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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGAGCAGGGUGGUGGGUAACGCCCACCCGGGGUGACCCGCGGGAAAGUGCCACAGAGAACAGACUGCCGGUUUCGAGCCGGUGAGGGUGAAACGGUGGAGUAAGUGCCCACCGCGUCAUCGGUGACGGUGACGGCAUGGCAAACCCCACCUGGAGCAAGGCCAAGAAGACCGUGAGGUCGCGGACGCGUUUGAGGGUUGCUCGCUUGAGUGUCUGGGUAGGCUGCGCAGCCGAAAGGCUGGAGGACACCAGCAAUGGUGUUCACAGAUGGAUGAUCACCGGCCCGGCGGGGCUACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((...)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((....(((((....))))).((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))...(((((....)))))..((((((((....)))))))).................(((((....)))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.((((..((.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))..........(((((((......((((((((.(((....((((((.((....))))))))((((((((....)))))))).........)))(((.(((..(((..(((.....((((....)))).(((((((..(..((((....)).))..))))))))....))))))..((((....))))...((((((((....)))))))).))).)))....))))))))))))))).)))...))..)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((...)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))..........................((((((.....................))))))............................((((((((....)))))))).............................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((..(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((...)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...............)).))))...((((...................((((((.....(((((.....))))).)))))).....))))...................((((((((....)))))))).............................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((..((((....)))).))..(((((((...)))))))((((....))))..........................(((((.(((..((((((((........((((((.((....))))))))((((((((....))))))))..................................((((....))))..((((((.....................))))))............(((((....)))))..((((((((....))))))))............))))))))((....))......))).)))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....))))........((((............((((((((.....))))))..)).......(((((.........)))))(((((((((....)))))))).)..))))......)))))))))...(((.....((((....)))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))....................((((((((....)))))))).............................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((.......)))))..)).......(((((.........)))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((.....((((....))))..((((((......((((.....))))..)))))).....))))...(((((....)))))..((((((((....))))))))..................((((....)))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).))).(((((((...)))))))((((....)))).((.......))..............(((((.(((..((((((((((((....((((((.((....))))))))((((((((....)))))))).........)))).........(..((((.....((((....)))).(((((((....(((.....)))......)))))))....)))))()(((((....)))))(.((((((((....)))))))).)..........))))))))((....))......))).)))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((.......)))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))..............................((((((.....................))))))............................((((((((....))))))))..........................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......................((((((((...)))))))..)((......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)).)))))))))(..((((.......((((((...............................((((.....))))..)))))).....))))).....((((((((....)))))))).........................................).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))..[[[(((((((...)))))))((((....)))))))).....]]].(((.[[[[...)))...]]]].(((((((....(((((..(((((.......[[[[)))))((((((((....))))))))....]]]]....(((.(((.(((...(((.....((((....)))).(((((((...((((.....)))).....))))))))))..)))...(((((....)))))..((((((((....)))))))).))).)))....)))))(((((....))))).......))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).(((((........))))).((((.((....)).))))...(((((............(((((((......(((((((.(((((...((((((.((....))))))))((((((((....))))))))....((....)).)))))(.(((...(((.....((((....)))).(((((((...((((.....)))).....))))))))))..))).).(((((....)))))..((((((((....)))))))).((......))..))))))))))))))))).)).....))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....)))).....((((((.....))))))((((....))))........................(((((((......((((((((........((((((......[[[))))))((((((((....)))))))).....]]]..................(((.....((((....)))).(((((((....(((.........)))..)))))))....)))....(((((....)))))..((((((((....))))))))............)))))))))))))))...........)))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((.....))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((..(..(.(((((..(................(((((...))))).).)))))..)).)))..................(.((((((((....)))))))))........................................).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((...(((..((((.((((((...))))))..(((....))).........((((............(((((((.((.)).)))))..))........(((((.(...).))))).(((((((((....)))))))).)..)))).))))..))))))))...(((..((..(...((((..(.........(................((((((...)))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))...............(.)........................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).....(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((.......((..((((((((.....)))))).))..))...((((((.((....))))))))((((((((....))))))))...)))))...))).......((...(((.....((((....)))).(((((((....(((.....)))......)))))))....))).)).(((((....)))))..((((((((....))))))))...(((.....)))...(((((....))))).......))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).....(((((((...)))))))((((....)))).........(((............(((((((......((((((((((((....((((((.........))))))((((((((....)))))))).........)))).(((((((...............((((((..))))))...((((((((.........)))))))))))))))...(((..(((((....)))))..((((((((....)))))))).)))........))))))))))))))))))........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....((.(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((...)))))))...))).....(((((.((....))))))).((((((((....))))))))....))))..))).......(((..(((..........(((.((((.(((((((......(((...)))......)))))))....)))).))).))).....)))...((((((((....))))))))...................))).))))))........)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.......))))))((((((((......))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..(................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))).(.............(.(.((((((((....))))))))).)).....).....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((..................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(...............(.((((((((....)))))))))..).....).....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...)))))))..)).))....((((((.......))))))((((((((......))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..(................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))).(.............(.(.((((((((....))))))))).)).....).....................((.(....).)..). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))..........(((((((......((((((((.(((....((((((.((....))))))))((((((((....)))))))).........)))(((.(((..((..((((.....((((....)))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....)))))).(((((....)))))..((((((((....)))))))).))).)))....))))))))))))))).)))...))..))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))))..((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((...........(((((((((...))))))).)).......((((((.((....))))))))((((((((....))))))))...)))))...))))))........((((.....((((....)))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....))))...(((((....)))))..((((((((....))))))))...(((.....)))...(((((....))))).......))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...((((...(((((((...)))))))((((....))))........((((.((((........((((((((...))))))))..........(((((......((((.....((((((((....))))))))....))))....)))))..((((((...((((....(((((....))))).....))))....)))))).........))))))))..)))).(((((....)))))..((((((((....))))))))....))))).........))))))((((.........))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).......................................................................................(((...((....))...))).............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))...((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))...............(((((((...)))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))..........................((((((......((((.....))))..))))))..........).................((((((((....))))))))..................................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))..........(((((((......((((((((.(((....((((((.((....))))))))((((((((....)))))))).........)))(((.(((..(((..(((.....((((....)))).(((((((..(..((.(.....).))..))))))))....)))))).(((((....)))))..((((((((....)))))))).))).)))....))))))))))))))).)))...))..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((.((((((...........(((((((...))))))).(((....)))..(((....(((((.......((..((((((((.....)))))).))..))...((((((.((....))))))))((((((((....))))))))...)))))...)))...))))))...........((((....)))).)))))......(((.....))).))).((((((((...........(((((....)))))..((((((((....)))))))).)))))((((.......(((((....))))).....)))).))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))..........(((((((......((((((((((((....((((((.((....))))))))((((((((....)))))))).........))))((.(((.(((...(((.....((((....)))).(((((((..(..((.(.....).))..)))))))))))..)))...(((((....)))))..((((((((....)))))))).))).)).....))))))))))))))).)))...))..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((........))..(((((((...)))))))(......)((((((((.((((((..(((((..(((((.(((((((...)))))))..(((((...(((((((((..))).)))))).(((......)))(((.............).))))))).((((((...((((..((((...).)))..).((..)))))....))))))(((..))))))))...)).))).(((((((..))))))).((((((((....))))))))(((..)))...).))).)))))).)))).......).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................(..........................(.....)......(...)......)................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................((..(.(.....................)...............((((..(.(..).)...(........)((....(((.......((....)).................)))..)))).))...........(..........)........((...((...(((....)))..))...)).....)..))................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((...(((((((((...)))).((((((....)))).))......)))))..........(((((((......((((((((.(((....((((((.((....))))))))((((((((....)))))))).........)))(((.(((..((...(((.....((((....)))).(((((((..(..((((....)).))..))))))))....))).)).(((((....)))))..((((((((....)))))))).))).)))....))))))))))))))).)))...))..))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((((...........(((((((...)))))))((((....))))..((....(((((.............((((((.....))))))..........((((((.........))))))((((((((....))))))))...)))))...))....))))))..((((.....((((....)))).(((((((...((((.....)))).....)))))))....))))...(((((....)))))..((((((((....)))))))).................(((((....))))).......)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((...((((((((.....))).((((((....)))).))......)))))..........(((((((......((((((((.(((....((((((.((....))))))))((((((((....)))))))).........)))(((.(((..(((..(((.....((((....)))).(((((((..(..((((....)).))..))))))))....)))))).(((((....)))))..((((((((....)))))))).))).)))....))))))))))))))).)))...))..))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).))).((((((.....))).((((((.....)).)))).....)))..............((((((.....))))))..((((.....(((((.((....))))))).((((((((....)))))))).........)))).(((((((.....(((.....((((....)))).((((....))))..))).((((....)))).)))))))........(((((....)))))..((((((((....)))))))).....(((((.......(((((....))))).....)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((...((((....))))...((((((((.....))).((((((....)))..))).....)))))........))).((((((.....))))))..(((((....(((((.((....))))))).((((((((....))))))))...[[[[......)))))........]]]]....((((....)))).((((.((....(((....{{{{.)))}}}}((((....)))).)).(((((....)))))..((((((((....)))))))).................(((((....)))))......))))..... |
