RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00074

RNA: ASE_00074
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GGAGUCGGCCAGACAGUCGCUUCCGUCCUGGUGACGGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGAGAGUCCACGGAAAGUGCCGCAGAAAAGAUACCGCCGACCCCGUCCUCGGACGGGAGGUAAGGGUGAAAUGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCUGGUGGCAACAUCAGUGGCAGGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAACUCGCGGCUUCGACCGCAGCGCGCGGCCCGCGCGUGUUCCCGGGUAGGUCGCUAGAGGCGUGCGGCGACGCACGUCCCAGAUGAAUGACUGUCCACGACAGAACCCGGCUUAUCGGCCGACUCCCUUC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((.....))))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((((....))))).((((((.}}}})))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..........]]]]]]]].).))))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.((.(((((((..((....(((((((...((..(((.....)))..))...))))))).((((....((....))...))))...............))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....(((....))))))))..(((..((((..((..((((((..((((......)))).(((((((...)))))))))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))).)........)))))))..((........)).......))))))))....))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................((((((...)))))).((((....)))).........((...............(((...((((((....)))))).)))..(((......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...............))).......((((......((((((...................((((.....))))..)))))).....))))))......((((((....))))))......................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((((..(.(((((((..(((..((((..((((....))))......((((((...)))))).)))).....))).(((...(((............)))..))).))))))))..)))))))))....(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((.....(((((....((((......)))).(((((((...))))))).))))).....)))))))...((((((((....)))))))).........))))))))..((........)).......))))))))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((((((((((.....))))))))..............................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))).....................))))))))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((...))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..................................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................))))))))))....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.........(((((((((...))))))))).........(((.............((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((...((((((....)))))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))).......((((......((((((..................................)))))).....))))......((((((((....))))))))............................))).......))))))))))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.((.(((((((..((.....((..((((....)))).))...((((((...)))))).((((....)))).(((......)))..............))..))))))))).)))))))))....(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((......((((((.((((.......((((.....))))....)))).)))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)........))))))).....................))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.........(((((...........))))).....((.(((((.(((.............((((((...)))))).((((....))))........(((...............(((....................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))...............)))((..((((......((((((..................(((((.....))))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))).).........................)))))))....))))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((........((((((((.....))))))))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..((((......)))).((((((.....)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).).))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((((.((.(((((((..((...((((..((((....)))).)))).((((((...)))))).((((....)))).(((......)))..............))..))))))))).)))))))))....(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((..((..((((((.(((((......((((.(()))))).)..)))).))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))).).......)))))))).....................))))))))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((.((.((((.......)))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((......(........)....)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((....................................)))))...............((((((((....))))))))..........)))))...)...........(.....).))))))))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.........((.(((((.....))))).))....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((....(.(((....))))...)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))(..((((......((((((...................(.........)....)))))).....))))).....((((((((....))))))))...........................))))))))...))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((........((((...(((((....)))))..(((..[[[[....)))...]]]]..(((.((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........[[[[)))...((((((....)))))).]]]].(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).))))............((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).(((((((((.....((((((((....))))))))............(((((...)))))....)))))))))))))))))))....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((.((((((((((((((.((.(((((((..((.....((((((.......((((...)))).......)))))).((((....)))).(((......)))..............))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((......((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).((......)).(((((...)))))....)))))..))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((.[[[[.(((((((((.((.(((((((..((.........((........))......(((((.....))))).((((....)))).(((......)))..............))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))...((..((((......((((((.(((..........................))).)))))).....))))))....((((((((....))))))))............[[[)).....]]].....]]]]....))))))))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((((((((((.....))))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((..................))))..)).)......(((((.......)))))..(((.((((....)))).)))....))).......)))))))))...(((...(..((((((...................(((((...)))))..))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................))))))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((((((((.(......)))))))............(((((............(((((((...)))))))((((....))))...........................(((((((((.....))).))))))...(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...........))))))))))...(((......((((((..................((((((...)))))).)))))).....)))....((.((((((((....)))))))).))......)))))))).....................))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((.((((((((((((((.((.(((((((..((.....(...((((....))))..)...((((((...)))))).((((....)))).(((......)))..............))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((......((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).((......)).(((((...)))))....)))))..))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.....(((.(((((((((....(((((((........(((((((.......((((...)))).......))))))).((((........(((......)))............))))..)))))))...)))))))))....(((((...(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...((((..))))))))).......))).......((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).(((((((((.....((((((((....))))))))............(((((...)))))....)))))))))))))))))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.((((((((.....)))))))).)).(((.((((((((....)))..((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))..(((..((((......((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))..))))))))...))))))))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((.....))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((..................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((.(((((.....))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((...((((((....)))))).)))..)).))....((((((.......)))))).(((((((......))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...................((((.....))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))......)))))))..(..........).....).))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((.....))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((..................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).))))))))))....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((.(((((.....))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((...((((((....)))))).)))..)).))....((((((.......)))))).(((((((......))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...................((((.....))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....))))))))..(..........).....).))))))))))....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((.(((((.....))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((...((((((....)))))).))...)).))....((((((.......)))))).(((((((......))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((...................((((.....))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))......))))))).....(........)....).))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.((.(((((((..((...((((..........))))..(((((((((.....))))).((((....)))).(((......))).........)))).))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((..((..((((((..((((......)))).(((((((...)))))))))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))..........)))))))..((........)).......))))))))))....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((.((((((((((((((.((.(((((((.............((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).(((......)))..................))))))))).)))))))))....(((((...(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((......(((((((.((((......)))))(((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))....)))))..))))))))))))....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.........(((((((((....(((((((.......((((..........))))..((((((((((...)))))).((((....)))).........................))))..)))))))...)))))))))....((((....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...((((.......)))).......((((......((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...))))).))))........))))))))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((((.......................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..........................................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........))))))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.((.(((((.....))))).)).)).(((.(((((((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))...............(((.....((((....))))...)))..(((......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...........)))....)))))............((((((..................................)))))).(((......((...((((((((....))))))))..)).......)))..............)))))))...))))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.((.(((((((..((...((((.(....)...))))..(((((((((.....))))).((((....)))).(((......))).........)))).))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((..((..((((((..((((......)))).(((((((...)))))))))))))..)).))))))).(.((((((((....)))))))).)........)))))))..((........)).......))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((...(((((((.(((((((((.((.(((((((..((...((((..........))))..(((((((((.....))))).((((....)))).(((......))).........)))).))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((..((..((((((..((((......)))).(((((((...)))))))))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))..........)))))))...........))))))).((....))........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.((.(((((((..((...((((.(....)...))))..(((((((((.....))))).((((....)))).(((......))).........)))).))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).(((....))))))))(((((..((((..((..((((((..((((......)))).(((((((...)))))))))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))))........)))))))..((........)).......))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((...((((((.((((........))))))).)))((((((......((((((((((.((.(((.(.(((((((((((..)))))..........)).)))..((...))(....).(((((((..))))))))).)))...))....((((((((..)).))))))((((((.(......).))))).).(((....))))))))..(((((...((....(((...((((((.(((((...((.((.(.(.(((((.(.((..)))))))))))).)).))))))))).))....((..)))))...)).)))))))))).((..))).)))))..))))))))))))))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((........................................................................................................................................................................................................................................................(.((....(.(((.....))).)..............(.......).........................................................)).)..))))....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((..................................................................................................................................((..........((............))....(((..(((...................................................(.......)...............)(((........((...))............))).((((.((....(((((((....)))))))...))......))))(((...)))......)).)))...)).)))))))....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((.((.(((((((..((...((((..........))))..(((.(((((.....))))).((((....)))).......................))).))..))))))))).)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....)))))))).......((((......((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..((........)).......))))))))))....
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((((((((.....)))))))).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....)))).(((......))).........(((((((...((((((....)))))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))..))))))))..((((......((((((..((((......)))).(((((((...))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..((........)).......))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((((..(.(((((((..((...((((..........))))..(((((((((.....))))).((((....)))).(((......))).........)))).))..))))))))..)))))))))....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...(((....))))))))..(((..((((..((..((((((..((((......)))).(((((((...)))))))))))))..)).)))))))...((((((((....))))))))..........)))))))..((........)).......))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((......)))).((((.(((((....)))))..))))..((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))....(((((........((((......((((((....)))))).))))..((((....((((((.......)))))).))))((((....)))).))))).((((.......)))).......((((.....(((((....((((......)))).((((((.....)))))).))))).....))))......((((((((....))))))))............((((.....))))....(((((....))))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((......)))).((((.(((((....)))))..)))).<<<<..)))))...>>>>.(((..(((((.....))))).((((....))))........((((..........(((({{{...((((((....)))))).......))))...(((((((.......))))))).(((((((....)))))))}}}..))))..((((....[[[[............)))).....((((]]]]..)))).((((((.aaaa))))))......AAAA....(((.....))).(((....))).(((.....))).....((((.....))))....(((((....)))))...)))...

---