CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00057



RNA: ASE_00057
Rfam family: RNaseP_bact_a

AUCGGAAGAGAAAGGCAACCGCUGUUUAUAUUUCUCAAAAAAUAUAAAGAGAGGAAAGUCUGGACUUCAUAAGAGAAGAUACUGGAGAAAUUCCAGGGGCCGUAAGGCUACGGAAAGUGCAACAGAAAACACUCCGCUAUAAAAUUUAUUUUAUAGACAGGCUGAAAAUUCCUACUUUAGGAGUAGGAGCCAUUAAGGUGACUUAAUAGGCAUGCAAACCCUAUCUGAAGCAAGAGAAAAAAGCUUUUUGUGUCUGCAAAUGUGAGAGGAAUUCCUCCCAUAGGCUUUUUCGAAAUCGCUUGAGGGAUCUAGUAAUAGCUCCCCUAGAUGAAUGGUUGCCCUUAGGAUAGUUCGCAAGAGCUAUCUUAUAGACAGAAUCCAGCUUACCCUCUCUUCCGAUAUUUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ..((((((((((((((((((.((((((((((((......))))))))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((....)))))))))..))........((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).)))..)))))))))))))...((.(((((.....((((.}}}}.)))).((((((((....))))))))....))))).....))......((((((((....))))))))..........)))))))(((((((((((((....))))))))))).))......]]]]]]]].).))))))))))........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((...(((((((((......)))))))))..(((.((((((((..((((......)))).....((((.((((((.((((..(((.((((.((((..(((..........)))))))((((((((....))))))))...))))......((((((((...))))))))(((((((((....)))))).))).)))...)))).(((.((((...........))))(((((....)))))....))))))))).))))..)))))))))))....(((((...((((.(((....))).))))..)).))).))))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((.(((((((.(((((((((............))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..))........((((((.......)))))).((((((((....))))))))............)))))))))........((((((.......................................))))))..............((((((((....))))))))..........)))))))................................................))))))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.((.(((((((((......))))))))).)).............((((......))))...(((((.....))))).((((....)))).((((..(((..........)))))))((((((((....)))))))).............((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))................((((....(.((((((((((((((....))))).(((.((((....)))).)))))))))))))......))))..((((.(((....))).))))..........)))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((((((..(((((((.............................................................((((((...)))))).((((....)))).((((..................))))((((((((....)))))))).............(((((((.....)))))))((.((((((....)))))).).).................(((....(((....((.....(......)..........................))...)))......))).(.((((.(((....))).))))).........)))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....(((....))).(((((((((......)))))))))..((((.(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............((.((((((((....))))))))...))........((((((.......))))))(((((((((....)))))).)))..))..))))))))))))).......(((((((((((((......)))).(((.((((....)))).)))))))))))).............((((.(((....))).))))....................((((((((((....))))))))))..........))))))))..)))))))))))))......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((((.(((((((((......))))))))).)).......((()))((((......))))...(((((.....))))).((((....)))).((((..(((..........)))))))((((((((....)))))))).............((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))............(((.((((..(.(.((((((((((((((....))))).(((.(((((()))))).))))))))))))).....)))))..((((.(((....))).))))..)))....))))))))(((((((((((((....))))))))))).))..................)))))))))))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((.(((((((.((..((((..............))))..)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((..............)))).............((((((.....))))))..((((((((....)))))).))...........)))))..............((((((...................((........))....))))))................((((((((....))))))))..........)))))))........................................(.....).))))))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((...(((((((((......)))))))))........((((((..((((......))))...((((((...)))))).((((....)))).((((..(((..........)))))))((((((((....)))))))).))))))......((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))..........((((((((((......((((((((.(((((....)))))((((.((((....)))).)))))))))))).......))))..((((.(((....))).)))).))))))..))))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((..((.((.(((((((((......))))))))).)).))...))))...((((......))))...(((((.....))))).((((....)))).((((..(((..........)))))))((((((((....))))))))..((((((......(((((((...))))))).(((((((((....)))))).)))..((((.((.((((((...((((.((((((((((.(((((....))))).(((.((((....)))).))).)))))))).....)).)))).((((.(((....))).)))).))))))...)))))).(((((((((((((....))))))))))).))........))))))....)))))))))))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((....(((((((((......)))))))))........((((....((((......))))...((((....[[[)))).((((....))))..((...(((..........))).)).((((((((....)))))))).............(((((((.....)))))))(((((((((....)))))).)))............................{{....................(((.((((]]].)))).))).))))}}...............((((.(((....))).))))..........)))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((.((((((((((((((((.((........)).)))))))).............((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........((((((((((.(.....))))))))..)).)........((((.......))))...(((.((((....)))).)))...))).......))))))))....(((...(..((................(((.(((......)).)))).))......)..))).....(..(((((((....))))))).)........))))))))................................................))))))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((..((.((.(((((((((......))))))))).)).))...))))...((((......))))...(((((.....))))).((((....)))).((((..(((..........)))))))((((((((....))))))))..((((((.....((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))..(((.(((.((((((...((((.((((((((((.(((((....))))).(((.((((....)))).))).)))))))).....)).)))).((((.(((....))).)))).))))))...)))))).(((((((((((((....))))))))))).))........))))))....)))))))))))......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((((((((...(((((((((......)))))))))........((((((..((((......))))...((((((...))))))...(((((....)))))..((((..........))))...(((((((((..))))))))).))))))......((((((((...))))))))(((((((((....)))))).))).......((((........((((...(((((((((((((((..)))))).....(((((..)))))....)))))))))(((..)))))))))))((((((...........))))))...))))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((((.((((((((..............))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).)).....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).).)))..))))))))))))))..((...((((((.....................(((((.....)))))...))))))......)).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...............................((.(....).)..).).))))))))))........
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((((.((((((((..............))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).)).....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).).)))..)))))))))))))(..((...((((((.....................(((((.....)))))...))))))......)))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...............................((.(....).)..).).))))))))))........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.((.(((((((((......))))))))).)).((..((((((..((((......)))).....((((...((((...((((....))))..)))).((..........)).)))).((((((((....)))))))).))))))......((((((((...))))))))(((((((((....)))))).))).......)).((((((...((((.(((((((((..(((((....)))))((((.((((....)))).)))).))))))).....)).)))).((((.(((....))).)))).))))))...)))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((((........(((((((((......))))))))).........))))...((((......))))...((((((...)))))).((((....)))).((((..(((..........)))))))((((((((....))))))))..((((((.....((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))..(((.(((.((((((...((((...((((((((.(((((....)))))((((.((((....)))).))))))))))))........)))).((((.(((....))).)))).))))))...)))))).(((((((((((((....))))))))))).))........))))))....)))))))))))......
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((((................................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................(((.......((...............)).((....((....))....))..........))).....))).........................................................................(((...((....))...)))..........)))))))........................................((........))))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.((.(((((((((......))))))))).)).((..((((((..((((......)))).....((((...((((.(..(((....)))..))))).((..........)).)))).((((((((....)))))))).))))))......((((((((...))))))))(((((((((....)))))).))).......)).((((((...((((.(((((((((..(((((....)))))((((.((((....)))).)))).))))))).....)).)))).((((.(((....))).)))).))))))...)))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((....)).((((((....))).)))...........(((((((.((((((((.(((.(((((.(((....((((((((((.((((...((((...((((....))))..))))..(((..((((..........((((((((....))))))))..(((........((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))........))).))))..)))...........))))..))))).((...((((.((((....)))).)))).)).)))))....(((..((.((((.(((....))).)))).))..)))...(((.....(((((((((((....)))))))))))..))).)))))))))))..))))))))...))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.((.(((((((((......))))))))).))(((..((((((..((((......)))).....((((...((((...((((....))))..)))).((..........)).)))).((((((((....)))))))).))))))......((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))........)))(((((...((((.((((((((((.(((((....)))))((((.((((....)))).)))))))))))).....)).)))).((((.(((....))).)))).)))))....)))))))(((((((((((((....))))))))))).))..................)))))))))))......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.(((((((((.......((((((((((......)))))))))).((((((..((((......)))...(((((((...)))))))..(((..)))...(((...(((.(((...)))))).))).((((((((..)))))))).)))))))....((((((((((...))))))))))(((.((((...))))((((((.(...)).)))))...((((.(.(((((((.((.((((((....))))))))..(((((..)))))((...)).))))))).)).)))...(((((((((....)))))))))...)))).))))))))((((((((((((((..)))))))))))).))((........)).....))))))))))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................(.(......(((..))).......((...................(...).............))...((.......................))......(.().)....................(...).......).)......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.((.(((((((((......))))))))).)).............((((......)))).............(((...((((....))))..)))......................((((((((....)))))))).............((((((((...))))))))(((((((((....)))))).)))............................((((((..((((....))))..(((.((((....)))).))).))))))...............((((.(((....))).))))..........)))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.((.(((((((((......))))))))).)).((..((((((..((((......)))).....((((...((((...((((....))))..)))).((..........)).)))).((((((((....)))))))).))))))......((((((((...))))))))(((((((((....)))))).))).......)).((((((...((((.(((((((((..(((((....)))))((((.((((....)))).)))).))))))).....)).)))).((((.(((....))).)))).))))))...)))))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))))......
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((.(((((.....)))))...((((((............))))))..((((((..((((......))))...((((.......)))).((((....))))..(((..(((..........)))))).((((((((....)))))))).))))))......(((((((.....)))))))...((((((....)))))).((((.(((..........(((((...........))))).(((....)))..)))..((((....)))).(((.(((............)))...((((..((....))..))))........)))..))))..(((((((((((....))))))))))).....................)))))))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................