RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00076

RNA: ASE_00076
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((((.(.....))))))))).)((...(((((...........(((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((.......(((.]]]])).)(((((((((....))))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((.....)))))))))).)......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((............((...(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......))...................(((((....)))))(((((((....((((((...((((((.......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........))))))...((((....))))((..((((((((....((((.....))))...((((((....)))))).))))))))..))...))))))..((((((((....)))))))).........)))))))..((((((((((.....))))))))))........)))))))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............((...((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......))((((............((((.((((((((((((.(((((.((....(((...........)))...((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)).))))).))).......))))..)))))....((((((((....((((.....))))...((((((....)))))).))))))))))))..(((..(((.((((((((....))))))))))))))...)))).....((((((((((.....))))))))))........))))).....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((................)))).......................(((((((((((.....................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.........................................))))))...............((((((((....)))))))).............................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.................((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((...........................(((.(((((...........................((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))).))).....................))))).((((........))))..(((((((((((((((((.....))))))).))).)))))))..(.((((((((....))))))))).................((((((((((.....))))))))))........))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.................(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).........................(((.................................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).......................................................................................................((((((((....))))))))...................................................)))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((((((((....)))))))))).........(((...........(((((.(((((((((..((....))..))).)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......)))))))))...((((......((((((((....((((.....)))).....((((....))))...)))))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((((((((.....))))))))))........))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((........).......((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((..............((.(((((((..((((.(((((.((.....(....).............((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)).))))).))))...))))))).)).......)))))((((((......)))))).((((((((((((((((((...)))))))).))).))))))).((.((((((((....))))))))))................((((((((((.....))))))))))........)))))))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....(.(................(((((((((((...))))))...((..((........))..))...........................(.((................................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((.(........................((......)).....).)))))...............((((((((....)))))))).......................................................))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((.....................((((((...)))))).((((((((((....))))))))))...)))(((((....[[[.......))))).....]]]....((((((.......[[[...))))))..]]]...((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((...[[[[)))..]]]]...(((((......((((((((....((((.....))))...((((((....)))))).))))))))((((..(((..(((.((((((((....))))))))))))))............((((((((((.....)))))))))).......)))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((((.((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((............((((((((((((((..((....))..))).)))))......))))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((...((..((....))..))...)))......)))))((((((......)))))).(((((((((((((((((.....))))))).))).))))))).((.((((((((....))))))))))......))))......((((((((((.....))))))))))........))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......((([[..............)))...(((...((((.(((((...........................((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))).))))....))).............]]...((.........{{{{{{{{{{((.((((((....)))))).))))}}}}}}}}}}......((.((((((((....))))))))))................((((((((((.....))))))))))........))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..((((((.((((((((.((......(((((.......)))))))(((..................))).........(((..........(((((((....................((.......))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))...................(((.......((((.......((((......)..).............).).).....))....)..))).....(.(((((.((....)).))))))........))))))))...............................)))))))).....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((((.((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((............((((((((((((((..((....))..))).)))))......))))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))((....((..((....))..))....))......)))))((((((......)))))).(((((((((((((((((.....))))))).))).))))))).((.((((((((....))))))))))......))))......((((((((((.....))))))))))........))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............((((.((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((............(((((((((((.....(((..)))......))))))......)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........(((((.........)))))......)))))((((((......)))))).(((((((...((((((((...)))))))).....)))))))....((((((((....))))))))........))))......((((((((((.....))))))))))........))))).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((................)))).)((...(((((.((........(((((((((.........................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((........................(((((.....)))))..))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((................)))).)((...(((((.((........(((((((((.........................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((........................(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..).)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((.((((........)).))...(((((.....))))).((((((((((....))))))))))...)))...(((............((((((((((((((..((....))..))).)))))......))))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))...))))..(((((.....((((.....((((((((....((((.....))))...((((((....)))))).))))))))......(((...((.((((((((....)))))))))).)))...)))).....((((((((((.....))))))))))......))))).......
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((((.((((((...)))))).((((((((((....)))))))))).......(((((............((((((((((((((............))).)))))......))))))....((((((.(....))))))).((((((((....))))))))(((...((.(((....)).)))...)))......)))))((((((......)))))).((((((((((((((((((...)))))))).))).)))))))(((.((((((((....))))))))))).....))))......((((((((((.....))))))))))........))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.................((((((...)))))).((((((((((....))))))))))......(((((..............)))))............(((((((....((((((................((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........((((......((((....))))....((((((((....((((.....))))...((((((....)))))).))))))))))))...))))))..((((((((....)))))))).........)))))))..((((((((((.....))))))))))........))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((................))))..................................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).................................................................................(((...((....))...))).............................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((...(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......))((((............((((.(..((((.((((.(((((.......((....))....(((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).))).))))).))))..))))..)..((((.....))))..))))...((.(((((((..(((.((((((....)))))).))..)..))))))).))..(((.((((((((....)))))))))))......)))).....((((((((((.....))))))))))........))))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((...(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......))((((..........((((((((..((((.((((.(((((.......((....))....(((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))))).))))).))))..))))..)).((((.....))))..))))...((.(((((((..(((.((((((....)))))).))..)..))))))).))...)).((((((((....)))))))).........)))).....((((((((((.....))))))))))........))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((........)..((((.((((((...))))))..((((((.(((((.(.............)))...)))))))))(((.(((.((((((((((((((((..)))))))).))).)))))(((((((((.((((((((((..)).)))))))(((((((((..)))))))))...).)))).))))).((((.(((.......))).))))(((((........)))))...((((.(((((..))))))))).))).)))...(...((.....((((((((....))))))))..))...))))).((((((((((((((.(....)))))))))))))))...))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................(((...)))..................................(.....)..........((.........(.........)))....................((.......))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).........(((..................(..(((..((((.(((((.......((....))............((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))).))))...)))..)............(((((((.....((((.....))))...((((((....))))))..)))))))...........(((.((((((((....))))))))))).......))).....((((((((((.....))))))))))........))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((...(((((.....))))).((((((((((....)))))))))).......))((((............((((.(..(((..((((.(((((.((....((....))............((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)).))))).))))...)))..)..((((.....))))..))))...((.(((((((..(((.((((((....)))))).))..)..))))))).))..(((.((((((((....)))))))))))......)))).....((((((((((.....))))))))))........))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((..((((........)).))..)))(((....)))....((((((((((....)))))))))).......((((..............)))).(((....)))..((((((.............))))))........((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((.....((((.....))))....((((.....)))).((((((......)))))).((((((.((((....)))).((((......)))).))))))....((((((((....))))))))..........)))..((((...(((((.......))))).(((........))).))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((..((((........)).))..)))(((....)))....((((((((((....))))))))))......(((((..............)))))[[[[))))....((((((.......]]]]..))))))........((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((.....((((.....))))....((((.....)))).((((((......)))))).((((((.((((....))))...(((.....)))..))))))....((((((((....))))))))..........)))..((((...((((((.....)))))).(((........))).))))..

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