RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00031

RNA: ASE_00031
Rfam family: RNaseP_bact_a

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((....(((((((((....))))))))).(((...))).)))))..((((.((......)))))).((((((((((((.(((..(((..((((((((....))))))))..(((((((..((..(((((...(((((...((((.....))))..))))).....)))))...))))).))))...))).((((((((....))))))))......))).(((..((((((.....................)).))))..(((((((................))))))).((((((((...(((.(((((((.....................))).)))))))..))))))))...)))..)))))).))))))........)))))))))))))...
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((.((((((((......))))))))................((((((.((......)))))).)).......((((((..........)))))).(((((((((....))))))))).....(((....(((((...((((.....))))..))))).....)))......................((((((((....))))))))...................................................(((((((...(........)...)))))))((((((..........))))))........))))))).((...((((....................))))...))..................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.((((((((((((((.((......)))))).....(((((((((((..........))))))((((((((((....))))))))).)((.(((....(((((...((((.....))))..))))).....))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))((((((.((....)).))))))................((...(((((.(((.....))).).....))))...)).......)))))))).).)))))))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((....))))))))).................(((((.((......))))).........))((((((..........)))))).(((((((((....)))))))))............(((((...(((((()).))))..))))))))))))).....(((((.(.((..((...((((((((....)))))))).......(((((((.((((.............((.......))..))))..(((((((...(........)...)))))))((((((.((....)).))))))..........)))))))))....))).))))).((((((....(.((((....)))).)....))))))...)))))))))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((....(((((((((....))))))))).(((...)))...((((((...))).))).))))).....((((...[[[[[[))))......]]]]]].(((((((((....)))))))))....(((((...(((((...((((.[[[[))))..))))).....))))).........]]]].......((((((((....))))))))((((..[[[........))))..]]].....(((.......[[[[[)))..(((((((................)))))))((((((..........))))))..........]]]]](((.[[[[....)))((((......)))).((((....))))........]]]]...)))))))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))).........((((..(((((((.((......)))))).)))..))))((((((..........)))))).(((((((((....))))))))).((((.(((............))).))))..........))))))))).....(((((............((((((((....))))))))(((...((((((((.((((((.....................)).))))..(((((((................)))))))((((((.((....)).))))))..........)))))).))...)))..))))).((((((......((((....))))......))))))...)))))))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))...................(((.((......)))))...........((((((..........)))))).(((((((((....))))))))).....[[.....(((((....((.......))...))))))))))))]]....(((((............((((((((....))))))))........(((((......................................(((((((................)))))))((((((.((....)).))))))...........)))))...........))))).(((((.......((((....)))).......)))))...)))))))))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(((.(.((((.(((((((((((((((........)))))))............(.((.(........(.(((((((((...))...))))(.((..)........))....((....................(..............(((((.........)))..)).).......((((.......)).)).(........((.((((....)))).))).........))........))))).)))...(((...(..(((((........................)...........))..))...)..)))..............))))))..........................))...............................))))..))))))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((.(((((((((....))))))))).(((...)))....((..((((.((......))))))...(((((((((((((..........)))))).(((((((((....)))))))))....(((((...(((((...((((.....))))..))))).....)))))....((((...((..(....((((((((....))))))))..)..))..)))).....))))))).......((.......))...))...(((((((................)))))))((((((.((....)).))))))........)))))))(((.........)))...((((((......((((....))))......))))))...)))))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.........((((((((((..))))))))))........(((((........((((((...(((((....((((((((((((((..........)))))).((((((((((..))))))))))....(((((...(((((....[[[[[[........))))).....)))))......((((..........((((((((....)))))))))))).....(((..))).))))))))......(((.....)))...)))))(((((((................))))))).((((((((...(((.((((.................]]]]]].....)))))))..))))))))))))))............)))))......)))))))))))))...
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.((((((((......))))))))((((...)))...((((....((((((((....)))).)((...(((((..((.........(((((((((.................................................................)))))))..)).))....(...)..(((((((((....)))))))).).......)))..)))))))...))))(..(((.(........(((((.....)))))..........).)..)))(....((((((((....))))))))..).....))))))))........................................((.(....).)..).).))))))))))......
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((((((((....))))))))).(((...)))...(((..[[[[.[[.)))..]]]]]]..((((((((((((((..........)))))).(((((((((....))))))))).((({{{{{{{.{{{{{.{.{{{{..)))}}}}.}}}}}}..}}.}}}}}....((((............((((((((....)))))))).........)))).....))))))))......(((.....)))........(((((((................)))))))((((((..........)))))).......))))))))(((.........)))...((((((......((((....))))......))))))...)))))))))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....(((((((........................(((...)))...(((.........((((....))))............................................................................................................(((..............((....((....))....))................)))......)))......................................................(((...((....))...))).........))))))).................................................((........))))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((....))))))))).......(((.(((((((((((.((......)))))).)))......((((((..........)))))).(((((..((....))..)))))..)))).)))..(((((...((((.....))))..))))))))))))).....(((((...(((.((...((((((((....)))))))).......(((((((.((((.(......)..(((........))).))))..(((((((...(........)...)))))))((((((.((....)).))))))..........)))))))))...)))..))))).((((((....(.((((....)))).)....))))))...)))))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.......)).((.....((.(((((((((....))))))))).))..((((.((((((..((((.((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((..((....))..))))).((((.(((...(((((...((((.....))))..))))).....))).....(((((...(((.((...((((((((....)))))))).......(((((((.((((((.....................)).))))..(((((((................)))))))((((((.((....)).))))))..........)))))))))...)))..)))))...))))......((((....)))).))))))........))))))))))..))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((((((....))))))))).((.....)).(.(((((((((.((......))))))......(((.((((((..........)))))).(((((..((....))..))))))))))))).)..(((((...((((.....))))..))))))))))))).....(((((...(((.((.(.((((((((....)))))))).).....(((((((.((((.(......)..(((........))).))))..(((((((...(........)...)))))))((((((.((....)).))))))..........)))))))))...)))..))))).((((((....(.((((....)))).)....))))))...)))))))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((...((.(.(((((((....))))))))))...(((.((((((.(((((((.((......)))))).)))...((((((((((........))))))).)).)((((((((((((((((....(((........).))...)))).(((((((..(................)..).)).))))..(..)((((((((((..)))))))).))....(((((((((((((((..)(...)((..((..))..))).))))..((((((((..............))))))))(((((((..((..)))))))))((....)).))))))).)).(..)((((.(((..)..)))))).))).))))))..)))).))))))))))))))))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................(((.(.....)..)............(........................(.......).......)...........(...........).((.((.........))..))....))......(........).......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))........................................((((((.((((((..........)))))).(((((..((....))..)))))....(((((...(((((...((((.....))))..))))).....)))))....................((((((((....))))))))...................))))))..........................(((((((...(........)...)))))))((((((.((....)).))))))........)))))))(((...((....(((.....)))....)).((((....)))).......))).....)))))))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))......(((((.(((.(((..((((((...(((((.((..(((((((((((((..........)))))).(((((..((....))..)))))..(((((((...(((((...((((.....))))..))))).....)))))....((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))..)).))))))).......(((.....))))).)))))(((((((................))))))).....)))))).)))))).))..)))....)))))))((((..(((...(((.....)))...))).((((....))))......)))).....)))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((.......)))))...(((((((((....))))))))).......((((.(((...((((.((......))))))......(((.((((((..........))))))..((((((((....)))))))).))).(((((...(((((...((((.....))))..))))).....)))))..)))...............((((((((....)))))))).))))..(((((...((((((.....................)).))))..(((((((................))))))).(((((..........)))))...............((((.........))))....))))).....((((....))))....((((.((.....)))))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((.......))))))..(((((((((....))))))))).......((((.(((...((((.((......))))))...((((...[[[[[[))))......]]]]]].(((((((((....)))))))))..))).(((...(((((...(((..{{{{.)))..))))).....)))...........}}}}.......((((((((....)))))))).))))..(((((...((((((.....................)).))))..(((((((................))))))).(((((..........)))))...............((((.........))))....))))).....((((....))))....((((.((.....)))))).........

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