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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGGUGCUGGGUAAUACCCAGUGGAGGCGACUUUAAGGAAAGUGCAACAGAGAUAUACCGCCAGAUUUAUCUGGUAAGGGUGGAAAGGCGAGGUAAGAGCUCACCAGCGUAUAGGUGACUAUACGGCUAUGUGAACCCCAUCUGGAGCAAGAUCGAAUAGGAGAGCAGGAAACUUUGGUUUCCAGGGGUGGCCCGUCCCGCUCUCGGGUAGUAUCGCUGGAGCCUAUUGGUAACAAUAGGCCUAGAUAGAUGAUUGUCUAACACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((.(((((......))))).(((((.]]]])))))))))))......))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............((((((.................................))))))................((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....)))).........................((((((....))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............)))))))))..((((......((((((..................(((((.....))))))))))).....).)))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....(((((............((((((...)))))))))))..)))))(....)............(((...((((((((....))))))..)).......((.(((.......))).))(((((((((....))))))).))................................((((((.((((((....)))))).(((((.....))))))))))).......))).((((.((((((((....)))))))))))..(((((....)))))............).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))..(((....)))...((...(((((...........((((((((....))))))..)).......((.(((.......))).))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...(((.......((((((.((((((....)))))).(((((.....))))))))))).......)))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..(.((((((......(....)(((((...))))))))))).))))))(....)............((((.(((((((((....))))))..))((.....((.(((.......))).))(((((((((....))))))).))......))...((((......)))).......((((((.((((((....)))))).(((((.....)))))))))))...)..))))(((((.((((((((....)))))))))))..(((((....)))))............))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((((......)))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).................(((((....................((((.....))))..)))))................((((((((....)))))))).................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)...........)))))))))(..((((......((((((..................(((((.....))))))))))).....).))))...(.((((((((....)))))))))..........................))))))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]((((((((((((...)))))))....[[[)))))........]]]..........((((((((((....))))))...[[[[....[[[..))))...]]]]]]]..(((((((....))))))).........(((((((((......)))).......[[[[[[.((((((....)))))).)))))..........]]]]]]..........((((((((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..........((((((((...))))))))...((.((((......))))))..............((((((.[[[)))))).....]]]........................(((((((....))))))).................))))))............((((((.((((((....)))))).(((((.....))))))))))).......(((.((((.((((((((....))))))))))))...)))..................))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........(((((((((....))))))..)).).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((..................((((((...))))))))))))..)...))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((........(((.((((((...)))))).((((....))))......................((((((((......)))))...))).....((((((.(...).))))))((((.((((....)))).)).))...........)))))))).....((......((((((.....(.............(((((...))))))))))))((((.......((.(.((((((((....))))))))).))........(((((...))))).)))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).....(((((((...)))))))....((.(((((....)))))))..(((.((((((((((((((....)))))).(((((((...((((.(((......((((.(((((((((....))))))).))..))))(((((.(((......))).......(((((.(((......))).))))).))))).))))))))))))))..)))).)))).)))..((((((((....)))))))).((((((......)))))).........))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((..[[[[[[..((((((((...))))))))..(((((((((....)))))...............))))..[[[[[[[[[[............[[[[[.........((((...(((((((....))))))).....))))[[[[....))))))............((((((.(((((((..))))))).((((((...))))))))))))]]]]....]]]]]...((((((((....))))))))]]]]]]]]]]..]]]]]]..........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))....................((((((((((....))))))...))))....((.(((.......))).))..(((((((....))))))).............))))))))))..(((.......((((((.(((..............(((....))).))).)))))).......))).((((.((((((((....))))))))))))........((((.....))))...))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))..............(((...........................(((.......))).....(.(((((....)))))))))................)))))..........................................................(((.......((.(.((((((((....))))))))).)).......)))..............)))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).....(((((((...)))))))....((.(((((....)))))))..(((.((((((((((((((....)))))).(((((((...((((.(((......((((.(((((((((....))))))).))..))))(((((((((......))))......(((((.(((......))).))))).))))).))))))))))))))..)))).)))).)))(.((((((((....)))))))))(((((((....))))))).........))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....((((((((...........((((((((...))))))))(((....))).........((((.............................................................(((((((....)))))))....))))..........)))))..(((......(((((.((((....)))).)))))...........)))........................((((((((....))))))))............)))............)))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...........................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....)))..........................................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((..(((.....)))(((.....))).))))))((.(((((....))))))).....(((((((((((((((....)))))).(((((((...((((.(((......((((.(((((((((....))))))).))..))))(((((((((......))))......(((((.(((....))..).))))).))))).))))))))))))))..)))).((((.((((.((((((((....))))))))))))...))))..))))).........)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((.(.((((((..(((.....(........)..)))..)))))))))))))..(((((.............))))).((((((..))))))((((.(.((((((...((((..))))(((((........)))))((....))...((((((..((....))(((((..(((......)))((.(((((((..)))))))))((((......)))).((((.(((((..))).))))))((((((((..)))))))).(((..)))....))))).)))))))))))).))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................(.........................................)......................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................(.........((.......(..(.........(...........).).....(.((......)).).....((((...).)))..).)).....).......((.........(..(((.(...).)).))..........))....((...((((((((....))))))))..))...................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((........((((.....(((((((...)))))))...(((.((...........(((..((((........((((((....))))))...........((.((.........)).))(((((((((....))))))).))............))))..)))..........(((((.(((....)..)).)))))....)).)))......)))).............((((.((((((((....))))))))))))...(........)...........))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((..(((((((((((...))))))).(((....)))......................((((((((((....))))))...))))....((.(((.......))).))..(((((((....))))))).........))))..))))))))..(((.......((((((.((((((....)))))).((((.......)))))))))).......))).((((.((((((((....))))))))))))........................))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((.((..((((((.....))))))....((.(((((....)))))))............))))).((((((((((...(((((((...((((.(((......((((.(((((((((....)))))).)))..))))(((((.(((......))).......(((((.(((....)..)).))))).))))).))))))))))))))))))))).))).((((.((((((((....)))))))))))).(((((....))))).....))..))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).(((....)))..........(((.............((((((....))))))...(((((.................)))))..(((((((....)))))))....)))..(((((.(((......)))...............((((((....)))))).))))).(((((.........)))))......((((((((((((((....)))))))).....(((((....)))))........))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...{{{{...))))...((((((((.....)))..(((((....))))).....)))))......(((((...((((((....))))))...(((((...[[[[.[[.......)))))..(((((((....))))))).........(((((.(((]]]]..)))...............((((((....)))))).))))).(((((.]]}}}}..))))).)))))((((((((((((((....)))))))).....(((((....)))))........))))))... |
