|
|
|
AAGGAGAGAGUAGGCGUAGGCGGUUGCAGAUCAGUCACAAAAACUGAAUUUGAGGAAAGUCCGGGCUCCCGAAAGACCAAACUUGCUGGAUAACGUCCAGUGCGAGCGAUCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAAGAUACCGCCAAUUAGUCAUUAGUCAUUUGUCAUUAGUCAUUUGGAAAAACACAAAGGACAAAGGACAAAGAACAAAUGACCAAAUUGGUAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAACGUCGAGAGGCGUUGGCUCGGUAAACCCCGGUUGGGAGCAAGGCGAAAGGAACUAUGGUUGGUCUUUUACCAGUUCCGCUAAAACAGAGCCGCUAGAGGCGUUUGGUAACAAACGUCCCAGAUAGAUAACCGCCCUCAUGUAGAGAAGUUACUUGUAACAUUUCUACAUUCGAGAACAGAACCCGGCUUACUACCAACUCUUUCCCUUUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((((((..(((((((((.((((((((((.....))))).)))))....[[[.[[[[[(((((.{{{{{{{.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((.....(((((..(((.}}}}}}}.))))))))............)))......((((((((....))))))))..........)))))))(((((((((((((((((....))))))))))))))..))).......]]]]]]]].).)))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((.((((((((((.(((((((((.......)))).))))).......((((.((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(..((.............(((((((.((((((.((..((((((....(((.((((........)))).)))....))))))..)).))))))..)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..((((...((((((..(((.........)))))))))...............((.(.((((((((....))))))))).)).........))))...(((((((((.((((....)))).))))))))).)).))....))))..))))))..)).)))))))))....)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................(((......((((((.....))))))((((....)))).........(((.............(((.............................................................................)))...(((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))).))).......)))................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((...(((((((((((((((((.......))))).))))......(((.(((((((((....(((...(((..(((.((..((((...((((....))))..))))..)))))....))).....((((((..((((((..((.((((((....(((..(((........)))..)))....))))))))...))))))...))))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))..)))).))))))))))..((((...(((((..((((.........)))))))))(((.......)))))))...((((((((....)))))))))).)))...))))))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..)))...........)))).......)))))))))...... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((....((((((((....(((((.......))))).................((((((((...........((((((((...)))))))).................................................................((((((((........))))))))..............................................................(((((((....)))))))................)))))))).......................................................................................))))))))...((((((((((((((....))))))))))))))........................))))))))))))...... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........(((((((.(((((((((.......))))).)))).............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((.................................................................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).))))..........((((((.................))))))....................((((((((....))))))))..........)))))))...............................................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.........((((((..(((((((((.......))))).))))................................((((((.....))))))((((....)))).........................(((.(((((.................................................................))))).)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).................................((((((.................))))))....................((((((((....))))))))...........))))))................................................................))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((.((((((((((.(((((((((.......))))).))))............((((((...........((((((((((...)))))))((((....)))).................)))...(((((((((.((((((.((..((((((.((.(((.((((........)))).))).)).))))))..)).))))))..)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................)))))).........(((((..((((.........)))))))))(((.......))).....(.((((((((....)))))))).)........))))...((((((((((((.((((....)))).)))))))))..)))...........))))))..)).)))))))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.((............(((((((((.......)))).)))))........((..((((((..............(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((.........................................................................)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))..)).....(((((...((...........)).)))))..................(.((((((((....)))))))).)...............(((..................................)))...................)).))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((..((....)).........(((((.......))))).........(((.((((((((((.........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((.....((((((.((..((((((.((.(((.((((........)))).))).)).))))))..)).))))))......)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...((((...((((((..(((.........)))))))))....................((((((((....)))))))).............))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).......)))))))).......))))))))).).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((.((((((((((((((((((((.......))))).))))........(())((((((((....((...((((((((((...)))))))((((....)))).................)))..((((((((((.((((((.((..((((((.((.(((.((((........)))).))).)).))))))..)).))))))..)))))))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).((......))))))))))))..(......(((((..((((.........)))))))))(((.......))))....(.((((((((....)))))))).).......)))))...((((((((((((.((((....)))).)))))))))..)))...........))))))..)).)))))))))...... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.....(((((((((((((((.........)))).))))........((..((((((....((((......((((((.....))))))((((....)))).........(((.........(((((((..((.((..........(((....................................)))..........))..))..)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))).......))))))))))..)).....((((((..((...........))))))))....................((((((((....)))))))).........))))))).((...((((..(.(............)..))..))..)))...................)))))))))......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((........((((((((...(((((.......))))).......((...))(((....))).........[[[.(((((((...)))))))....))))))))......]]]............(((((((((((.((((((.....((((((....(((.((((........)))).)))....)))))).....))))))..)))))))............[[[[))))...]]]](((..(((((((....)))))))[[[[))).(((....)))..]]]]..((((...((((((..(((.........))))))))).........[[[[[[(((..((((((((....)))))))).....))).....))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).........]]]]]].......)))))))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((.((((((((((.(((((((((.......)))).))))).(((...)))..((((((((.........(((.(((....((((((..(((((....))))).)))).))....))).))).(((((((((((.((((((.((..((((((.((.(((.((((........)))).))).)).))))))..)).))))))..)))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).(((......))).))))))))..((((...((((((..(((.........)))))))))(((.......)))..(((..((((((((....)))))))).....))).....))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).....))))..))))))..)).)))))))))...... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((.(((((((([[.(((((((((.......))))).))))............(((((((............((((((((...))))))))(((((...............................(((((((.((((((.((..((((((....(((.((((........)))).)))....))))))..)).))))))..)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))............))))))).........((((((..(((.........)))))))))....................((((((((....))))))))............))...((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).....]]....))))))..)).)))))))))...... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((..(((((((((((((.(((.......))).).))))............(((((..........((.(((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((.(..........................................................((.........)))...)))..)).)......(((((.......)))))..(.((.(((....))).)))....))).......)).)))))))...(((....(.(.(.((..(.......)....)).)).......)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))..........................................................)))))).....)))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((...((((((((((((((((.......)))).)))))............((((((....((((.......((((((...))))))..(((....)))..........................((((((.(............(.......(................)...................)..........)))))))...(((((....(((((.(...).))))).(((((((((....))))))).))..))..)))..)))))))))).........(((((..((((((.....)))))))))))..................(.((((((((....)))))))).).......))))))).(((((..........((............))..))..)))................)).)))))))))......... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((.((((((((((.(((((((((.......))))).)))).(((...)))..((((((((............(((((((...)))))))((((....))))..((......)).........(((((((((((.((((((.((..((((((..(.(((.((((........)))).))).)..))))))..)).))))))..)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).))))))))..((((...((((((..(((.........)))))))))(((.......))).......((((((((....)))))))).............))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).....))))..))))))..)).)))))))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((...((((((((....(((((.......)))))(((((.(((...)))..((((((((...........((((((((...))))))))(((((.............(((((.............(((((((........(((((((((.....(((..................)))............)))))))))..)))))))...)))))...((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))...........))))))))..((((...((((((...[[[[[[........))))))(((.......)))))))...((((((((....)))))))).)))))...))))))))((((((((((((.(((((..))))).)))))))))..)))...........)))))))]]]]]].))))))...... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((....((((((((((((((((.........))).))))).(((...)))..((((((..............((((((.....))))))((((....))))..((......)).........(((((((((((.((((((.((..((((((....(((..(((........)))..)))....))))))..)).))))))..)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......)))...))))))..(((....((((((..(((.........)))))))))...........))).(((..((((((((....)))))))).....))).)))))))).....(((((((.(((......))).)))))))..........................)).)))))))))...... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.....((((((((...........................((.....))((((((((....((((......((((((.....))))))..((....))....((....((((.........(((((((.............................................................................)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....))))))))))))..(((............................................)))......((((((((....)))))))))).......))))))))............................................(....)..........))))))........... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.......(((((((.((((((((.........)))).))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((((..((((((..(((((.....)))))))))))...)......)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................................((.(....).)..)......).)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(.......(((((((((((((((((.......))))).)))).(((...)))((((((((.........((((.((((((.....))))))((((....))))..((....((((((.........(((((((((((.................................................................)))))))))..))))((...((((((.......)))))).)(((((((....))))))).)..))))....))))))))))))..((((...((((((..((((.......))))))))))..........))))......((((((((....)))))))))).......))))))))....(......).................................................)..))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.......(((((((.((((((((.........)))).))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((((..((((((..(((((.....)))))))))))...)......)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................................((.(....).)..)......).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(.......(((((((((((((((((.......))))).)))).(((...)))((((((((.........((((.((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........(((((((((((.................................................................)))))))))..))((.(...((((((.......)))))).)(((((((....)))))))))..))))....))))))))))))..((((...((((((..((((.......))))))))))..........))))......((((((((....)))))))))).......))))))))....(......).................................................)..))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(.......(((((((.(((((((((.......))))).)))).(((...)))((.(((((.........(((...(((((.....)))))..(((....)))...((.....(((((.........(((((((((((.................................................................)))))))))..)))))(...((((((.......)))))).)(((((((....)))))))))..((....)))).)))))))((..((((...((((((...(((.......))).))))))..........))))))..).((((((((....))))))))))........)))))))...(((......)))..............................................)..))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((.((((((((((.(((((((((.......))))).)))).((.....))..((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(((((.............(((((((.((((((.((..((((((....(((.((((........)))).)))....))))))..)).))))))..)))))))...)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..((((...(((((..((((.........)))))))))...............(((..((((((((....)))))))).....))).....))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).....))))..))))))..)).)))))))))...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....((((((((((.(((((((((.......))))).)))).(((...)))..((((((((.........((((((((((...)))))))((((....)))).................))).(((((((((((.((((((.(((.((((((....(((.((((........)))).)))....))))))).)).))))))..)))))))...))))....((((((.(....))))))).((((((((....))))))).).(((......))).))))))))..((((...((((((..(((.((....)))))))))))(((.......)))..(((..((((((((....)))))))).....))).....))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).....))))..)))))).....))))))))).))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((............(((((((............................(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))..............................................................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))...........................................................(((...((....))...)))..........)))))))..................................................((.............)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..................((((((((.........)))).))))....(((.(((((.((........((.(((..((((((.....))))))((((....))))..((....((((.............(((..((((.................................................................))))..)))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))....)).))).))(((..(((....((((((.................))))))...........)))))).(.((((((((....)))))))).)...........................................................)).))))))))..........)))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((....(((((...(((((((((.......)))).))))).((...(.((..((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(..((.(.....).....(((((((.((((((.((..((((((....(((.((((........)))).)))....))))))..)).))))))..)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..))).((((((.(((....))))))))).))....)))))......((((((...(.((((((((....)))))))).)...............((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).........))))))....)).)))))))))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((.((.(((((((((((((((((.......))))).))))......(((.((((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(..((.......(....)(((((((.((((((.((..((((((....(((.((((........)))).)))....))))))..)).))))))..)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..((((...(((((..((((.........)))))))))(((.......)))))))...((((((((....)))))))))).)))...))))))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..)))......))))((.......)).)))))))))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((.((((((((..((((..(((.(......))))...))))....((..((((..))))((((((((((((((((((((...)))))(((.((((((.(......))))))))))..(((((.((.(((((((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((......))))))))).))))))))))).).))))).).)))))))))((((.....((((((((..)).))))))((((((((((..)))))))).))......))))...)))))).)))))(......)((...))))))))))).))..(((..((..(((.(....(((....(((((((((..)))))))))(..)).))...).))).((((((((((((.(((((..))))).)))))))))..)))).)..)))))).)))))..)).)))))))).)))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(.(...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...(..............................(......)..........(.(......).)..............................)).(....)..)..).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(........................................................................................................................................(.((.....((...((.(.....((.............)).).))............(...(.........(((.(......)....)).)....).......).........((.......((....................))...))(.((.............(.(.(.....).))............................(((((((....)))))))).)...).....)).))....).......................................((.......))......)...))))......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((....(((((((.(((((((((.......))))).)))).........(..(((((((.....((......(((((((...))))))).(((((...(....)....(..((.............(((((((.((((((.((..((((((....(((.((((........)))).)))....))))))..)).))))))..)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........)).)))))))..)......(((((...(((.........))).)))))....................((((((((....))))))))..........)))))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..)))...................)).)))))))))...... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((....(((((((.(((((((((.......))))).)))).(((...)))..((((((((............(((((((...)))))))((((....))))..((......)).........(((((((((((.((((((.((..((((((....(((..(((........)))..)))....))))))..)).))))))..)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).))))))))..(((....((((((..(((.........)))))))))...........)))......((((((((....))))))))..........)))))))((((((((((((.((((....)))).)))))))))..)))...................)).)))))))))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.((....(((((...(((((((((.......)))).))))).((...(.((..((((((....((((......(((((((...))))))).(((((..((....))...(..((.............(((((((.((((((.((..((((((....(((.((((........)))).)))....))))))..)).))))))..)))))))...))..)...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).........))))))))))..))).((((((.(((....))))))))).))....)))))......((((((.....((((((((....)))))))).................((((((((((((.((((....)))).)))))))))..))).........))))))....)).)))))))))...... |
