RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00032

RNA: ASE_00032
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((((......((.((((((((.....)))))))).)).(((.(((((.....((((.((......))))))..(((((.((((((((..........)))).))))..........((.((((((........((((...(((....)))..))))......(((((......((((..........((((((((....))))))))))))...(((((((.(((((...((.((((.......)))).)))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........))))))).......)))))......)))))).)).........)))))...))))))))...)))))))))......)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.(((((((.(((((((((((((((.......(((((.(((((...(((.(((((((((((.((......)))))).)))......((((((..........)))))).((((((....))))))..)))))))....((((...(((....)))..)))).....))))).....((((...(((......((((((((....))))))))......)))))))..(((((....(((((........)))))..)))))..(((((((..((........))..))))))))))))......))))))).....))))))))((((.......))))..((((((((......................))))))))..))))))))))..))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((((.(((((((.(((((((((...)))))))))..............((..........(((..................................(((((((((.............................................)))))))))...........(((((...)))))...((((((((....))))))))..................)))))..............(.....................)...............((((((((....))))))))..........))))))).........................................................)))))))))..)....
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((.((((((((.....))))))))................((((((.((......)))))).)).......((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))...............................(((...........)))...(((((((...(........)...)))))))((((((....))))))........)))))))....................(((.......((........)).......))).....................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((........(((((((.......)))))))....(((.((((((((((((((.((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)((..(((....((((...(((....)))..)))).....)))......(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).))))))))...(((...........)))...(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))................((...(((((.(((.....))).).....))))...)).......)))))))).).))))))))).......
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((((((((..((((((.((((((((.....)))))))).))...(.(((((.........(((......((..............((((((..........))))))))((((((..))))))((((..(((.......))).))))...((((((......))))))......)))((((..........((((((((....))))))))))))...(((((((.(((((...........((........)).)))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........)))))))....((((..(((.....))).......))))............)))))))))).))))))))))......
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(.((((((((.......(.((.((((.......)))).))..............................................((.(((((......)..))).(..).................................((..........))(((((........)).)))..................(.((.(....).)).)....................).))....................(((((......................................))))).................(...((((((....).)))))).....)..........................(.....).)))))))))..)....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((....((((((((.....)))))))).(((...)))...((((((...))).))).)))))......(((...[[[[[[))).......]]]]]].((((((....)))))).............((((......[[[[[[[[[))))..]]]]]]..]]]....((((.[[[......((((((((....))))))))))))..]]]......(((((...[[[....(((........))))))))..(((((((................)))))))((((((....))))))..............]]]....((((.......[[[[[[[[[[[..)))).......]]]...]]]]]]]]..))))))))........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((((.(((((((.((((((((.....)))))))).........((((..(((((((.((......)))))).)))..))))((((((..........))))))..(((((....)))))((((..(((.......))).))))...((((((......)))))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))..(((((...((.((((.......)))).)))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))........)))))))((((.......))))..((((((((((.((......)).))......))))))))..))))))))))......
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((((((((.(((((((.((((((((.....))))))))...................((([[[........)))...........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....]]]..............((((((((....))))))))...............(((((........................)))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))........)))))))((((.......))))...(((((..........................)))))...))))))))))......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((...((((.(((((((.((((.............))))............((((.(........(.(((((((((...)..).))))(.((..)........))....................(((...........((((...((....)))..)).................)....((..........)).((((....)))).............))).......)))))))))...(....((..(((((......(......((((((...)))))))))))).....))).........(...(((....)))...)..........))...........)))...))........................)))))))..)))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((((((((.(((((((.((((((((.....))))))))..(.....)((((..(((((((.((......)))))).)))..))))((((((..........)))))).((((((....)))))).((..(((.......))).)).....((((((......)))))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))..(((((...((.((((.......)))).)))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))........)))))))((((.......))))..((((((((((.((......)).))......))))))))..))))))))))......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((.((((((((((((((((.....)))))))).(((...)))...(((((((((...........)))).((((((...((((((..........)))))).(((((((..)))))))..(((.........))).....(((((....((((.................))))......)))))((((((((....))))))))...))))))(((..)))[[[[[.)))))...(((...........)))...(((((((................)))))))((((((....)))))).......)))))))).........]]]]]...((((((((......................))))))))..))))))))).......
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((......((.((((((((.....)))))))).)).(((.(((((.....((((.((......))))))..(((((.((((((((..........)))))).))..........((.((((((........((((...(((....)))..))))......(((((......((((..........((((((((....))))))))))))...(((((((.(((((...((.((((.......)))).)))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........))))))).......)))))......)))))).)).........)))))...))))))))...))))))))).......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.((((((((.((((((((((((((((.....)))))))).........((((..(((((((.((......)))))).)))..))))((((((..........)))))).(((((([[[.))))))(((..(((.......))).))).(((((((((......))))))..)))..((((............((((((((....)))))))).........))))..(((((......((((.......))))...)))))..(((((((................)))))))((((((....))))))...]]].))))))))(((((....).))))(.((((((((......................))))))))).))))))))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((.......................(((...)))...(((..............................................................................................................................(...)......((....((....))....)).....................)))...................................................(((...((....))...)))..........))))))).........................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((.(((((((......((.((((((((.....)))))))).)).(((.(((((.....((((.((......))))))..(((((.((((((((..........)))).))))..........((.((((((.(((.(..((((...(((....)))..))))...).)))..........(((..((((..(.((((((((....)))))))).).....(((((((.(((((..(.(((((........))))).))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........)))))))....)).))..)))....)))))).)).........)))))...))))))))...)))))))))).)....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((.((((((....((((((((.....)))))))).(((...))).)))))).)))(((((.((....(((.....(((((.((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))).......))))......))))).((((((((....)))))))).)))...(((((((.(((((...((.((((.......)))).)))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........))))))))).))))).......((((((((((.((......)).))......)))))))).)))).((......))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.((((((((..((..((.((((((((.....))))))))..))(((.(((((..(((((((.((......)))))).))).(((((((((((..........))))).(((((((....)))))((((((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....((((((..((..((...((((((((....)))))))).))..))(((((((.(((((...((.((((.......)))).)))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........))))))).)).))))..........)))))).)).))))))..........)))))))))).)))))))))).)....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.(((((((((((..(((((((((((..(..)..((..(((((((.((((.(((((((((((.((......)))))).)))....(((((((((........))))))).))((((........))))))))))))...((((((...((..)).)).))))....)))))))..))...((...))((((((.((((((((..))))))))....)))))((((((....((((((((.((((.((((...))))........((((((...(..)......(..).))))))(((...)))))))...))))))).).)))))).)..(..)((........))...)))))))..))))..(((((...)))))..)))))))))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................(................(...(..............))...........((...))....).....................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.((((((((..(((..(.((((((((.....)))))))).)...((.(((((.....((((.((......))))))...((((..(((((((..........)))))).)...........((.((((((.(((....((((...(((....)))..)))).....))).......................((((((((....)))))))).......(((((((.(((((........................)))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........)))))))..................)))))).)).........))))....)))))))))).))))))))))......
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((..(((.((.((((((((.....)))))))).))..((.(((((..(((((((.((......)))))).))).(((((((((((..........)))))).............((..(((((........((((...(((....)))..))))......(((((......((((..........((((((((....))))))))))))...(((((((.(((((...((.((((.......)))).)))))))..(((((((..((........))..)))))))((((((....))))))..........))))))).......)))))......)))))..))..)))))..........)))))))))).))))))))).......
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.........)))......((((((((.....)))))))).......((((.......((((.((......)))))).....((((.((((((..........)))))).((((((....))))))..((((........(((((..((....)))).))).(((....))).....))))......))))..((((((((....)))))))).))))..........(((((....(((((........)))))..)))))..(((((((................))))))).......(((.((((....)))).......(((((.......)))))...))).((((.((......))))))......((((.........))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...(((.......(((((.((((((.....)))))).........((((...(((.[[[[.[[)))...]]]]]]..(((......(((((...<<<<<..)))))((((((((....)))).((((>>>........{{{..))))...((((((}}}...)))))).......))))...>>)))....((((((((....)))))))).))))..)))))...(((((....(((((........)))))..)))))..aaaaaaa......aaaa.)))..AAAAAAA..)))..((((((((....)))).......(((((AAAA...)))))..)))).((((.((......))))))......((((.........))))........

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