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CGGACCAGAUGAUCGGGCGGUCGCGUCGUCUUCGGACGCCGAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGUGACAAGGCGGUGGGUAACGCCCACCGGGAGCGAUCCCAGGGAUAGCGCCACAGAAAGCAAACCUCCUCCCUACGGGGCGGGAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGGACCUGGUGACAGGGACGGCAUGGCAAGCCCCGCCUGGAGCAAGACCGAAUAGGGAUCCCGCGUCGGCCUCGCGCCGACUAGGCCGUCACUGGCUGAGAGGAUCCGGGUAGGUCGCGAGAGCCGUCCAGCAAUGGCCGGCCUAGAGGAAUGAUCGUCGCCGUCUCCCUGUCUUCGGAUGGGCGGGGCGGAACAGAACCCGGCUUACAGAUCAUCUGGUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((................................................................................................................(((((((....)))))))...........((((((.......))))))..................................................................................................................................................................................................................)))))))))))))) |
|
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.(((((((.((((((((()))))))))............(((((.........((((((((((.....))))))((((....)))).........(((..............(((((((....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))..((((......((((((.....(...........)...(((((......)))))...)))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..................................................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).......(((((.((((.........(((((((((((...)))))).((((....))))...........................((((((....))).)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))))))...............((((......................((((......))))....)))))))))............((((((((....))))))))..........)))))))........(((..........)))..........................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....(((((((.(((((((((((((((....)))))))............(((((.........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((((......)).)))).)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((....................((((.(....)))..)).)))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).((((..(...................)))))..................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((..((.(((((((....))))))).))...))))...((((.........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((...((((.........(..(((.((((((....))).)))..)).))...(((((((.(...).))))))).(((((((....))))))).)))).......)))))))))))..((.((......(((((((..(((((.......)))).).((((......))))..)).))))).(((.......(((.((((((((....)))))))))..))..........................((.(((......)...)).))...))).))))....)))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((....)))).(((((((...)))))))....(((((.(((((((((((....((((((((...))))))))...(((((((...))))..))).............((((.(((((((((((((((..((((.....((((((.......))))))....))))........[[[[[[[.........))))))..........)))..)))))).((((.((((((.....))))))..(((((....))))).........))))(((((((.....]]]]]]].........))))))))))).......))))))))..((((((((......)))))))).)))......)))))......)))))))))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((((.((((((((..))))))))((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....................(((((......)))))...))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).................................((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.(((((((((((((((....))))))).(((...)))..(((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((....)))))))..)))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((.....................(((((......)))))...)))))).....)))).(....((((((((....))))))))...).....))))))))..(.................................(....)).......)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.((((....)))).(((((((...)))))))(((.(((((((((............((((((((...))))))))......((((...))))..................(((((((((....))).)))).))......(((((((((....(((.(.......((((....)))).......))))..)))))))))))))...((((................................[[[[[[.....[.[[[........[[[....)))).]].]........]]]]......]]]]]]...............(((((((((((((....)))))).))))))).......))))))))...)))))))))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.....(((((((....................(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))..............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))................................................................................(((...((....))...)))..........)))))))..........................................((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....(((((((((((..((.((.((((....)))).))..))..))))..((((((.((((.....(((((((((.((.((((((.((.((.((((...)))).)).))............(((((((((....))).))).))).......))))))))....)))))))))...((((....))))...(((.......))).))))))))))..((((..((..((((((...((((((.....))))))..(((((....)))))....))))))..)).))))...((.((((.(((....))).))))))........))))))).(((((((((((((....)))))).))))))).......)).((....(((.....)))..)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.(((((((..((((((....)))(((((((...(.(((((((((..(....)....(((((((.....))))))))))))((((((.((..(.((.((........((..(.(((((((....))).)))).)..))...(((((((((....(((...(.((..((((....))))..)))...)))..))))))))))).)).)..)).....))))))))).).)..))))).)).)))..))))))).((((((....))..))))((((((((.(((.((((.(((....))).)))))).((.((....)).)).(((((((((((((....)))))).))))))).......).)))))))).)))))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.(..((((.(.(((((..)))))))))...(((.((((((.((..))...((((..(.((((((((.(((.(.((((....))))))))))))).))))..))))...(((((((((((..)))).)))).)))......((((((((..)).))))))((..))((((..((((((((((((((((..)))((.(((.(...))).((((((((((..)))))))))).(((((((((.((((((((((.......)).)))..))))).))).))))))(((((.(((....)))).))))...))).)))).)))).))))).((((((((((..))))))))))(..)))))).))))))))))))))))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................................................................................................................(..((.(......((((.......).(...)(...............(.....)...........).......(.(..................).)(....).)))...........................).))..)....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................(((.((.(..(.(.....................(..).....(.......(.....((.....))....(.......).........................................)).................................((((.(((....))).)))).............).)..(((((.....................)))))..................).)).)))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((....((((.((.((((....)))).))............(((((.............((((((.....))))))....................................(((((((((....))).)))).))............................(..((((....))))..)...................)))))..))))......((((((...((((((.....))))))...(((......))).....))))))..(((((((......((((.(((....))).))))..................(((((((((((((....)))))).)))))))..........))))))).)))))))))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((.(((((((.((.((((....)))).)).(((...)))..((((((.((((.......(((((((...)))))))((((....)))).(((.....((((..........(((.((((((....))).)))...))).....((((((.......)))))).((..((((....))))..))...))))...)))))))))))))..((((......((((((...((((((.....))))))..((((......))))....)))))).....))))......((((.(((....))).))))..........))))))).(((((((((((((....)))))).)))))))..................))))))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((((.((.((((....)))).)).((.....))..((((((.((((.....(((((((((.((.((((((.((.((.((((...)))).)).))............(((((((((....))).))).))).......))))))))....)))))))))...((((....))))...(((.......))).))))))))))..))))).....((((((...((((((.....))))))..(((((....)))))....))))))..((((((((..((.((((.(((....))).)))))).((.((....)).)).(((((((((..((....))..)).))))))).........)))))))).)))))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.......(((((((....))).(((....))).)))).....))))..((((((.(((.....(((((((((.....))))).((((....))))........)))).................((((........)))).((((.....((((((.......)))))).....((((....)))).............)))).)))))))))..((((......((((((...((((((.....))))))..(((((....)))))....)))))).....))))..(((((((((......))))).(((.................))).)))).(((((....))))).((((...........)))).......((((....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((([[[[[[[.....))))..]]]]]]].(((.bbbbb........)))...((((BBBBB....aaaa.))))...AAAA....((((....)))).((((....((((..........((((..(((...<<<<<<.))).)))).....((((((.......)))))).....((((....)))).......))))..>>>>>>((((.............))))..))))..(((((.ccccc.)))))..(((((....))))).....((((......))))CCCCC.(((((......))))).(((...((((........{{{{..))))((((((....)))))).(((}}}}.......))).)))..(((.....)))..... |
