|
|
|
CGAAUUUAAUUAAUGAUUACAGAUUUAUUCAAUCUGAGGAAAGUCCGGGCUCCUAUAAAGGUUAGAAUUGCUGGGUAAUUCCCAGUACGAGAUAUCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAAAACACCGCUUAAAAAUAUUUUAAGUAAGGGUGCAAAGGCUUGGUUAAAGCAAACCAGUUAGAUUUCAAAAUCUAUACUUAGUAAACCCCGUUCAGGAGCAAAGUUUAGCGGAAAGUAAUUAACCUUUUUUCUUUCCUUAUAUUUAUUUUUUACUGCUAGAAAAAUUGAGUAAUUAAUUUUGAAGACAGAUAAUCAUUUUAUAAACAAAACCCGGCUUAAAAUUAAGUUCGUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((.....)))))).....{{.{{{{{(((((.[[[[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((((...))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))).))).)))..))))))))))))))...(((.....(((((((((..]]]]]]])))))))))...............)))......((((((((....))))))))..........)))))))((..))......]}}}}}}}..))).)))))))....
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........(((((.......)))))....(((.(((((.......((((((((..((((((.((((..(((....((((....))))..)))...))))...........(((((.(((....((((......((((((.(((..((((((......)))))).((((((....))))))..))).))..))))......)))).....))))))))..)))))))))))))).........(((((...((...((((((((...((((((((....))))))))..)).))).)))..))..)))))......))))))))..))))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((.....)))))).............((((...........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................((((((((((...))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).)))).............((((((......................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).......................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))........((((((((((...............((((((.....))))))((((....)))).....................((((((((((((...))))))))...))))........(((((......)))))((((((((....)))))).))................))))))..........((((((.((.........)).))))))........................((((((((....))))))))..............................)))).....))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................((((((((((...............((((((.....))))))((((....)))).......................(.(((.............)))....)......((.(((.......))).)).(.((((((....))))))..)................)))))).............................................................((((((((....))))))))..............................)))).................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((.........))))....(((.(((((((((((..............((((((.....))))))((((....))))..((...((((............((((((((((...))))))))..))........((((.....)))).....(((((((((....)))))).)))..))..))))...).)))))...........((((((.((.........)).))))))........................((((((((....)))))))).............................))))))))...)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((......(.((((((.....)))))).)..(((.((((((((((.....(((.......((((((.....))))))((((....)))).........(((.........((((((((((((...))))))))...))))....))).(((((......)))))((((((((....)))))).)).......)))......))))))..........((((((.((.........)).))))))................(((.....((((((((....)))))))).....)))......................)))))))..))))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((.....))).))............................((((.(((((((...)))))).((((....)))).........................(((.(.........).)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))..............(.(((((.................)))))).......................((((((((....))))))))..........))))))).......................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))........((((((((((.....(((........(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))......)))((((((((...))))))))..((((((.(((..((((((......)))))).((((((....))))))..))).)))...)))....))))))...(((((..((((((...............))))))................(((.....((((((((....)))))))).....))).(((.....)))))))).....)))).....))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.....)))))).(((...)))..((((((.....((((.....(((((((((..(((...(((((....))))).)))....(((.........((((((((((((...))))))))...))))....))).(((((......)))))...(((((....))))).)))))))))))))......)))))).((((.(((.((((((...............))))))))).))))........(((((...((((((((....))))))))..)).))).))))))))......................))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((.((((((((((.....(((......(((((((.....)))))))(((....)))......................((((((((((((...))))))))...))))........(((((......)))))..((((((....))))))..........)))......))))))..........((((((...............))))))................(((.....((((((((....)))))))).....)))......................)))))))..))))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.((((((((((((((.....))))))............(((((...........((.(((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((((((.....)))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((.(((....))).)))....))).......)).)))))))...(((..(...(.(((...((.....)).....))).)......).....))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))........................))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((.((((((((((.....((((......((((((.....))))))((((....))))..((......)).........((((((((((((...))))))))...)))).......((((((......)))))).((((((....)))))).........))))......))))))....(.(((.((((((...............))))))))).)...........(((((...((((((((....))))))))..)).)))......................)))))))..))))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((.....(((((((((.(((((((((.[[[[[.......(((((((((.....(((((.....)))))(((((....)))))........(((.........((((((((((((...))))))))...))))....)))((((((......)))))).(((((((..)))))))(((((........(((((..............))))).))))).)))))))))...)))))))))......(((((((....)))))))))))))))).................))))))))............]]]]].....))))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((.....))))))((((...)))..(((((...........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(....((((((...........(((.....)))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))......((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((.....))))))((((...)))...((((...........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((.....((((((...........(((.....)))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))......((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((.((((((((((.....(((........(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))......)))(((((((.....)))))))..((((((.(((..((((((......)))))).((((((....))))))..))).))..)))).....))))))...(((((..((((((...............))))))................(((((...((((((((....))))))))..)).)))............))))).....)))))))..))))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((...((((((.....))))))....{{{.{{{{{(((((.....((((......((((((.....))))))(((([[[.)))).....................((((((((((((...))))))))...)))).......((((((......))))))(((((((....)))))).).......))))......)))))..((((.(((.((((((...............))))))))).))))]]].....(((((...((((((((....))))))))..)).))){{{{)))))}}}}........}}}}}}}}..))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((((...((((((.....((((.....(((((((.....)))))))..........((((.((((.......((((..((((((((((((...))))))))...)))).......((((((......)))))).....)))).....)))).))))...))))......))))))...(((((..((((((...............))))))...(((((.(((((..........((((((((....))))))))))))).))))).........))))).......)))))..))))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((...................(((...)))...(((..................(((((.....))))).((((....))))..............................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))..............................................................(((...((....))...)))..........)))))))...............((........)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((.((((((((((.....(((........(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))......)))(((((((.....)))))))..((((((.(((..((((((......)))))).((((((....))))))..))).))..)))).....))))))...(((((..((((((...............))))))................(((((...((((((((....))))))))..)).)))............))))).....)))))))..))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((........))))(((...)))...(((.((((((((((.....(((........(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))......)))((((((((...))))))))..((((((.(((..((((((......)))))).((((((....))))))..))).))..)))).....))))))...(((((..((((((...............))))))................(((((...((((((((....))))))))..)).)))............))))).....)))))))..))))))))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((.((((((((((.....(((........(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))......)))(((((((.....)))))))..((((((.(((((.(((((......)))))))((((((....))))))..))).))..)))).....))))))...(((((..((((((...............))))))................(((((...((((((((....))))))))..)).)))............))))).....)))))))..))))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((...((((((((..............(((((.((..(((.((((.(....).))))).))..))(((((.(...((.(((((((..)))))))))....)))).)).(..(.((((((((((((...))))))))...))))....(((.(((((((..)))))))))))..)((((((((...((((...((((((((.......)..).)))))).(..).((((..))))(((((((((.........................)))))))).)))))....))))))))))))).))))))))...)))).(((((.((((((((..))))))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..............................................................................................................................................................................................................................................(...(...................................(........)...............................)..................))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((.((((((((((...................((((.........((((....))))........)))).............((((((((...))))))))...............(((((......)))))..((((((....))))))...................))))))...(((((..((((((...............))))))................(((((...((((((((....))))))))..)).)))............))))).....)))))))..))))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((((((.....))))))....(((.((((((((((.....(((........(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))......)))((((((((...))))))))..((((((.(((..((((((......)))))).((((((....))))))..))).))..)))).....))))))...(((((..((((((...............))))))................(((((...((((((((....))))))))..)).)))............))))).....)))))))..))))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((........)))).((((((.....))))))......((((.((((........))))......((((((.....)))))).(((....)))...)))).(((..............))).((((.....)))).....((((......(((.((((......))))...((((((....))))))......................)))...((((...((((((...............)))))).........(((((((....))))))).((((....))))..(((....))).(((.....))).))))...)))).(((((....)))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((........)))).((((((.....))))))..........(((.((((....[[[[[[.....((((((.....)))))).(((....)))..)))).((((..............))))......(((.....))).((((......((((.....))))........((((((....))))))..........)))).((....(((.....))).))((((((....]]]]]].....)))))).........(((((((....))))))).((((....))))..(((....))).(((.....))).........))).(((((....)))))....... |
