|
|
|
AAUAUUAAGUAAGCCAGAUAAUCGCAUGUAAUCUUACAUGAGGAAAGUCGGAGCUCCAUAGAGCAGGGUGCUAGGUAACGCCUAGUGGGAGCGAUCCUAAGGAUAGUGCAACAGAAAUAAACCGCCACUAUUGUGGUAAGGAUGGAAAGGCGAGGUAAGAGCUCACCAGCAGCUAGGCGACUAGUUGGCUAUGUAAACCCCACCUGGAGCAAGACCAAGAUAGGAAUAAAGAGUGCUGCUCGUACUCUCCGGUAGGUAGGUCGCUUGAGCCUAUUGGUGACAAUAGGCCUAGAAAGAUGAUUAUCUAAUACAGAACUCCGCUUAUAGCCUUGCUUAAUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((.((((((....))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.......((((((.((((((.}}}})))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........]]]]]]]].).))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((((.(......((.((((((....)))))).)).(((.((((((((....))))...(((.(((((((.(((((.(((......(((((.((.(..(((..(((.......(((((((....)))))..)).(((...((.(((.......))).))..(((((((....)))))))............))).)))..)))..)))....)))))....(((((((.....)))))))))).)))))..(((..(((.((((((((....)))))))).)))...)))..))))))).))).....)))))))...).)))))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((((....))))))..(.....)...(((((............((((((.....))))))((((....)))).........................((((....)..)))..((.(((...((.(((.......))).))(((((((((....))))))).)).........))).)))))))............(((......(((((.....))))).))).......................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....((((...((((((....)))))).(((...((((.((((((.......(((((((((....((((((((((((((.((((...))))..(((............(((((((....)))))..))........)))........)))).))....)))))))).....))))).......))))....))))))....((......)).....(((((((.....)))))))))))((((((.(((((((..((((((((....)))))))).....))).)))))))))).........)))..))))...)))))))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................((((((....))))))............((((((.......((........................................................(((((....)))))...........((((((.......))))))...................................)))))))).................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.(((((((.((((((....)))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))))))..........((((((......................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.(((((((.((((((....))))))............(((((............((((((.....))))))((((....)))).........................(((((....)))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..................)))))..((((...((((((......(((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((....(.((((((....)))))).).....))...((((....)))).....(((((((...)))))))...................................(((((((....)))))..)).......((.(((.......))).)).((((((((....))))))).).......................((((.............(((((((.....)))))))..........))))......((((((((....))))))))........................................)))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((.(.(((((((.............................((((((...........(((((((...)))))))((((....))))........................((((((....)))))..)........((.(((.......))).))(((((((((....))))))).))..............))))))......................((((.....))))..................((.(.((((((((....))))))))).))......))))))).....................).)))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...........((((((....))))))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((....)))))..)).......((.(((.......))).))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((.....(((((((.....)))))))))........))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).....)))))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(.(((..((.((((((....)))))).))...)))(((((((....)))).(((((((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((....)))))..)).......((.(((.......))).))(((((((((....))))))).))......))))......((((..((((......((.....(((((((.....)))))))))........))))))))(.((((((((....)))))))).)....((((....))))..........))).......).)))))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.((((((((((.(((....))).))............((((((........((((((((((...)))))))((((....)))).........((............(((((((....)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).....)).......)))))))))..(((......(((.((.......(.......)...))))..)......))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).......(.......).....)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...(((.....((((((....))))))......)))...(((((.....[[[....(((((((...))))))).))))).((((...))))..]]]...........(((((..[[[[[)))))...]]]]]........(((...[[[..)))..(((((((....)))))))]]]............((((......[[[[....)))).....(((((((.....)))))))..........]]]].(((..((((((((....)))))))).[[[[))).......]]]]............(((...))))))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((.(((..((.((((((....))))))..))..))))).((((....))))....((((((((...)))))))).(((((((((((.(((.(((((..............(((((....))))).(((.(((...((.(((.......))).))(((((((((....)))))).))).........)))))).(((((..((.................))..)))))))))).)))..))))...)))))))..((((((((....)))))))).((((..........))))............(((...))))))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...........((((((....))))))........((((.................((((((.....)))))).....................................(((((....)))))...........((.(((.......))).))..(((((((....)))))))..........................................(((((((.....)))))))....................((((((((....))))))))............................))))........)))))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.((((((((((((((....)))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((((....)))))..)).).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))).......))))))))....((....(..(((((....((((((...))))))))..)))..)...)).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((.((((((((((((((....))))))............(((((.............((((((...)))))).((((....))))...............(........(((((((..))))))..)..(((....(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).)..........))).).))))).............((......((((((...)))))).))...........((.((.(.((((((((....))))))))).))...)))))))))).....................)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((.(((..((.((((((....))))))..))..))))).((((....)))).....(((((((...)))))))..(((((((((((.(((.(((((..............(((((....))))).(((.(((...((.(((.......))).)).((((((((....))))))).)..........)))))).(((((..((.................))..)))))))))).)))..))))...)))))))..((((((((....))))))))......((........)).............(((...))))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..((((((((((((((((..)))))))..........((((((.....((((...))))......(((((.[[[[[....(((((...(((((((.................)))))))......)))))....)))))......)))))).(((((((((((....)))))))...........]]]]]))))(((..((((.............(((((((.....)))))))..........)))))))...((((((((....)))))))).........))))))))).............(((...))))))))))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((........((.((((((....)))))).)).(((.(((((((((....((..(((.((((((.....))))))((((....)))).......................(((((((....)))))..)).......((.(((.......))).))(((((((((....)))))).)))........)))..)))))))..((((...((.(((.....((((((.....))))))))).)).....))))......((((((((....)))))))).........(((((....))).))....))))))).....)))))))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((.((((((....))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((....)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.((((((......(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((((....)))))).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((....)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))))..)))))))))))))..((((...((((((......((((((...)))))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........)))))))......((..(...)))..).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((((((((((.((((((....))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((....)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((..((((((......(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((((....)))))).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((....)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..))))..)))))))))))))..((((...((((((......((((((...)))))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........)))))))......((..(...)))..).)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((((((((((((....)))))).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((....)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...((((((......((((((...)))))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........)))))))......((..(...)))..).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((........((.((((((....)))))).)).(((.((((((((....))))...(((.(((((((.(((((.(((......(((((.((....(((..(((.......(((((((....)))))..)).(((...((.(((.......))).))..(((((((....)))))))............))).)))..)))...))....)))))....(((((((.....)))))))))).)))))..(((.((...((((((((....))))))))..))...)))..))))))).))).....))))))).....)))))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((.(((.....((((((....))))))......))))).((((....))))....((((((((...)))))))).(((((((((((.(((.(((((..............(((((....))))).(((.(((......(((.(....))))...(((((((((....))))))).)).........)))))).(((((.........................)))))))))).)))..))))...)))))))..((((((((....)))))))).((((..........))))............(((...))))))))))))).) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((..(((((((((.........(((((((..........((((((.....((((...))))......(((((..(((((....)))))........................(((((....)))))..........)))))......)))))).....(((((((....)))))))..))))))).......((((.....((((.............(((((((.....)))))))..........))))......((((((((....)))))))))))).....)))))))))......................)))))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.....(((((((..................((...........................(((((.....))))).((((....)))).......................................................................((....(....)....))............))...................................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((......((.((((((....)))))).)).(((.(((((((((...(((.......(((((.....))))).((((....))))..((....((((...........(((((((....)))))..)).......((.(((.......))).))..(((..((....))..)))....))))....)).))))))))..(((....((((((........(((.....)))...))))))......)))......((((((((....))))))))............................)))))))...)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(......((.((((((....)))))).)).(((.((((((((....))))...(((.(((((((.(((((.(((......(((((.((.(..(((..(((.......(((((((....)))))..)).(((...((.(((.......))).))..(((((((....)))))))............))).)))..)))..)))....)))))....(((((((.....)))))))))).)))))..(((.((.(.((((((((....))))))))).))...)))..))))))).))).....)))))))...).)))))))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(......((.((((((....))))))..))(((.((((((((....))))...(((.(((((((.(((((.(((......(((((.((.(..(((..(((.......(((((((....)))))..)).(((...((.(((.......))).))(((((((((....))))))).)).........))).)))..)))..)))....)))))....(((((((.....)))))))))).)))))..(((.((.(.((((((((....))))))))).))...)))..))))))).))).....)))))))...).)))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((...))(((((((....)))))))...(((.((((((.((........))....(((((...)))))(((((.(((...((..))..)))...(((((..((..(.(((((....))))))..))...(......((((..))))...(((((.............)))))))))))....)))))((((((......(((((((..))...(((((...))))).(((..(((..)))..))).)))))((((((((((..))))))))))(((((........)))))))))))).))))))))).)).)))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................(((.............((...........(.......................)......))........................................)))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................(((((((............(.(...........).)...................(.((.......))...(........)...(.((...........))..(......)....(..(.....))....).......)......................................................)))))))...... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...........((((((....))))))....(((.((((((((....))))...((..((((((..(((((.(((......(((((.((....(((..(((.......(((((((....)))))..))..((...((.(((.......))).))(((((((((....))))))).)).........))..)))..)))...))....))))).....((((((.....)))))).))).)))))...........((((((((....)))))))).............))))))..)).....))))))).....)))))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((..((((((((.((((((....))))))............((((((.......((((.((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((....)))))..)).......((.(((.......))).)).((((((((....))))))).).......))))....))))))..((((......(((.....((((((.....)))))))))........))))......((((((((....))))))))..........)))))))).............((.....)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((..(((..((.((((((....))))))..))..)))...))).....(((((((((((((((.....))))))..(((((.(((((.((....(((..(((.......(((((((....)))))..)).(((...((.(((.......))).))..(((((((....)))))))............))).)))..)))...))....)))))....(((((((.....)))))))....(((((((.((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))))...........)))))...)))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..........))))...(((.....((((.....))))........((((....)))).....((((((.....)))))).(((....))).........)))..............(((((....)))))..........(((((((((...((((.......)))).((((.(((..(((..............((((..............))))......((((((.....)))))).))).(((((.....))))).((((((((....)))))))).)))..((((....))))............))))....)))))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..........))))....((((((....))))))....(((.((((((((....))))...((((((((.....)))..(((((....))))).....)))))..............(((((....)))))...........[[[[[[[[....(((..{{{{{)))(((....)))}}}}}...((((.......((((<<<<..........))))......((((((.>>>>)))))).....(((((.....))))).((((((((....))))))))......((((....))))..))))....)))))))...]]]]]]]]...... |
