))).((((((....))))))...........)))))....)))))))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((......(((..(((((((((((....))))))))......((((..........))))......(((((.....)))))bbbb)))..BBBB..((((.((([(((((...))))........]))).(((((......))))).......(((((..<<<))))).>>>)).ccc)))...CCC.)))..((((((((....)))))))).(((((....(((...{{{{{{{.)))........................}}.}}}}}.(((((....)))))....(((((....)))))...))))).(((((((.((((((....))))))....dddd))).....DDDD...)))).((((((....))))))...aaaa.aa..))))...AAAAAA....

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