|
|
|
GAGGAAAGUCCGGACUUCGCAGAAAAAGGUGCCAGUGAAAAACUGGGGGCCGUAAGGCUACGGAAAGUGUAACAGAAAACAAACCGCUAAUUCUACCUAGGUAAGAUUAGACAGGAUGAAAAUGUCGAGCUUAUGGCUCGACCUCUUUGUGGAAACACAAGGACGCUGCAAACCCCACCUGAAGCAAGAAAGAGUUCGUUUCAGUUUUUCGCUCAGGAACUCUUAGAGUCGCUCGAGGAUUUUGGUGAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..............((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((....)))))))))))..))........((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).)))..)))))))))))))...((((((((((.....(((.]]]])))...))))))))....)).............(....)
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((..((..(((((.((((((((((((.(((((((....)))..(((....(((........)))..)))(((((..(((....)))..))))).(((.........(((((((.....))))))).((((((((....))))))))..)))....))))....(((((..(((....)))))))).))))))))))..)).)).)))....))...)))))..)))))...) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...(((..((((.........))))...((((((((..(((((.(((((....)))))....((((............((.((...(((((....))).))..))...))........((((((((...)))))))).((((((((....))))))))...))))..))))).(((((((..(((....)))))))))).))))))))..)))..))))...((((((..........)))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....))))..............((((((((((((((((((((....))))........................((.((((((.(((....))).))))))...))........((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..........)))....(((((..(((....)))))))))))))))))))..))..........(((((............))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))...........................((....................)).............((((((.......))))))..(((((((....))))))).................................................................................(....) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((.((((((.(((....))).))))))...))........(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))....)))..))))))))))))).....((((((((.....(((.....)))...))))))))........))..))))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((())))))..........(((.((((((((((((((((((((....)))).......((..........))...(((((((((.((((())))).)))))).).))........((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..........)))....(((((..(((....)))))))))))))))))))..)).)))......((((((..........)))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....[[[[..)))).............(((((.....)))))..(((....)))..]]]]......................(((((..(((....)))..))))).((((........((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..............)))).(((....[[[[[[[[.............)))...]]]]]]]]...(((((.((((...))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((.((......((((((((((.....))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))((((((.(((....))).)))))).............((((((((...)))))))).((((((((....))))))))............)))))...))))).((((((((.....(((.....)))...))))))))...(((((.(((.....)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((....................((((((((((((((..((((....))))........................((.((((((.(((....))).))))))...))........(((((((.....))))))).((((((((....))))))))......................................))))))))))))..))..........[[[[[....)))))...]]]]] |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((...........(((((.....))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))((((((.(((....))).)))))).............((((((((...)))))))).((((((((....))))))))....)).........(((((((............)))))))...............(.......)((.(..((.....)).).)). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..))))).(((........))).(((((((((.(((((.(((((....)))))..((((.................((((((.((((..)))).)))))).............((((((((...)))))))).((((((((....)))))))))))).....))))).(((((((....[[[[[[[[))))))))))))))))...]]]]]]]]...((((((..........)))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...(((((......(((((.((((((((((((.((((.(((((....)))))..((((..............((.(((((..(((....)))..)))))...))........(((((((.....))))))).((((((((....)))))))))))).....))))...((((((..(((....)))))))))))))))))))..)).)).)))...[[[[[[))))).....]]]]]] |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.........((((.........((((([[[[[))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))((((((.(((....))).)))))).............((((((((...)))))))).((((((((....))))))))..)))).........(((((((..(((....)))))))))).]]]]].................{{{{{.{{{..)))}}}}}}}} |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.(((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..............................(((((..((((......))))..)))))......((((((((...)))))))).((((((((....))))))))............))))).........((((((((...................)))))))).)))))......)))))))...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.(((((.((......((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((.(..........((.(((((..(((....)))..)))))...))........(((((((.....))))))).((((((((....)))))))).).))))..)).)))))...))....((((((((.(...(((.....))).).)))))))).)))))......)))))))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...(((.......(((........))).((((((((((((((((((....))))(((((...(((................(((((..(((....)))..))))).((((.((.....(((((((.....))))))).((((((((....))))))))............))))))..)))........)))))))))))))))))))..)))..)))).(((((.......)))))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....(((((((((.........)))).))((((((((((((((((((....))).......(((((.............((.(((((..(((....)))..)))))...))........(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).....)))))..((((((..(((....)))))))))))))))))))..))).))).....(((((.((((...))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...((((.....((.((((((.....(...)((..))(((((.(...((((((((..)))))))).(((((((((.(.(.(((((((((((..)))))))))))).)...)))))))(((((((....).))))))((((((((((..))))))))).).))...)))))).(((((((..((......)))))))))))))))((((...........))))).)..)))).)))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((.((((((((((((.(((((((....)))...........................((((((..(((....)))..))))).)...........((((((((...)))))))).((((((((....)))))))).........))))...((((((............))))))))))))))))..)).))............................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.((....((.((..(((((.(((((((((((((((.((((....))))(((((...(((................(((((..(((....)))..))))).((((.((.....(((((((.....))))))).((((((((....))))))))............))))))..)))........))))).)))))))))))))..)).)).)))....))))))..)))))))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....)))).((((....((((.(((((.....))))).((((....))))......((((...............))))......)))).(((.......((((.........))))((((.....)))).))).(((((((....)))))))...))))......((((.(((((............)))))....((((.....)))).(((..((.....))..)))....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((....)))).((((....((((.(((((.....))))).((((....))))......((((...............)))).{{{{.)))).(((.......((((}}}}.....))))((((.....)))).)))((((((((....))))))))..)))).........(((((((.....[[[[[[[)))))))............]]]]]]]....(((((.(((.....)))))))) |