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GAGGAAAGUCCGGGCUGCAUAGGGCGGCGUAGCAGCUAACAGCUGUCCACCGUGAGGUGAGGAUCAGAGCAACAGAGACGAGUCUGGCAGGAGUGCCGCAAGGCAGACCAACCAGGGUGAAACGGGCAAUCUCUACGCGCAGCAAUACCAAGUAGGCACACGUUGACGGGGCCCCCGGAGUGUGCGGGUAGGUAGCACCGAGCCAUCAGGCGACUGAUGGCCAAGAUUAAUGGCGGUCACAUGGCGGGCAACCGUUGUGCACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((((((((....)))))))))))))))........)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....)))).......((((((((....)))))))).................(((((((((....)))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....)))).........((............(((((..((................))..)))))..............((.(....).))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))))).....((((((((....))))))))...................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((.(((.(((((((((........)).)))))))...))).)))..))))..((((...(((((...(((((.......((((....)))).(((......)))....)))))..)))))..(((((((..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))((.((..(((((.....((((....((((.......))))))))..)))))))))....)))))))..........)))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((....))))....)).......(((..)))...............))))))))).............((((((..................))))))................((((((((....))))))))...................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((....))))....))..............................))))).......((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))).......((((((((....))))))))...................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((........((((.....))))))((((....)))).......................(((((..((..((((....))))..))..))))).............................((((......((((((.(((..((....))))).)))))).....)))).......((((((((....))))))))..................((((((((....))))))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(..(((((.....))))).((((....))))........................(((..........................)))....................).........((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))).......((((((((....))))))))..................((((((((....))))))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((..(((((.....))))).((((....))))..............(((((....(((((..((..((((....))))..))..))))).............))))).)))))))...((((......((((((.((..(((.....))))))))))).....)))).......((((((((....))))))))..................((((((((....)))))))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..(((....((........((((.....))))))((((....))))...............(((.....(((((..((..((((....))))..))..)))))..............))).....)))((..((((......((((((.(((..(((())))))).)))))).....)))))).....((((((((....))))))))..................((((((((....))))))))........)))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(......................(((((((((((...)))))).((((....))))...........................(..((..((((....))))..))..).....................))))).................(((((....................)))))................((((((((....))))))))..................................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..[[[[[...))))...]]]]].(((....[[[[[.((((....))))........)))...(((((...(((((.......((((....)))).(((......)))....)))))..)))))....]]]]]..((((......((((((.....((((...))))..)))))).[[[.))))..]]]..((((((((....))))))))...((((...[[[.....((((((((....)))))))).....))))..]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((...................((((.....))))..((((....)))).......................(((((..((..((((....))))[[))..))))).......................................((((((.....((((...))))..))))))................((((((((....))))))))...............]].((((((((....))))))))........))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..................(((((...))))).(((((....)))).).....................((((((.....((((....)))).....))))))........................(((..((((...(..((((((...((((((...))))))))))))..)..)))))).)...((((((((....))))))))............(((((.((((((((....)))))))))))))..)))))))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....)))))...((((((...)))))).((((....))))...............((......))(((..((..((((....))))..))..)))........(((((....(((((.(((.......(.......).((((.....((((...))))..))))))).)))))..)).))).((((((((....))))))))...((((......)))).((((((((....))))))))........))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...)))))....((((.............................(((((......((((....))))......))))).....)))).......)))))))))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).))))......((((.((((((((....))))))))............))))..((((((((....))))))))........)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))...............((((...((((((..((..((((....))))..))..)))..........)))..))))))))))))))..((((......((((((.(((..((....))))).)))))).....)))).......((((((((....))))))))...((((......)))).((((((((....))))))))........))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((............(((..(((((.....))))).(((......)))............................................................................)))...((..((((..((..((((((..................))))))..)).)))).......(((((.((....)).)))))..............)).............................)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((........))....)).))....(((..)))......)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((.....)))..))))))...).)))))(...(.((((((((....)))))))))..).....).............................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..(..........((.(((....))).....)).....................)))..)))))))))))))(..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).)))))(...(.((((((((....)))))))))..).....)..............................(.......)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..(..........((.(((....))).....))..)...................))..)))))))))))))(..((((...((.((((((.....((((...))))..))))))...))))))))...(.((((((((....))))))))).......................................(.......)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....)))))...((((((...))))))(((((....)))).)...........((((......)))).......((((....)))).................(((((.....((((.(((.....(((...)))...((((.....((((...))))..))))))).))))...)).))).((((((((....))))))))...((((......)))).((((((((....))))))))........))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((.....)))))...((((((...)))))).((((....)))).))))..((((............(((((......((((....))))......)))))......((((...................((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))..((((.((((((((....))))))))............))))..((((((((....)))))))).......)))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..........................................(((......((....)).............))).....)))...........................................................(((...((....))...)))...................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................................................................)))))))))...((((..((..((((((.....(((.....)))..))))))..)).)))).......((((((((....)))))))).............................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(((((((...(((((.....))))).((((....)))).........))...(((((...(((((...((..((((....))))..)).((....))....)))))..))))).)))((.((..((((......((((((.....((((...))))..)))))).)))).)).)).))(.((((((((....)))))))))..........)))))).((..((((....))))..)).........)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.............))))(.....((((((((((...).)))..)).))))(((((...(((..)))((((.(((((((((..)))))))))).)))(((((.((((.(((..(((((((.............))))).(((((((..)(.(((..)))).))))))((((((...))).)).).(((((........)))))((((....)).)).)).....)))))))))))))))))......)).))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................(.(.))....................(...........).(....)....................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................(.((..........)).)......(((.((....(...)....(...).(((.(................)...))).............((((....(.((((((.....((((...))))..))))))...).))))((..(..((((..((....))..))))...).......)).((....((............))...)).......))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....)))))...((((((...)))))).((((....))))........................((((..((..((((....))))..))..)))).......(((((.....((((.(((..(...........(((...((....))..)))........).))).))))...)).))).((((((((....))))))))..................((..((((....))))..))................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((......))).(((((((((((...)))))..((((....)))).......................(((((..((..((((....))))..))..)))))................))))))...((..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))))).....((((((((....))))))))..................((((((((....))))))))........))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((.....(((.((...(((((.....))))).((((....))))..((((.................(((((..((..((((....))))..))..)))))......(((((...(.((((.((((.((...((.....(((...((....))..)))...))..)))))).)))))..)).))).((((((((....))))))))...))))....)).))).((..((((....))))..))..)))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((.....)))))...(((((.....))))).((((....)))).))))........((((......)))).......((((....))))...((((...(((..........))).((((...............))))......)))).((((...((((.......))))......((((...((((((((....))))))))...(((........))).....((((....)))).))))......))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((.....)))))...(((((.....))))).((((....)))).))))..((((..((((......)))).......((((....))))...((((...(((..........))).((((...............))))[[[[[[)))).(((.....)))..]]]]]]((((.....((((...((((((((....))))))))...(((........))).....((((....)))).)))).....)))).)))). |
