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| Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidHomfold‑LAST
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
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[ FASTA input ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNASLOpt
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAshapes
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
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[ FASTA input ] |
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|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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Vsfold4
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |