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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00033



RNA: ASE_00033
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((.((((.((.((...((((((...))))))....)).)).)))).))))...(((((.(((((((.((.((......((..((....))..))......................(((.(((((....))))).)))....)).)).))))))).....((((((..(((.(((((....)))))(((((((((..((((......((((((((.(((...(((((...(((.((((.....))))))))))))..((....)).....((((.((((....)))).))))..........))).).)))))))....))))))))))..))).)))..))))))...)))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((....((((((((((((..(((.(((.(((......)))..)))........(((((((((((...((((....))))((.((((((..((((..((..............))..)))))))))).)).)))))).))))).)))((((((.......)))))).)).)))).)))))).((((((((....(((.....(((((..((((.((....(((((((..((((.....))))....)))))))....)))))).....((((.((((....)))).)))).......)))))....(((((((...)))))))..)))...)))))))).))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.(((((((((.))))))))).............((((........((((((((((.....)))))..((((....))))......................(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........))))))))).............((((((.......................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))..................................))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((......((((((...)))))).......)).))(((((((.....................(((....)))(((....))).......................(((((.(((((....))))).)))..)).......((((((.......))))))(((.(((((....)))))..))).............................................)))))))...........................((((.((((....)))).))))................(((((((...))))))).................))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((...(((((.....)))))...............................................((((((....))))))....................(((((.(((((....))))).)))..)).......((((((.......))))))(((.(((((....)))))..)))....................((((.......(((((....((.((((.....)))))).)))))......)))).....((((.((((....)))).)))).........))))))).(((((.....)))))..................))))))))))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((..((((.........))))..)))...(((.(((((((((........(((((...............((((((....))))))....................(((((.(((((....))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))....))))......)))))))))...((((.......((((((......((((.....))))..))))))......))))......(((.((((....)))).))).................(((((((...)))))))......))))))))...))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((.((.(.((((((...)))))).).))..)).))(((((((......(((.(((........(((....)))(((....))))))....................(((((.(((((....))))).)))..)))))....((((((.......))))))(((.(((((....)))))..))).((((.((....)).)))).(((.......)))............))))))).((((.....))))(.....)......((((.((((....)))).))))((......))......(((((((...))))))).................))))))))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.((.(((.......))).)).........................(((((((((((...))))))..((((....))))........................(((((((........)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).........)))))................(.(((((.......................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))..........................(.....).))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((..(((((.[[[[)))))...]]]]....((((((((......((((((...((((.((((....)))).....)))).......................[[[[[.(((((....))))).....))))))....]]]]](((...[[[[[)))....(((((....)))))]]]]].(((((........[[[[[[.[[[)))))....]]].]]]]]]..))))))))((((.[[[[)))).............((((..(((....)))..))))..]]]]..))))))))(((((((...))))))).................))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((.((.((...((((((...))))))....)).)).)))).))))..((((((.(((((((.((.((......((.(((.((((((..((((..((..............))..)))))))))).))).))......)).)).))))))).(((((.(.(((.(((.(((((....)))))..)))))).))))))..........((((.......(((((...(((.((((.....))))))))))))......))))......(((((.....)))))(((..(((......)))..)))(((((((...))))))).......((((((....)))))).)))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((({{{{{{...((((((...))))))..........))((((((.............................((((((....))))))......................(((.(((((....))))).)))...........((((((.......))))))(((.(((((....)))))..)))...............................[[[[[.......[[[)))))).]]]...]]]]]...............((((.((((....)))).)))).........}}}}}}.((((((.....)))))).................))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((((((((((...)))))))).............((((........(((((((((((...))))))).(((......)))..........(..........(((((((((.((....)).))))))..)).)......(((((.......)))))..(((.((((....)))))))....).......))))))))....(((..((....(((((.......((((...))...)))))))....)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).((((.......))))..................))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((.((.((...((((((...))))))....)).)).)))).)))).....((((((.((((.....(((....)))(((.((((((..((((..((..............))..)))))))))).))).))))..)))......((((((.......))))))(((.(((((....)))))..)))..(..............)..(((........(((((.....(.(.((.....)).))..))))).......)))......(((((.....)))))(((..(((......)))..)))(((((((...))))))).......((((((....)))))).)))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((..((((((...))))))((((.......((((((((......((((((.((((((....(((((((((((....))))))......................[[[[...))))))))))).....))))))....((((((.......)))))).(((((..............)))))(((((.............(((.......)))))))).......))))))))))))....(((........)))..........((((((...)))))).........))))))))(((((((...)))))))........]]]].....))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((...))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(.((((....)))).)((..(((((.((........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).................((.(....).)..).).))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((.((((((((...))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(.((((....)))).)((..(((((.((........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..))))))))))))))))(..(((((.....((((((......(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).................((.(....).)..).).))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.((((((((((...((.(((((.(((((((.......((((((((...............((((((.......((..((....))..))....(((((..........((((((.(((((....))))).)))...))).....((((((.......)))))).((.(((((....)))))..))..))))).)))))).((((((.(((.........))).))))))..)))))))))))).)))))))).))....)))...((((.((((....)))).)))).........)))))))(((((((...))))))).................)))..)))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((.........((((((...))))))..........)))).))))..(((((........................(((.((((((..((((......................)))))))))).)))................((((((.[[[[[.))))))(((.(((((....)))))..))).....]]]]]..........((((.......((((((...((.((((.....))))))))))))......))))......((((((...))))))(((..(((......)))..)))(((((((...))))))).......((((((....))))))..))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((..((((((...)))))).......(((((.............(((((((((((...........((((((....))))))..........................((((....)))).)))))).)))))....((((((.......))))))....(((((....))))))))))....((((............((((.......(((((((..((((.....))))....)))))))......)))).....((((.((((....)))).)))).))))...))))))))(((((((...))))))).................))))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.....(((((((.....................(((...)))...(((..............(((((.....)))))..((((....))))................................................(((......((...............))..((....(....)....)).........))).....)))...............................................................(((...((....))...)))..........)))))))..........................((........))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((.((.((.(.((((((...)))))).)..)).)).)))).))))..((((((.(((((((.((.((......((..((....))..))......................(((.(((((....))))).)))....)).)).))))))).....((((((..(((.(((((....)))))(..((((((.(..((.(((.(((...(((((.....(((((...(((.((((.....)))))))))))).((.....)).....((((.((((....)))).)))).......)))))..))).)))....))..).))))))..)...)))..))))))...)))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((((.((((((((...((((((...))))))((((.......((((((((...............((((((.......((..((....))..))....(((((..........((((((.(((((....))))).)))...))).....((((((.......)))))).((.(((((....)))))..))..))))).)))))).((((((.(((.........))).))))))..)))))))))))).........))))))))))))).(((.((((....)))).))).........)).(((..(((((((...))))))).......((((((....))))))))).....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.(((((((.(.((((((...)))))).).((.....)).(((.((((..(((...(((((..(..(((...((((..((....))..)(((((((..............(((((.(((((....))))).))).....(((((.((((((.......))))))(((.(((((....)))))..))).....)))))))..(..(((.(((.........))).)))..)..))))))))))...)))..)..)))))...)))...)))).(((....))))))............)))))))(((((((...))))))).................)))..)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((.(((((.......))))))))....(((.(((((((.(((((((((((((..(((.((((((.(((((..((.(((.......)))))((..(((......))))).(((.((((((......).).)))))))))))).))))).).))).(.((((......))))))))))))..))))))))))..))).))).)))))))(((((((((((((((((.(((((...)))))))))))))))))....((((..(((((.(......))))))(((........)))).)))...(((((...)))))))))).((((........))))..)))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((........................................................................................................................................................................................................................................((.....................(.....................................)..................................((.......)).......).)))))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((((.((.((.(.((((((...)))))).)..)).)).)))).))))....(((..((((((.............((..((....))..))......................(((.(((((....))))).)))...........))))))......((((..((((.(((((....)))))..))))....................(((((.....((((((......(((.......)))..))))))...............((((.((((....)))).)))).......)))))....(((((((...)))))))................)))).....)))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..(((.(((((((...((((((...))))))((((.......((((((((...............((((((.......((..((....))..))....(((((..........((((((.(((((....))))).)))...))).....((((((.......)))))).((.(((((....)))))..))..))))).)))))).(..(((.(((.........))).)))..)..)))))))))))).((((...((.....)).....((((.((((....)))).))))..))))...)))))))(((((((...))))))).................)))..)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)).)))..((((((((.....))))...((((.(((..((((........)).))..)))))))..(((....)))(((....))).......)))).............((((.(((((....))))).......))))....((((((.......))))))(((.((((......))))..))).(((..((....))..))).((((.(((......)))....(((.....))).((((.....))))....)))).....((((.((((....)))).)))).............(((((((((.....)))))).......((((((....))))))..)))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................