RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00036

RNA: ASE_00036
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....(((((((((((((.(((((((((((((....))))))...)))))))...((((((.........((((((((.((((((...))))))..(((....)))..(((((.((..........)).)))))..........)))))))).....(((((((((((.((((((((...))))))))..(((((((....)))))))...(((((..........((((((((((......))))))))))))))).....((((((.....)))))).......)))))).....))))).((((((((....))))))))))))))....)))))).(((((((((((....))))))))).))...........)))))))...)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((((..(((((((((((((..((((((....))))))....)))))....((((((.((((........((((.((((((...))))))(((..(((.((((.(((((.((..........)).)))))(((((((((....)))))))))...)))).....(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))...)))...))).))))))))...((((((((((((.(((....)))......((((((.....))))))..))))))))))....))......((((((((....))))))))))))))...))))))))..(((((((((....))))))))).............))))..)))...
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((...(((((((.........(............)......................................((((((...)))))).((((....)))).((((..((..........))..))))(((((((((....))))))))).............(((((((.....)))))))(((((((((....)))))))).).................(((....((((((((....(......)............................))))))))......))).(.((((((((....))))))))).........)))))))..(((((((((....)))))))))......................)).
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((..........(((..(.((((((....)))))).)..)))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............((.(((((((((....)))))))))...))........(((((((.....))))))).((((((((....))))))))....))..)))))))))))))...((.(((((((((.................((((((.....))))))..))))))))).....))......((((((((....))))))))...................(((((((((....))))))))).........))))))))....))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((((((....((((((....))))))....))).....((((((...................((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))((((((((((())))))))))).)))))).....(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))..............((..((((....((((((((((.(((....)))......((((((.....))))))..))))))))))......))))(.((((((((....)))))))).).))....))))))))(((((((((((....))))))))).))............))))))....
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((.(((((..((((((....))))))....)))))(((..[[[....)))...]]].......((((((...)))))).((((....)))).(((((..[[[[..........)))))(((((((((....)))))))))............(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))...]]]].(((((....((((((((((......))))))))))..........[[[[[)))))..]]]]]..........(((..[[[...)))((((((((....))))))))...]]]....)))))))..(((((((((....))))))))).........................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.......(((((((((((((((((((((....))))))...)))))))..((((((...(((....)))......((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))(((((((((....))))))))).))))))......((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..(((((..........((((((((((......))))))))))))))).....((((((.....)))))).((((....))))...(((.(((.((((((((....)))))))).))).))).))))))))(((((((((((....))))))))).))......))))((......))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((........((((((....)))))).............(((((...................((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))((((((((......)))))))).)))))......((((((((.....))))))))((((((((....)))))))).................((((((((.[[[[[[[[[))))))))..........((((((.....))))))...]]]]]]]]]............((((((((....))))))))..........)))))))..(((((((((....)))))))))...............))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((...(((((((((((((..((((........))..)))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((..((((.....)))).))))..)).).......(((((.......)))))..(((.((((....)))).)))...))).......)))))))))...(((..(..((................(((((...........))))).))......)..))).....(..(((((((....))))))).)........)))))))).((((..((........).).))).)................)))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.(((((((.(((((((((((((....))))))...)))))))...((((((...((....)).......((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))(((((((((....))))))))).(((((.......((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..(((((..........((((((((((......))))))))))))))).....((((((.....)))))).((((....)))).....))))).((((((((....))))))))))))))....)))))))(((((((((((....))))))))).)).............)))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((((((((((((((((..)))))))...........(((((..)))))..............((((((...)))))).((((....)))).)))))))))..........(((((..((((((((((..)))))))))).((((((((((((((((((((...)))))))))((((((((....))))))))..(((((..........((((((((((......))))))))))))))).....((((((.....)))))).......)))))).....))))).((((((((....))))))))......))))))))))...(((((((((....)))))))))..............)))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.(((((((.((((((((..............))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..........)))))))..)).)).....(((((...(...).)))))(((((((((....)))))))).).)))..))))))))))))))..(((..((((((.....................(((((.....)))))..))))))..)....)).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...........................((.(....).)..)...)))))
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.[[[[[[(((((((((((((((((((((....))))))...)))))))...((((((..(((....)))......((((((...)))))).((((....)))).(((((................)))))(((((((((....))))))))).(((((.((...(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))..(((((..........((((((((((......))))))))))))))).....((((((.....))))))(((((....)))))..))))))).((((((((....))))))))))))))...))))))))(((((((((((....))))))))).))......))))..]]]]]]....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((.......(((((((((((((....))))))...))))))).....(((((.................((((((...)))))).((((....)))).........(((((......(((((..(((((((((....))))))))).(((((......(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))..(((((..........((((((((((......))))))))))))))).....((((((.....))))))..................))))).((((((((....))))))))......))))))))))...(((((((((....))))))))).........))))))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((................................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))....................................................(((.......(.................).((....((....))....))..........))).....))).........................................................................(((...((....))...)))..........)))))))....................................((........)).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((....((.(((..(.((((((....)))))).)..))).)).....(((((.(((....((((((((.((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))..........)))))))).((((.(((........((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..........))).))))..((((..((((((((((.(((....)))......((((((.....))))))..))))))))))....(((((.(.((((((((....))))))))).)).)))....)))).(((((((((((....))))))))).))...)))))))))))))))....
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((.(((..(.((((((....)))))).)..)))......((((((...((.((.((((((((.((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))..........)))))))).))))(((((......(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))..(((((..........((((((((((......)))))))))))))))...((((((((.....))))))(((((....)))))..))))))).((((((((....))))))))))))))....)))))))(((((((((((....))))))))).))............))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..).(((((((((((((((......(((((((..)))))))(((((.(.(((((((((.(((......))).)(((((((((((...))))))((((((((((.(..(((((.((........)..).))))).(((((((((..)))))))))...(.((((......((((((.....)))))).......)))).))))))..)).(..)..).))))))))((((((((((((..)))))))))))).(((...)))((((((....).)))))...))))))))).))))).....(((((((((....)))))))))......).))))))))((((((((((((..)))))))))).))(..........)))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................(..........(....)........................(...)...........(..........)....(.(((.))).)...........................((.......)).......).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((....((.(((..(.((((((....)))))).)..))).))...................((((((..((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))...........))))))..................((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..........................((((((((((.(((....)))......((((((.....))))))..))))))))))............((((((((....)))))))).................(((((((((((....))))))))).))...........)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((.(((((((((((((....))))))...)))))))...((((((.........((((((((.((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))..........)))))))).....(((((((((((.((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..(((((..........((((((((((......))))))))))))))).....((((((.....)))))).......)))))).....))))).((((((((....))))))))))))))....)))))).(((((((((((....))))))))).))...........)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((.........))))))).((((((....))))))......((((...((((...............)))).(((((.....))))).((((....)))).((((..((..........))..)))).......(((((.((((((.........)))))).(((((((.....))))))).((((((((....))))))))........))))).(((.((((.(((((.....))))).((((........))))..((((.....)))).((((....)))).....))))..((((((((....))))))))..)))...........)))).(((((((....))))))).((((............))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....(((((....))))).(((.((((....)))).(((((..[[[[..)))))...]]]].............(((((.....))))).((((....)))).((((..((<<<<<.....))..)))).......(((((..((((..((.....)).)))).(((((((.....))))))).((((((((....))))))))..{{{{{.))))).....((((..(((((....))))).((((}}}}}...))))..((((.....)))).((((....)))).....))))..((((((((....))))))))...........>>>>>...(((((((((....)))))))))...)))...))))............

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