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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGAGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCGAGCCUACGGAAAGUGGAACAGAGAGCAGACCGCCUAAGCGCUCGCAAGAGUGCCGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCAAGUGGCAACAGGCUGCGGCAUGGUAAACCCCACUCGGAGCAAGACCAAAUAGGAAUCCAUUGGUGCGGCCCGCAUCGGAUUCGGGUAGGUUGCUUGAGGCUAACGGUGACGUUAGAUACCCAUAUGAAUGACUGUCUACGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...((((((....))))).))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((.(...(((((.]]]])))))).)))).....))))......((((((((....))))))..))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((((.(((.......((((.....((((((....))))))))))..(((((....((((((.......))))))...((((..((.....(((.(((..(((......))).))).)))............((((((...((((((...))))))))))))......))..))))...((((((....)))))).)))))..........)))))))).......))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((..((....))...)))).......................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((((((.......((((((...))))))((((.((((((....((...((((.............))))))....))))))....((((((..............(((((((........))))))).(((........))).))))))......)))).((((.((((..(((.....(((.(((...((((((...)))))))))))).....))))))))))).((((((....))))))...))).)))).....(((((...)))))..))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................((((((....))))))...............((((((.......))))))................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))..)).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))))((((....))))..........................(((...((((((....)))))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..............)))))))))..((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....))))))..)).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))..(((....))).................................((((((....))))))...............((((((.......))))))...................................................................(((((...)))))(((((((..((((...........((((((....))))))....................))))....)))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.................((((((...)))))).((((....))))..........................(((...((((((....)))))).)))...........((((((.......)))))).((((..((....))...))))....................(((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...(.((((((....))))))...)...........................))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((..............(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))((((.(((........)))))).)....)..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))........((((((....))))))...............................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((........(((((((((((...)))))).((((....))))((.....))...............(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).(....(((((.....)))))).............)))))))(((..((((......((((((...(((((((.))))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))...))...........(((((...)))))..))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((....................)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................(((((......((.......))...)))))...............((((((((....))))))..))................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((((..((((((....))))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).)))....)))......))))))))).............((((((.....(((.....)))..))))))..........((.(.((((((((....))))))..))).)).......................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]......((((....[[[)))).((((....)))).......]]].............((((((...((((((....)))))).)))............[[[[)))....]]]].((((....))))......(((.(((..(((......))).))).)))..((((......((((((...((((((...))))))))))))[[[[[))))........((((((....)))))).]]]]]..........(((((...)))))........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).(((...((..........))...)))((...((((((....)))))).))...(((((....((((((.......))))))..((..(((((.....))))).)).(((......)))((((.((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))))))).((((((....)))))).)))))..........(((((...)))))...))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..................(((((.....))))).((((....))))................................((((((....))))))...............((((((.......))))))..........................................((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))).....((((((....))))))................(((((...)))))...))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((.(..((......))).)))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))..)..))).......)))))))))...(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....))))))..)))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........((((((..(((((((....))))))))))..)).)......(((((.(...).))))).(((((((((....))))).))..)).))))...))))))))))))...((((.((..((((.(...((((((...))))))).))))..))))))..((...((((((((....))))))...)).)).............................)). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))))......((((((...)))))).((((....))))........................(((.....((((((....)))))))))...(((((....((((((.......))))))..((..(((((.....))))).)).(((......)))((((.((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))))))).((((((....)))))).)))))..........(((((...)))))...))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...))))))(((.(((.(((((.......((((.............))))....((((((.......[[[[[..............[[[[[[[..))))))]]]]]]]...]]]]]..))))))))..........)))))))))))))............((((((...((((((...))))))))))))(((((............((((((....)))))).)))))..........(((((...)))))...)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((........((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((...((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((..(((((.....))))).))...........)))))....(((((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))..))))...((((((....)))))).....(((....))).(((((...)))))..)))...... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....((((.........(((.(((((.....))))).(((......)))..........................)))....................((...((((.....((((((.......))))))...((((((....)))).))...........))))..)).))))...)))...............................................((.(.((((((((....)))))..)))).))....................(....)...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(((((......))))).)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((((.(..((((((...(((((.....)))))))))))..))))))).((.(.((((((((....))))))..))).)).....)..(.................)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))(..((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).))))))..(.((((((((....))))))..)))........)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(((((......))))).)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...)))))).((.(.((((((((....))))))..))).)).....).((.................)).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.((...(((((......))))).))...)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..((((((....((((((...(((((.....)))))))))))...)))))))(..(.((((((((....))))))..)))..)..................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...[[[[[[[)))....(((.....))).......]]]]]]]((((....)))).((((..((((......(((((.(((((((..((((((....))))))((((..((((.....((((((.......))))))((((.(((((......(((.(((..(((......))).))).)))....((.....))...))))).)))).))))..)))).....)))).))))))))....((((((....))))))....))))........(((((...)))))..))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).......(((.............((((.....((((((....))))))))))..(((((....((((((.......))))))......(((((.....)))))....(((......)))((((.((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))))))).((((((....)))))).)))))..........[[[[[)))]]]]]...))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.......((((...)))).......)))))))((((....)))).((((..((((......((((((...((((..((((((....))))))......((((......(((((((........)))))))..(((((.....)))))..........)))).............................((((((((...))))))))....))))...))))))....((((((....))))))....))))........(((((...)))))..))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((...................................................((((((.......)))))).(((..(((....)))...)))....))))...))))))))))).............((((((..................))))))..........((.(.((((((((....))))))..))).)).......................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..(((((.(((.......((((.....((((((....))))))))))..(((((....((((((.......))))))...((((..((.....(((.(((..(((......))).))).)))...(((......((((((...((((((...)))))))))))).)))..))..))))...((((((....)))))).)))))..........)))))))).......)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((..((((...((((.....(((.....)))..((..((((((..((((....)))).)))...)))..))...))))..((((.....((((((....))))))))))..(((((....((((((.......))))))...((((..((.....(((.(((..(((......))).))).)))...(((......((((((...((((((...)))))))))))).)))..))..))))...((((((....)))))).)))))........)))).))).((........))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((...((..(((.....)))..))...)))))).((((....)))).((((..((((......(((((.(((((((..((((((....))))))((((..((((.....((((((.......))))))((((.(((((......(((.(((..(((......))).))).)))....((.....))...))))).)))).))))..)))).....)))).))))))))....((((((....))))))....))))........(((((...)))))..)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((..((((((((...)).)))(((((((((((...(((((((..((..)).))))))).))).)))...((((((....((((((..))))))..)))).(((.((((.((((((((..)).))))))((((..))).).(((..........))).))))))).(((.((((((.....((..(((((((..................)))))))..))..)))))))))))((((((..)))))).)))))((..)).))).(((((...)))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................((...........((....)).....))........................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................(...(......).......).(.(...).)...........(((.(....)...........(....(.((..............................)).)...)...)))...........(...............((......))..........)....((....)).................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((..................(((((.....))))).((((....)))).......((((..(((........(((.....((((((....)))))))))...(((((....((((((.......))))))................(((.((.................)).)))............((((((...(((((.....))))))))))).................((((((....)))))).)))))..........))).))))........)))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((...((((((....)))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((.((........)))))).............))))).((((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))))....((((((....))))))................(((((...)))))...)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..)))..((((.((((.......((((.....((((((....))))))))))..(((((....((((((.......))))))...((((..((.....(((.(((..(((......))).))).)))............((((((...((((((...))))))))))))......))..))))...((((((....)))))).)))))..........)))))))).......)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))..((((.............))))......((((....))))(((((...(((((...(((((((.......))).((((....))))......(((.......)))..))))..((((.(((((.(((((...........)))))...(((((.........)))))...))))))))).((((((....)))))).)))))..........((((.....))))...)))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((({{{{......))))......(((((.....))))).((((....)))).((((..((((.............))))....((((((....))))))......((((....(((((((.......))).((((....))))......(((.......)))..))))..((((.(((((.(((((.....[[[[[.)))))...(((((....]]]]])))))...))))))))).((((((....))))))..))))..........((((.....))))..))))}}}}. |
