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GAGGAAAGUCCGGGCUCGCACAUUCUGUGAUGAAUGUAGUGUUUGUGCUGGAUGAAACGAUAAAUCCAGGCAGCGUAAGCUGACGGCUGGAGAAGGCCUGUGGUGAAAGCUAUGGCGGACUCCUUUAAAAGUGCCACAGAAACGAGCUUUUCGGGAAACCGGAAAGAUGGAACGGGUAAACCCCGCAAGCGAGAAACCCAAAUUUGGUAGGGGAAUCUAAUCACGGCAAAACGAAGCCAGUGAUCGGAACGUGGAAACACGUAGAUAAAUGACUGCCACUUUCGCAAGAGAGUACAAAACACGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)((..((((...(((...(((....)))..)))......))))....(((((...........((((((((....))))))))........)))..))))))))))))))...(((..........)))...(((((((...................)))))))(((((....)))))................(((((....))))).......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........))))))..(((....)))...(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........)))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...((.((((((((......))))))..((......((((((..........)))))).((((....))))..(((.(((....(((...(((....)))..)))....))).........)))...........((((((((....))))))))......))((....))......)).))...(((..........)))................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((...(((((((....((((..(((.....((((((..........)))))))))))))..(((.......((((...(((.(((((....))))))))...))))......)))..))))))).....((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....(((..(((((((........))).))))..)))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((((((......)))))).......................................................................................................................................................)))))................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....)))).....((((...((((...(((....)))..))))...))))......................((((((((....))))))))......................)))))...(((..........)))...(((((((.((((........))).).)))))))(((((....)))))................(((((....))))).......))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....)))).....((((...((((...(((....)))..))))...))))......................((((((((....))))))))......................)))))....(............)....(((((((..(((........)))...)))))))(((((....)))))................(((((....)))))................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.......((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..((((......)))).(((((....)))))..)))))..........................((((((((....))))))))......((((.....))))....................(((.......(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))............)))((((((....))))))............... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((((......)))))).))).....(((((((..........)))))).)((......))..............(((...............)))..............................((((((((....))))))))...............................(............)................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)((..(((....(((...(((....)))..)))....))).......(((((...........((((((((....))))))))........)))..))))))))))))))...(((..........))).......((((((((........))).)))))....(((((....)))))...............((((((....))))))......).)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((..(..((((((((......)))))).)))....(.((((((..........)))))))((((....))))..((((......))))((((((....)))))).)))))))))......................((((((((....))))))))......((((.....))))....................(((((.....(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))..........)))))((((((....))))))............... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...........(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((..)))))..((((((.....(((...(((....)))..))).....)).).......)))...........((((((((....))))))))......................)))))...(((..........)))...(((((((.(.((........))..).)))))))(((((....)))))..............)...(((....))).................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((((((((((......)))))).....((((.[[[[[[...))))...]]]]]].((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))...........((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...(((......[[[[[)))......((((((((........))).)))))....(((((....)))))..........]]]]]((((((....))))))............... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))...((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).))))...((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((......((.((((((((........))).))))).)).(((((....)))))..........))))).(((((....)))))..........))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((((([[[[..))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..(((.{{{{...)))((((((....)))))).....}}}}...........]]]]........((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))............(((((.....(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))..........)))))((((((....))))))............... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((..)))))..(((((((..(((((...(((....)))..)))))..))).).......))).......(..(((((((((....)))))))).)))))))..............)))))))...............))))..(.((((((.((........)))..))))).).(((((....)))))...............((............))............... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..((((())))).).((((((((..((((.(.((((..)))).)))))..)))).).......))).........(.((((((((....)))))))).).)))))..............)))))))...............))))..((.((((((((........))).))))).))..((((....))))................((((((....))))))............... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((.(((((......)))))....((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).))))...((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((......((.((((((((........))).))))).)).(((((....)))))..........))))).(((((....)))))..........))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((.((((([[[[[[[..............)))))................(((((.((((....))))....)))))...))))))..(((((((...((((((.(((((..........]]]]]]].....((((((((....)))))))).......((((..))))(((..)))......((((..)))).)))))......((((((((........))).)))))....(((((....)))))..........))))))))))))).................))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((..(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))...........((((((((....)))))))).......(((.....)))....)))))...(((..........)))...(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))...............((((((....))))))........)))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.........................((((....))))..((........((((....((....))...))))..............((((...........((((((((....))))))))........))))..))...))))))))...(((..........))).......................................................................................)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(((((((...((((...(((....)))..))))...))))......).(((((.(...))..((((((((....)))))))).)(...).))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((.((((........))).).)))))))(((((....))))).......)........(((((....))))).((.(....))...). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(.(((((...((((...(((....)))..))))...))))......((.(((..(...)...((((((((....)))))))).))).)))((....)))))))))))))...(((..........)))...(((((((.((((........))))..)))))))((((......)))).......)........(((((....)))))..(.......)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((....)))).)(((((((...((((...(((....)))..))))...))))......).(((((.(...))..((((((((....)))))))).)(...).))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((.((((........))).).)))))))(((((....))))).......)........(((((....))))).((.(....))...). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(.(((((...((((...(((....)))..))))...))))......((.((((.(...)...((((((((....)))))))))))).)))((....))))))))))))))..(((..........)))...(((((((.((((........))))..)))))))((((......)))).......)........(((((....)))))..(.......)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((....)))).)(((((((...((((....((....))...))))...))))........).(.......((..((((((((....))))))))......)))(....)))))))))))))...(((..........)))...(((((((.((((........))))..)))))))((((......))))................(((((....)))))..(.......)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))....)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....(((.((((((((........))).))))).)))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((...((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..((((......)))).........))))....))))))))))......((((.((((......((((((((....))))))))......((((.....)))).................)))).((((....)))).....)))).....(((((..........(((((....)))))...............((((((....)))))).........))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...............((.((((.....((...............)).....)))).......((((...(...)...(((((.((....)).)))))........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((...((........))....)))))))...............))).......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((....))))(((((((((...((((...(((....)))..))))...))))........)))...........((((((((....)))))))).........))........))))))))...(((..((...))..)))..(((((((...((........))....)))))))(((((....))))).)))...)........(((((....)))))................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...))).....((((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........))))))(((((....)))))..........))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((........((((((((.(((((......)))))...(((((.((((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........))))).)).((....))................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((.((((((((..........))))))(((((....)))).)(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........))).)).)))))..((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((.((.(((((((((......)))))).)))..(((.(((((((........)))))))))).....((((..(........)))))((((((((..)(((.(..............).)))))))))))).)).)))))))(((((.((((........).)))...)))))(((..)))(((..(((..........)))..)))..((((((((........))).)))))(..)((((((..))))))..(....((((((.((((((((..)))))))))).))))...))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................(...(......).....).......................(......)......(...............(..)........)..........(..................).................((.(............).))......................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........)))))).((.(....).))..(((.(((....(((...(........)..)))....))).........)))((.(...((..((((((((....)))))))).))...)..))......))))))))))..(((.......)))..)))......((.....(..................)....))..........................(((((....)))))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((...(((((((..................((((((..........)))))).((((....))))......((((...(((.(((((....))))))))...))))...........))))))).....((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((....))))..(((.((((...(((.(((((....))))))))...)))).........)))...........((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...(((...........)))...((.((((((((........))).))))).)).(((((....)))))...............((((((....))))))........))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).((((....))))......((((...(((.(((((....))))))))...))))...........)))))).))...((((((((....))))))))......((((.....))))...)))))...)))......(((((.....((..((((((((........))).)))))..))(((((....)))))..........)))))((((((....)))))).........))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(((((.((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((....))))..((((......))))...(((....))).(((((..............)))))......))))).((((((....))))))...)))).((((.....))))....((((.........)))).((((....)))).((((...............)))).....(((((....)))))...............((((((....))))))............... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((....[[[..[[[[[((((((......))))))..(((((...{{{{{{.)))))....}}}}}}.((((....))))..((((......))))...(((....))).[[[[[...)))))......]]]]]..........((((((((....))))))))......((((.....))))...]]]]]..............((((....)))).((((.........<<<<<.)))).]]]...(((....))).(((........)))..((((((....)))))).........>>>>>. |
