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UGAAGUUGACUAAAAACAGUCGCUGUUUAGUUUUUAAAAAUUAAAAAGAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGAGCAGGGUGCCAGAUAACAUCUGGAAAGCGUGAGCUUAUGACUAGUGCAACAGAAAAUAAACCACCUAUUUUGUAAUAUAUAAAAAUAUGGCCAGGGUGAAAAGGCGUGGUAAGAGCACACCGCAUAAUUGGUAACAAUUCAUGGCAUGGUAAACUCCACCCGGAGCAAAGCCAAAUAUAGGAUAAAUUUUUUGUACUGCUCGUACUUCUUAAACCUGGGUAGGCUGCUUGAAUUAGUAAGUGAUUGCUAAUCUAGAUGAAUGACUGUUAAAACAGAACCCGGCUUACACGAGUCAACUUCAAUAAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...((((((((...((((((((....))))))))...............(((((......................................................................................................................................................................)))))...........(((((..........((((.....)))).)))))....................((((((((....)))))))).........))))))))......................)))))))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((((.(((((((((........))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..........)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))))))).............((((((..........................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).......................))))))))))..... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((............((.((((((........)))))).)).........................((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((..........)))))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))).......((((......((((((..........................)))))).....))))......((((((((....))))))))........................................))))))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......(((((...((((((((....))))))))..............(((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).............................((((((..........))))))...(((((............((((.(((((........(((((....))))).......((((...((((....))))....)))).......................))))).)))).......))))).............((((((((....))))))))...........................))))))......)))))))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......(((((((.(((((((((()))))))))).))......((((..((((....)))).)))).((((((...))))))(((((....))))........(.(..(((...........(((((((((.......).)))))).))(((((.(....(((...((((.(((((.....((.(((((....)))))..))...((((...((((....))))....)))).......................))))).)))))))...)))))).....)))...).)(((((((....))))))))............((((....))))....)))))......)))))))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((...........((.((((...(....)..).))).))....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))...........................((.......................))............((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............)))))))))(..((((......((((((........((((.....)))....).)))))).....)))))...(.((((((((....))))))))).........................)))))))).....))))))))))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.............................................(((((.................(((((.....))))).((((....))))................(((...........((((............))))....[[[[[..............................(((((....)))))..............((((....))))......................))).......................]]]]].............((((((((....)))))))).............((......))...)))))........)))))))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((...(((((((((((((((..(.(....).)))))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((((..............))).))))..)).)......(((((.......)))))..(((.((((....))))..)))....))).......))))))))....(((...(..(((.((..(....((((((...)))))....)))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))......................))))))))))...... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((........((.(((((((((((....)))))))))))..)).((.(((((((((.............((((((...)))))).((((....))))..........................((((..((((((...)))))....)))))...((((.....(((((.(...).))))).(((((((((....))))).))).)...........)))).)))))..............((((..((...((((((...))))....))))))))...(...((.((((.((((((((....)))))))))..))).))...(((((..))))).).))))))......))))))))))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....((((...))))((((((......)))))).....((.....))..((((....))))..(...((((((...)))))).((((....))))............................)...((((((...)))))).......(((((......(((...((((.(((((....(((.(((((....)))))..)).).((((...((((....))))....))))..(((((((......))))))).))))).)))))))....)))))((((((((((.(.((((((((....))))))))).))........((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((((((...))))))..(((((((...))))))).........(((((.......((((((....((((((...)))))).((((....)))).......((((.[[[[[[[[[......[[[[[...................[[[[..[[[[[.......[[[[[....))))]]]]]..(((((....))))).................]]]]]........]]]]...]]]]]....]]]]]]]]].))))))............)))))((((((((.....((((((((....))))))))............(((((..)))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((((.(((((..........))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((((((((..........)))))).)))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))).))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.......(((((.....)))))....))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).........(...).........))))))))))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((((.((.(((((..........))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((((..........)))))).))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))).))))).......))))))))))))))..((((......((((((.......(((((.....)))))....)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)......))))))).........(...).........))))))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((......((((((((....))))))))...(((.((((.(((((........(((.(((.((((((...)))))).((((....))))...)))..))).(((((((((......(((((.....................((((............(((((........)))))..(((((....)))))..)))).((((...((((....))))....))))...)))))....)))))))))...))))).)))))))....))).((((((((((.((.(((((((....))))))))).))........((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...(((((...)))))(((((......)))))......(((...)))..((((....))))......((((((...)))))).((((....))))..................(((........(((((((((...))))))).))...[[[[[.[...[[[[...[[[[.[[[[[....(((((((((....))))).))).).((((...((((....))))....))))..[[[[[[[...)))]]]]]]].]]]]].]]]]]]]]..]]]]]]((((((((...(.((((((((....)))))))))...........((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((((((...)))))).................((((((...((((..((((....)))).)))).((((((...)))))).((((....)))).....((((((((..........((((....(((((((...))))))).....((((............(((((........)))))..(((((....)))))..)))).))))...((((....)))).........................))))))))......))))))........((((((((.....((((((((....))))))))............((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((........(((((((............................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).........................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))..................................................................(((...((....))...)))..........)))))))............((...........))))))))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((......((((((((....))))))))...(((((.((.(((((........(((.(((.((((((...)))))).((((....))))...)))..))).(((((((((......(((((.....................((((............(((((........)))))..(((((....)))))..)))).((((...((((....))))....))))...)))))....)))))))))...))))).)))))))....))).((((((((((.((.(((((((....))))))))).))........((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((.((.((((((((....)))))))).)).)).(((.(((((...(((.((((((((((((((((...)))))).((((....)))).........................))))..(((((((...)))))))...((.(((((.....((((...((((.(((((....((..(((((....)))))....)).((((...((((....))))....))))..(((((((......))))))).))))).))))))))...))))).))..))))))..((((((((....))))))))....))).....((((....))))..)))))))).....)))))))))...)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((...((.((((((((....)))))))).))(((.((((.(((((........(((.(((.((((((...)))))).((((....))))...)))..))).(((((((((......(((((((((...(((((....)))))(((.(((((....((.(((.......))).))((..(((((....)))))....))...........))))).).)).....)))).)))))....)))))))))...))))).)))))))....))).((((((((((.(.((((((((....))))))))).))........((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((...))))))))(((((((...))))))).(((((((.((((((..(.((((((((((((((((.((((...(..)((((...).)))...(.((...(.(((((((((...((.(((((((((........((((.((((.(..(((((((((........)))).))).))))))).))))..((((........))))....((((....))))......)))).)))))).).)))))))))...)....)).).))))...)))))))).)))))).(((((((((....)))))))))))).(((((........))))).).)))))))))))).)))))))))))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...................................................................................................................................................................................................................................................................((.(.............................(...........)....(.)..............................................))).........).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...............................(..............(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......((((.((.(.(......((.((..(((...........)))....))...)).).......)...))....))))(((.(((.((((....))).).)))....)))......))))))))))..((((......(.(.(....((.....................)))).....).)))).((...((((((((....))))))))..))........................................).))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((.......((((((......))))))..................................((((((...)))))).((((....)))).............((((((((......((((......................((((.................................((((....))))...)))).((((...((((....))))....))))....))))....)))))))).....................))).((((((((.....((((((((....))))))))............((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((.((.((((((((....)))))))).)).)).(((.((((((((....)))..(((((((((((...)))))).((((....))))........(((............(((.((((((((..........)))))).))....))).....((.(((.......))).)).((((((((....))))).))))))..........))))).((((..((((.....((((...........((((.....))))........))))....))))))))..((((((((....))))))))............((((....))))..)))))))).....)))))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....(((......((((((((....))))))))...(((((.((.(((((........(((.(((.((((((...)))))).((((....))))...)))..))).(((((((((......(((((.....................((((............(((((........)))))..(((((....)))))..)))).((((...((((....))))....))))...)))))....)))))))))...))))).)))))))....))).((((((((((.((.(((((((....))))))))).))........((((....))))....))))))))...)))))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((......)))).((((.((((((....))))))..........((((...((((....))))......(((((.....))))).((((....))))..))))......)))).......((((..((((....)))).(((....))).((((............(((((........)))))..(((((....)))))..)))).))))...((((....))))...((((...(((((((......)))))))..(((((.............))))).))))......((((((((....)))))))).....((((...((((....)))).....(((((....)))))...))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...<<<))))...>>>...((((((.....))))))......((((...((((....)))).{{{{{(((((.....))))).((((....))))..))))......((((((.......}}}}}.))))))..(((((....))))).(((((..........(((((..[[[[[.)))))..(((((....))))).......((((...((((....))))....)))).....((((......))))((((]]]]]))))........))))).(((.....))).((((((((....)))))))).....((((...((((....)))).....(((((....)))))...))))..... |
