RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00053

RNA: ASE_00053
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....(((((((.(..((.((.(((((((((((((.....))))))))))))).)).))...(((((...................((((((...))))))..(((....)))..(((((.((..........)).)))))(((((((((....))))))))).((((.((....(((((((((...)))))))))..((((((....))))))......((((((.((..((((.((((..(((((((.(((((((((....)))))).(((((((....))))))).))))))))))....(((((.(.((((((((....))))))))).)).)))....))))..))))..))..)))))).)).))))))))).......).)))))))...)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((...((((((((((((((...)))))))))))))).........((((((.........((...(((..((((((((((..((((..((((.((((.(((((.((..........)).)))))(((((((((....)))))))))...)))).....(((((((((...)))))))))((((((((....)))))))).))))....))))....(((((((((((.......)))))))))))........(((((((....)))))))..))))))))))..)))..))..((((((((....))))))))))))))...)))))))).....(((...((((((.......))))))....)))...))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.(((((((.(((((((((...................))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((......)))))))))..))........((((((.......)))))).((((((((....))))))))............)))))))))..........((((((....................................))))))................((((((((....))))))))..........))))))).............................................)))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((.((.((((((((((((((...)))))))))))))).))......((....))................((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))(((((((((....)))))))))............(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))..............................(((((((((((((....)))))).(((((((....))))))).)))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))..(((((.(((....)))..)))))...............))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((...(((((((....................................................................((((((...)))))).((((....)))).((((..((..........))..))))(((((((((....))))))))).............(((((((.....))))))).((((((((....))))))))...................(((....(((............(......)...............................)))......)))...((((((((....))))))))..........)))))))..(((((.............)))))......................)))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((..........((.(((((((((((((.....))))))))))))).))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............((.(((((((((....)))))))))...))........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))..)))))))))))))...((.(((.(((((((((((......))))).(((((((....))))))).))))))))).....))......((((((((....))))))))...................(((((.(((....)))..))))).........))))))))....))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((((.((((((((((((((...)))))))))))))).))....(((((())))))(.........(((.((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))(((((((((....)))))))))............(((((((((...)))))))))((((((((....)))))))).............))).)..((....((.((((((((((((((....)))))).(((((((....))))))).))))))))))......))((..((((((((....))))))))...))....))))))))..(((((.(((....)))..)))))...............))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(....(((...(((((((.((.((....((.(...........).))....)).)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..(.(........).)..))).............((((((.....))))))..((((((((....))))))))............)))))..........((.((.((.........................................)))))).............((((((((....))))))))..........)))))))...........................................))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((...((((((((((((((...))))))))))))))..((((....[[[...))))...]]].......((((((...)))))).((((....)))).(((((.......[[[......)))))(((((((((....))))))))).....]]]....((((((((.[[[[))))))))((((((((....))))))))..........]]]]...(((((((((..[[[[[[[[[)))))))))........(((((((....))))))).]]]]]]]]]........(((.[[[[.....))).......]]]].......))))))))..(((((.....[[[[[[..)))))..]]]]]].................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.......((((((((((.((((((((((((((...)))))))))))))).)).....((((((...(((....)))......((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))(((((((((....))))))))).))))))......((((((((...)))))))).((((((((....))))))))...((((..........(((((((((((.......)))))))))))))))....(((((((....)))))))...............(((.((.(((((((((....))))).)))).))))).))))))))(((((((.(((....)))..))))).))......))))((......))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((.((.((((((((((((((...)))))))))))))).)).....((((((...................((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))(((((((((....))))))))).)))))).....((((((((.....))))))))((((((((....)))))))).................(((............[[[[.[[[[[[))).]]]]]].(((((((....)))))))..]]]].................((((((((....))))))))..........)))))))..(((((.(((....)))..)))))...............))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.((....((((((((((((((.(.((.(............)))..)))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((.(...(.....)..).))))..)).)........((((.......))))...(((.((((....)))).)))...))).......)))))))))...(((...(..((...(.............(.(((((......)).)))))))......)..))).....(..(((((((....))))))).)........))))))))............................................))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((.((.((((((((((((((...)))))))))))))).)).....((((((...(((....)))......((((((...)))))).((((....)))).(((((.((..........)).)))))(((((((((....))))))))).))))))......((((((((...)))))))).((((((((....))))))))....((...........(((((((((((.......))))))))))).)).....(((((((....)))))))...............(((.((..((((((((....))))))))...)))))..)))))).(((((((.(((....)))..))))).))...........)))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((([[[[[[[[[[[[[[...((((((((((((((...))))))))))))))[[[[[[[[[......[[[[[........[[[[[((((((...))))))[[[(((((....)))))....[[[[.[[[......)))))(((((((((....))))))))).....]]]....(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))...]]]]..]]]]]]]](((((((((((.......)))))))))))...........]]]]]]]]]]]]]].........(((((..(((..)))((((((((....))))))))....)))))]]]]]]]]..(((((.((((..))))..)))))...............]]]]]]....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.(((((((.((((((((.....................))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..........)))))))..)).)).....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).).)))..))))))))))))))..(((....((((((..................(((((......)))))..))))))...)....)).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))............................((.(....).)..)...)))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((.(((((((.((((((((.....................))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..........)))))))..)).)).....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).).)))..)))))))))))))(..(((....((((((..................(((((......)))))..))))))...)....)))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))............................((.(....).)..)...)))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.[[[[..(((((((.((.(((((((((((((.....))))))))))))).))......((((((.........((...(((..((((((((((..(((((((....)))..(((((.((..........)).)))))(((((((((....)))))))))....((((.....((((((((...)))))))).((((((((....)))))))).)).))...))))....(((((((((((.......)))))))))))........(((((((....)))))))..))))))))))..)))..))..((((((((....))))))))))))))....)))))))(((((((.(((....)))..))))).))......))))).......]]]]
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.{{{{{{((((((((...((((((((((((((...))))))))))))))........((((((...(((....)))......((((((...)))))).((((....)))).(((((................)))))(((((((((....))))))))).)))))).....(((((((((...)))))))))((((((((....)))))))).................(((((((((((.[[[[[[)))))))))))........(((((((....)))))))...]]]]]]......(((.((.(((((((((....)))))))).).))))).))))))))(((((((.(((....)))..))))).))......))))..}}}}}}....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......((((((((...((((((((((((((...)))))))))))))).........((((((..................((((((...)))))).((((....))))......((((....(((((((......(((((((((....)))))))))............(((((((((...)))))))))((((((((....))))))))...((((..........(((((((((((.......)))))))))))))))....(((((((....)))))))...)))))))......))))...((((((((....))))))))))))))...))))))))..(((((.............))))).........)))))...........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((.......................................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))....................................................(((.......((...............)).((....((....))....))..........))).....)))..........................................................................(((...((....))...)))..........))))))).....................................((........)).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((.(..((.((.(((((((((((((.....))))))))))))).)).))...(((((...(((((..((((((((.((((((...)))))).((((....))))........(((..((((.........((((((((((....))))))))).)..((((.....((((((((...)))))))).((((((((....)))))))).)).))........))))..))).(((((.((((((((((.((((.....)))).)))))))))).)))))....))))))))............((((((((....))))))))....)))))..........(((((.(((....)))..)))))))))).......).)))))))....
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((.(..((.((.(((((((((((((.....))))))))))))).)).))...(((((((((((((.......(((..((((((((((..(((((((....)))..(((((.((..........)).)))))(((((((((....)))))))))....((((....(((((((((...)))))))))((((((((....)))))))).)).))...))))....(((((((((((.......)))))))))))........(((((((....)))))))..))))))))))..))).((.(.((((((((....))))))))).))))))..)))).....(((((.(((....)))..)))))))))).......).)))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..).(((((((((....))).((((((((((((((...)))))))))))))).(((((((...((((((((((.((......))(((((((...))))))).....))))))..(((((.((........)..).))))).((((((........))))))..((((.((.(...((((((((...))))))))((((((((((..))))))))).)..((((((((.(.(((...(((....((((((((.(((((((..))))))).((((((((..))))))))..))))))))(((...(.((((.(((((((((..)))))))).).))))).))).)))....))).)).).))))))))).))))...)))).)))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.............................)...................................................((.......)).........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((.(..((.((.((((((((((((((...)))))))))))))).)).))...(((((...................((((((...)))))).((((....))))........(((..((((..........(((((((((....))))))))).............((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..............))))..))).(((((.(((((((((.................))))))))).)))))........................((((((((....))))))))...................(((((.(((....)))..)))))))))).......).)))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((((((.((.(((((((((((((.....))))))))))))).))......((((((.........((...(((..((((((((((..(((((((....)))..(((((.((..........)).)))))(((((((((....)))))))))....((((....(((((((((...)))))))))((((((((....)))))))).)).))...))))....(((((((((((.......)))))))))))........(((((((....)))))))..))))))))))..)))..))..((((((((....))))))))))))))....)))))).(((((((.(((....)))..))))).))...........)))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((.....))).(((((((((((.....)))))))))))....((((..........)))).............(((((.....))))).((((....))))..(((..((..........))..))).(((((((((....))))))))).((((........(((((((.....))))))).((((((((....))))))))..............)))).(((...........))).((((((....)))))).(((((((....))))))).((((..................((((((((....))))))))........(((.((..((....)).))))).((((.........)))).......))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((...(((.....))).(((((((((((.....)))))))))))....((((..{{{{{{..)))).............(((((.....))))).((((....))))..(((..((<<<<<.....))..))).(((((((((....))))))))).>>>>>}((((..((((((..aaaa.)))))).((((((((....))))))))..........AAAA...(((((...........))))).((((....))))...(((((((....))))))).......))))......))))..((((((((....))))))))...........}}}}}...(((((.....[[[[[[..)))))..]]]]]].))))............

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