|
|
|
CGAGUAAGCCAGACAAUCGCUGCUGCAAUUUGCAGGAGAGGAAAGUCCGAGCUCCAUAGGGCAGGGUGCCGGGUAACUCCCGGUCAAGGCGACUUGAAGGAAAGUGCAACAGAGAUAUACCGCCAUUUUAUAAUGGUAAGGGUGGAAAGGCGAGGUAAGAGCUCACCAGCGCAUUGGCGACUUUGCGGCUAUGUAAACCCCAUCUGGAGCAAGAUCAAAUAGGGAAGCGUUUUGGAGUGGCCCGCUCUGCUUCCGGGUAGCAUCGCUUGAAUCUUAUGGUAACAUAAGGUCUAGAUAGAUGAUUGUCGAAUACAGAACUCGGCUUACAGGUUUAGUCGUCCAUUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((...))))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((((.}}}}))))))))))).....).)))......((((((((....))))))))..........)))))))..........]]]]]]]].).)))))))))).......
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((.....)))).)).........((((((((...((((((((...(((((.(((((...(((((....)))))..((...(((..((((........((((((....))))))..((((.....((.(((.......))).))...((((.(.((......)).).))))..))))..))))..)))...)).................))))).)))))))))))))...)).))).)))((.((.(((((((....))))))))).))......))))))).............))))))).((.........)).))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(.(((..((.((.(((((...))))).))..))..))).).(((((.....(((....((((((.....))))))((((....))))........)))..............((((((....))))))..(((((....((.(((.......))).))..(.((..(....)..)).).............))))))))))....).......((((((.....((((((...))))))))))))........................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((((((((.((((((.(((((..(((........)))..((((((..(((((....((((((.....))))))...(((.((((......))))((((.((.......((((((((....))))))..)).(((...(((.........)))..))).(((....))).)))))).))).))....)))....)))))).....)))))..((((((.....((((((...))))))))))))..))))))...((...((((((((....))))))))..)).....))))))))((.........))))))))).((.........)).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((((...))))))))................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((.))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............((((((....................))))))................((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))....... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((((.)))))).))........((((.((((.............(((((.....))))).((((....)))).........................((((((....))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..................))))...((((......((((((....................)))))).....).)))......((((((((....))))))))............................))))......))))))))))....... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(((((((....((((.....)))).................((....))((((((.((((((.....))))))((((....))))........................(((((((....))))))..)...........(((.......)))................................................................................))))))...........(((......((((((((....)))))))).......)))))))))).............))))))).................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.(((((((.((.((((.....)))).))............((((((...........((((((.....))))))((((....))))........................((((((......)))))..)........((.(((.......))).))((((((..(....)..)))).))..............))))))............((((((.....(((((.....)))))))))))........((.((.(.((((((((....))))))))).))...)).))))))).....................)))))).)))....... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.........((.(((((...))))).))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).((...(((((...........((((((((....))))))..)).......((.(((.......))).))((((((..(....)..)))).)).)))..)))))))))))))......(......(((((((.....((((.....))))))))))).....)..........((((((((....))))))))...........................))))))))...)))))).)))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((((((((((.(((((...))))).)).......(((..((((....)))).))).((((((.....))))))((((....)))).........((............((((((((....))))))..)).......((.(((.......))).)).))(((..........)))................(((......)))........((((((.....(((((.....)))))))))))......)(((.(..(.((((((((....)))))))).).)...))))))))))((.........))))))))).................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((...))))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................((((........))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).................((((((.......(((.....)))..))))))................((((((((....))))))))..........))))))).............(.....).))))))))))....... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.......(.((.(((((...))))).)).)..(((.(((((((((.............(((((.....))))).((((....)))).........................(((.((....)).)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)...........))))))))))..((((......((((((......(((.......))).)))))).....).))).((.(.((((((((....))))))))).))........................)))))))...))))))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(((((((.((((((((...))).((((.(((...)))...))))....))))).((((..[[[[..(((...(((((....))))).)))..))))..........]]]]((((((....))))))...((((.....[[[[[[[.......))))..(((....)))]]]]]]](((.((((..((((.((((......)))).......((((((.....((((((...)))))))))))))))).)))).)))...((((((((....))))))))..........))))))).............))))))).................. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.(((..((.((.(((((...))))).))..))..)))((((((((...(((((((((((((((.....))))).....((.((((......))))))..(((((...((((((((((....))))))...))))....((.(((.......))).))..(((....))).))))).((((((..(((((((((((......))))......)))....))))....))))))))))))))))...)).))).)))((.((.(((((((....))))))))).))..........(((((.........))))).....)))))).)))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(((((((....((((.....))))...............(((((...(((((((((.(((((..[[[)))))(((((....)))))........((..(((.........((((((....))))))...........((.(((.......))).))..((((..........))))................)))..)).........................]]].....)))))))))...)).)))....((...((((((((....))))))))..))......))))))).............))))))).((.........)).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((...))))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........(((((((((....))))))..)).).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((.....((((((...))))))))))))..)...))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................))))))))))....... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((...)))))))).............((((....((((....(((((((...)))))))((((....))))........)))).............((((((....))))))..(((((....((((((.(...).)))))).(((.((((....)))).)).)...........))))))))).....((......((((((.....((((((...))))))))))))......))...((.(.((((((((....))))))))).))......))))))))....................))))))))))....... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.(((..((.((.(((((...))))).))..))..)))((((((((...(((((((((((((((.....))))).((((....)))).........((..(((((...((((((((((....))))))...))))....((.(((.......))).))..(((....))).)))))..)).........((......................))..((........))....))))))))))...)).))).)))...(.((((((((....))))))))).............(((((.........))))).....)))))).)))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((...(((((...))))).........(((([[[[[[....)))).((((.(((((.....)))))(((((....)))))......................(((((................)))))....(((((((..]]]]]].....(((....))))))))))..........)))).((((((..((((.........(((((((.....(((((...))))))))))))...........)))).((((((((....))))))))))))))...)))))))).............)))))))........)))....... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((......((.((.(((((...))))).)).)).(((.((((((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).................(((.((((.(((((((((....)))).)))))...((.(((.......))).))..((((..((...)).))))...................................(((((((....((.....)).....))))))).))))..)))......((((((((....))))))))...((((......))))...........)))))))...)))))).))........ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((...))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((....))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((((.....)))))))))))..)).).))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))....... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.(((.......))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........((((((((....))))))..)).))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((((...))))))))))))..)).).))).((.(.((((((((....))))))))).)).....))))))))..........(...)....).))))))))))....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((...))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((....))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((((.....)))))))))))...).).))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))....... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.(((.......))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........((((((((....))))))..)).))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((((...))))))))))))..)).).))).((.(.((((((((....))))))))).)).....))))))))..........(...)....).))))))))))....... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((.(((.......))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........((.(((((....)))))...)).))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....((((((...)))))))))))).....).))).((.(.((((((((....))))))))).))......)))))))..........(...)....).))))))))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(((((((...(((((.....((.((((.((.....))...))))..(((((.((((((((((.....))))))(((((((.((((...((...(((..((((........((((((....))))))..((((......(((.(((.((((.((.((((....)))).))))))...))).)))..))))..))))..)))...))...))))....))))))).....)))))))))))......))))).((.((.((.(((((((....))))))))).))...)).))))))).........[[[.)))))))......]]]......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.(((........(((((...))))).........)))((((((((...(((((((((((((((.....))))).((((....))))(((..........(((((...((((((((((....))))))...)))).......(((.(....)))).....(((....))).))))).............(((((((......))))......)))......))).........))))))))))...)).))).)))...(.((((((((....))))))))).............(((((.........))))).....)))))).)))....... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.((((((((..(((((((.((((.........(((((...((((....)))).....((((((.....))))))......)))))........((((..............((((((....))))))...(((((.................))))).))))....))))..)))))))............((((((.................(((((..........(((((.........))))).....)))))..((((((((....))))))))))))))...)))))))).............))))))).................. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((.....................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...........................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....))).............................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........))))))))....... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......((.((.((((((.)))))).)).)).(((.(((((((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))..............((((((....))))))..(((((....((.(((.......))).))..(((((((....))))))).............))))))))))............((((((....................)))))).(((.......((.(.((((((((....))))))))).)).......)))..............)))))))...)))))).)))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......((.((.((((.....)))).)).)).(((.(((((.((..((((((.((((((((((.....))))))(((((((.((((...((...(((..((((........((((((....))))))..((((.....((.(((.......))).))..((((..(....)..)))).........))))..))))..)))...))...))))....))))))).....))))))))))....(((....((((.((.((.(((((((....))))))))).))...))))....)))......)).))))))))...)))))).)))....... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((((((((.((((((.....((.((((.((.....))...))))..(((((.((((((((((.....))))))(((((((.((((...((...(((..((((........((((((....))))))..((((......(((.(((.((((.((.((((....)))).))))))...))).)))..))))..))))..)))...))...))))....))))))).....)))))))))))......))))))...((.((.(((((((....))))))))).)).....)))))))).............)))))))...)).(((.....))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.(((((((((((((((.....)).((((.((.....))...))))...(((((((((.(((((.....)))))(((((....)))))..((...(((..((((........((((((....))))))..((((.....((.(((.......))).))((((((..(....)..)))).))......))))..))))..)))...)).....(((..((........))..))))))))))))...))))))(((.((.(.((((((((....))))))))).))...))))))))))((.........))))))))).((.........)).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((((((((((((((((((...)))))))((((........).)))....((((((((...(((((((((((((.(((........))))))...((((..((((.....(((((((........))))..)))(((((((.(.((((..))))...((........))..)))))..(((......).)))))))))..))))...((((...........)))))))))))))))))))))).((((........))))((.(((((((..))))))).))((..)).))))))))))....................)))))).)))....... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......................................................................................................................................................................................................................................((........................(..........................)...............................................)).))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((..........(.((((..(.............................................................................................................)..)))).).....(((...(((.................((..))(..()..).........................................((((((...))))))..............((.((...((((((((....))))))))..))...))...((((.....))))..)))..)))...))))))....))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.(((((((.((.(((((...))))).))............(((((...(((((((((.(((((.....)))))....(((.((((....((...(((..((((........((((((....))))))..((((.....((.(((.......))).))((((((..(....)..)))).))......))))..))))..)))...))..................)))).))).)))))))))...)).))).........((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))).)))....... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.(((((((.((.(((((...))))).)).(((...)))..((((((...((..((((.(((((.....))))).((((....)))).....................((((((((((....))))))...))))....((.(((.......))).)).(((((..........)))).).......))))..))))))))..(((.......((((((.....((((((...)))))))))))).......)))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))).)))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((......((.((.((((.....)))).)).)).(((.((((((((((..((...((((.(((((.....)))))(((((....)))))........((..(((((...((((((((((....))))))...))))....((.(((.......))).))..(((....))).)))))..)).......))))..))))))))....((......((((((.....((((((...)))))))))))).(..((((((..((..((((((((....))))))))..))...)))).))..).......))..)))))))...)))))).)))....... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.......(((.((((.....)))).........((((..........))))..))).(((((.....)))))(((((....)))))......((((..............((((((....))))))...(((((.................))))).))))..))))...((((((....))))))....((((......)))).........(((((.....((((.....)))).(((.......)))..)))))....((((((....)))))).(((....)))...((((.....))))....(((((.........)))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
